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作物種子性狀基因組關(guān)聯(lián)分析方法研究

發(fā)布時(shí)間:2020-04-27 15:21
【摘要】:農(nóng)作物種子是人類(lèi)食物、動(dòng)物飼料、食品工業(yè)原材料的重要來(lái)源,其整個(gè)生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程在母體植株上完成,母體植株為種子提供發(fā)育所需的庫(kù)容和營(yíng)養(yǎng)物質(zhì),因此種子性狀的遺傳表達(dá)可能受到母體植株基因型和胚乳(胚)自身基因型的共同調(diào)控。種子性狀復(fù)雜的多遺傳體系,以及上位性和基因與環(huán)境互作效應(yīng)的存在,使得種子性狀的遺傳機(jī)制研究面臨巨大的挑戰(zhàn)。隨著農(nóng)作物大規(guī)模重測(cè)序的開(kāi)展和SNP標(biāo)記的大量涌現(xiàn),全基因組關(guān)聯(lián)分析方法發(fā)掘植物復(fù)雜數(shù)量性狀遺傳變異位點(diǎn)已成為強(qiáng)有力的工具。然而,目前種子性狀基因定位方法都是基于特定群體的QTL作圖方法及未區(qū)分種子性狀與普通農(nóng)藝性狀的常規(guī)二倍體性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析方法。為此,本文依據(jù)種子性狀的遺傳特點(diǎn),發(fā)展了基于自然群體同時(shí)考慮母體效應(yīng)和子代效應(yīng)的全基因組關(guān)聯(lián)分析方法,以剖析種子性狀的復(fù)雜遺傳結(jié)構(gòu)。基于混合線性模型理論估計(jì)模型中包含的母體加性和顯性效應(yīng)、胚乳(胚)加性和顯性效應(yīng)、上位性效應(yīng)及各項(xiàng)遺傳分量與環(huán)境互作效應(yīng)。該方法只需知道父母本基因型,推斷胚乳(胚)基因型概率分布,構(gòu)建胚乳(胚)基因型加性、顯性的期望系數(shù)矩陣,利用母株上的種子胚乳(胚)數(shù)量性狀均值作為表型開(kāi)展全基因組關(guān)聯(lián)分析。蒙特卡羅模擬研究了不同的模型、不同的遺傳率、不同的樣本量對(duì)參數(shù)估計(jì)和檢測(cè)功效的影響;谔岢龅姆椒,開(kāi)發(fā)了相應(yīng)的軟件,用于種子胚乳(胚)性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析。采用本文發(fā)展的新方法對(duì)棉籽油分性狀進(jìn)行了全基因組關(guān)聯(lián)分析,共檢測(cè)到12個(gè)顯著的SNP和5對(duì)上位性SNP,佐證了新方法的有效性和可靠性。
【學(xué)位授予單位】:浙江大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類(lèi)號(hào)】:S33

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào):2642394

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