LTR轉(zhuǎn)座子以高拷貝在植物中廣泛存在,對(duì)植物基因組的結(jié)構(gòu)、功能和進(jìn)化起著重要的作用。本研究通過(guò)生物信息學(xué)技術(shù),分析和鑒定了毛竹中的3個(gè)LTR(long terminal repeat,LTR)轉(zhuǎn)座子,分別命名為PHRE3(Phyllostachys edulis retrotransposons 3)、PHRE4(Ph.edulis retrotransposons 4)和PHRE5(Ph.edulis retrotransposons 5)。選取PHRE5為對(duì)象,研究了不同脅迫處理對(duì)PHRE5轉(zhuǎn)座子拷貝數(shù)變化的影響及插入多態(tài)性。1.利用公布的毛竹基因組數(shù)據(jù)庫(kù),通過(guò)LTR-STRUC軟件查找基因組中具有完整結(jié)構(gòu)的LTR轉(zhuǎn)座子,選取了三個(gè)結(jié)構(gòu)完整的LTR轉(zhuǎn)座子(PHRE3、PHRE4和PHRE5)為研究對(duì)象。通過(guò)生物信息學(xué)技術(shù)手段系統(tǒng)分析了這三個(gè)轉(zhuǎn)座子的結(jié)構(gòu)、在基因組的分布及進(jìn)化模式。PHRE3轉(zhuǎn)座子在毛竹基因組中全長(zhǎng)13160 bp,有全長(zhǎng)序列37個(gè),solo-LTR 21個(gè),截?cái)喾肿?237個(gè),具備轉(zhuǎn)座需要的5種酶基因,分別是GAG(Group-specific antigen)、P...

【文章頁(yè)數(shù)】：92 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖2.1PHRE3轉(zhuǎn)座子序列全長(zhǎng)Figure2.1sequenceofthePHRE3

24圖2.1PHRE3轉(zhuǎn)座子序列全長(zhǎng)Figure2.1sequenceofthePHRE3圖2.2PHRE3轉(zhuǎn)座子結(jié)構(gòu)Figure2.2StructureofthePHRE32.3.1.2PHRE4結(jié)構(gòu)特征PHRE4全長(zhǎng)5417bp，LT....

圖2.2PHRE3轉(zhuǎn)座子結(jié)構(gòu)

24圖2.2PHRE3轉(zhuǎn)座子結(jié)構(gòu)Figure2.2StructureofthePHRE32.3.1.2PHRE4結(jié)構(gòu)特征PHRE4全長(zhǎng)5417bp，LTR長(zhǎng)度為363bp，含有轉(zhuǎn)座所需的5種酶，在編碼

圖2.3PHRE4轉(zhuǎn)座子序列全長(zhǎng)Figure2.3sequenceofthePHRE4

圖2.3PHRE4轉(zhuǎn)座子序列全長(zhǎng)Figure2.3sequenceofthePHRE4圖2.4PHRE4轉(zhuǎn)座子結(jié)構(gòu)Figure2.4StructureofthePHRE42.3.1.3PHRE5結(jié)構(gòu)特征PHRE5全長(zhǎng)5774bp，LTR....

圖2.4PHRE4轉(zhuǎn)座子結(jié)構(gòu)

圖2.4PHRE4轉(zhuǎn)座子結(jié)構(gòu)Figure2.4StructureofthePHRE42.3.1.3PHRE5結(jié)構(gòu)特征PHRE5全長(zhǎng)5774bp，LTR長(zhǎng)404bp，編碼區(qū)含有4200bp的開(kāi)放閱讀框，共編碼1400個(gè)氨基酸，編碼區(qū)5種....

本文編號(hào)：3922097