厚壁毛竹(Phyllostachys edulis‘Pachyloen’)是唯一一個具有竹壁顯著增厚,稈基近實心、抗性強(qiáng)、生物量大、遺傳穩(wěn)定等優(yōu)良性狀的毛竹新品種,是我國首個獲得植物新品種保護(hù)權(quán)的竹類。以毛竹全基因組為參考,利用Illumina Hi Seq TM 2500測序儀,根據(jù)地下莖上芽的年生長發(fā)育周期,同時采集厚壁毛竹、毛竹對照從9月到翌年4月每月20日前后的共16個筍芽樣品,分別進(jìn)行雙末端(paired-end)轉(zhuǎn)錄組測序,首次獲得了厚壁毛竹的轉(zhuǎn)錄組分析信息。1.對轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾、篩選,得到滿足生物信息學(xué)分析的厚壁毛竹(筍芽分化-出筍成竹)的8個時節(jié)的轉(zhuǎn)錄組,數(shù)據(jù)量為2.4-4.3 Gb;毛竹對照8個轉(zhuǎn)錄組,數(shù)據(jù)量為1.7-5.6 Gb。2.基于毛竹全基因組,厚壁毛竹、毛竹對照的轉(zhuǎn)錄組測序讀長比對率分別為48.46-79.03%,66.02-80.97%;比對到的基因數(shù)均為2.7-2.8萬個,約占毛竹參考基因總數(shù)的88%。利用Gene cluster軟件,分析了全基因表達(dá)譜,發(fā)現(xiàn)厚壁毛竹、毛竹對照的鞭芽發(fā)育進(jìn)程一致。3.通過對厚壁毛竹、毛竹對照8個節(jié)氣點共16個轉(zhuǎn)錄...

【文章頁數(shù)】：106 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 引言
    1.2 國內(nèi)外研究進(jìn)展
        1.2.1 厚壁毛竹研究背景
        1.2.2 竹類植物基因組學(xué)方面的研究進(jìn)展
        1.2.3 轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進(jìn)展
    1.3 研究目標(biāo)與主要研究內(nèi)容
        1.3.1 研究目標(biāo)
        1.3.2 主要研究內(nèi)容
    1.4 研究技術(shù)路線
第二章 實驗材料與方法
    2.1 實驗材料
    2.2 測序文庫制備
        2.2.1 主要儀器設(shè)備和實驗所用試劑
        2.2.2 RNA提取準(zhǔn)備工作
        2.2.3 總RNA提取
        2.2.4 總RNA質(zhì)量檢測
        2.2.5 cDNA文庫制備
        2.2.6 測序文庫構(gòu)建和上機(jī)測序
        2.2.7 實時定量PCR驗證
第三章 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)
    3.1 測序數(shù)據(jù)處理與質(zhì)量控制
    3.2 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評價
    3.3 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)比對分析
        3.3.1 厚壁毛竹轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)比對
        3.3.2 毛竹對照轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)比對
        3.3.3 基因表達(dá)注釋
    3.4 本章小結(jié)
第四章 基因表達(dá)分析
    4.1 基因表達(dá)數(shù)量分析
    4.2 基因表達(dá)交并集分析
    4.3 基因表達(dá)量計算（RPKM）
    4.4 基因表達(dá)聚類
    4.5 本章小結(jié)
第五章 差異表達(dá)基因功能注釋
    5.1 差異表達(dá)基因篩選
    5.2 差異基因功能注釋
        5.2.1 差異基因GO功能富集分析
        5.2.2 差異基因KEGG Pathway富集分析
    5.3 本章小結(jié)
第六章 新轉(zhuǎn)錄本及可變剪切預(yù)測
    6.1 新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測
    6.2 可變剪切預(yù)測
    6.3 本章小結(jié)
第七章 結(jié)論與討論
    7.1 結(jié)論
    7.2 討論
    7.3 展望
參考文獻(xiàn)
附錄
在讀期間的學(xué)術(shù)研究
致謝
詳細(xì)摘要



本文編號：3874584