基于RNA-Seq的蒙古柳(Salix linearistipularis)雌雄花芽萌動(dòng)期特異表達(dá)基因解析
發(fā)布時(shí)間:2023-04-28 16:33
蒙古柳,為楊柳科柳屬落葉叢生灌木或小喬木,小枝細(xì)長,是嚴(yán)格的雌雄異株單性花植物,與大多數(shù)木本植物相比,蒙古柳個(gè)體較小、童期較短,易開花,是研究木本植物雌雄花發(fā)育、開花機(jī)理等重要的實(shí)驗(yàn)材料,對(duì)其繁殖和育種研究有重要意義。蒙古柳的抗性強(qiáng)、耐高溫、耐寒、耐鹽堿,還具有防風(fēng)固沙的作用,同時(shí)也是良好的用于園林綠化的材料。雌雄株具有不同的經(jīng)濟(jì)價(jià)值,因此性別鑒定尤其是早期性別鑒定,對(duì)于蒙古柳的應(yīng)用具有重要的意義。本研究采用前一年從春天到秋天發(fā)育完成并經(jīng)過冬季休眠的4月初處于萌動(dòng)期的雌花芽、雄花芽、雌株葉芽、雄株葉芽作為實(shí)驗(yàn)材料,對(duì)蒙古柳的雌花芽、雄花芽、雌株葉芽、雄株葉芽進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測序,探討雌雄花芽及雌雄株基因表達(dá)特征,為蒙古柳開花機(jī)理及早期雌雄鑒別研究奠定基礎(chǔ)。結(jié)果如下:1.轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)評(píng)價(jià):拼接組裝后獲得了41095個(gè)Unigene、44835個(gè)轉(zhuǎn)錄本。應(yīng)用BLAST軟件對(duì)構(gòu)建好的轉(zhuǎn)錄組與NR等數(shù)據(jù)庫做比對(duì),對(duì)轉(zhuǎn)錄組做了初步的生物信息學(xué)分析。結(jié)果有28457個(gè)Unigene注釋到GO term上,其中細(xì)胞組分、分子功能、生物過程分別為14、15、23個(gè)類別;有15411 unigenes顯示與C...
【文章頁數(shù)】:68 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
1 緒論
2 材料與方法
2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.2 實(shí)驗(yàn)方法
2.2.1 cDNA文庫制備與測序
2.2.2 數(shù)據(jù)評(píng)估及組裝
2.2.3 Unigene功能注釋
2.2.4 差異表達(dá)基因分析
2.2.5 雌雄花芽萌動(dòng)期共有基因分析策略
2.2.6 雌雄花芽特異基因分析策略
2.2.7 雌雄個(gè)體特異表達(dá)基因分析策略
2.2.8 實(shí)時(shí)定量PCR分析
3 結(jié)果與分析
3.1 數(shù)據(jù)組裝與評(píng)估
3.1.1 樣本相關(guān)性檢驗(yàn)
3.1.2 數(shù)據(jù)組裝結(jié)果
3.1.3 Unigene功能注釋分析
3.2 雌雄花芽共有基因的解析
3.2.1 雌雄花芽共有基因
3.2.2 雌雄花芽共有基因富集分析
3.3 雌花芽萌動(dòng)期特異表達(dá)基因解析
3.3.1 雌花芽萌動(dòng)期特異基因
3.3.2 雌花芽萌動(dòng)期特異基因富集分析
3.3.3 雌花芽萌動(dòng)期高表達(dá)高倍數(shù)特異基因分析
3.4 雄花芽萌動(dòng)期特異表達(dá)的基因解析
3.4.1 雄花芽萌動(dòng)期特異基因
3.4.2 雄花芽萌動(dòng)期特異基因富集分析
3.4.3 雄花芽萌動(dòng)期高表達(dá)高倍數(shù)特異基因分析
3.5 雌雄個(gè)體特異表達(dá)基因篩選
3.6 實(shí)時(shí)定量PCR驗(yàn)證
結(jié)論與討論
參考文獻(xiàn)
附錄
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝
本文編號(hào):3804077
【文章頁數(shù)】:68 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
1 緒論
2 材料與方法
2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.2 實(shí)驗(yàn)方法
2.2.1 cDNA文庫制備與測序
2.2.2 數(shù)據(jù)評(píng)估及組裝
2.2.3 Unigene功能注釋
2.2.4 差異表達(dá)基因分析
2.2.5 雌雄花芽萌動(dòng)期共有基因分析策略
2.2.6 雌雄花芽特異基因分析策略
2.2.7 雌雄個(gè)體特異表達(dá)基因分析策略
2.2.8 實(shí)時(shí)定量PCR分析
3 結(jié)果與分析
3.1 數(shù)據(jù)組裝與評(píng)估
3.1.1 樣本相關(guān)性檢驗(yàn)
3.1.2 數(shù)據(jù)組裝結(jié)果
3.1.3 Unigene功能注釋分析
3.2 雌雄花芽共有基因的解析
3.2.1 雌雄花芽共有基因
3.2.2 雌雄花芽共有基因富集分析
3.3 雌花芽萌動(dòng)期特異表達(dá)基因解析
3.3.1 雌花芽萌動(dòng)期特異基因
3.3.2 雌花芽萌動(dòng)期特異基因富集分析
3.3.3 雌花芽萌動(dòng)期高表達(dá)高倍數(shù)特異基因分析
3.4 雄花芽萌動(dòng)期特異表達(dá)的基因解析
3.4.1 雄花芽萌動(dòng)期特異基因
3.4.2 雄花芽萌動(dòng)期特異基因富集分析
3.4.3 雄花芽萌動(dòng)期高表達(dá)高倍數(shù)特異基因分析
3.5 雌雄個(gè)體特異表達(dá)基因篩選
3.6 實(shí)時(shí)定量PCR驗(yàn)證
結(jié)論與討論
參考文獻(xiàn)
附錄
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝
本文編號(hào):3804077
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