水松(Glyptostrobus pensilis(Staunt.)Koch)是我國(guó)一級(jí)保護(hù)植物,其分子遺傳學(xué)研究滯后于其他針葉樹(shù)種,目前尚未見(jiàn)SSR分子標(biāo)記方面的研究和報(bào)道。本研究通過(guò)對(duì)水松轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,開(kāi)發(fā)EST-SSR標(biāo)記位點(diǎn)。利用開(kāi)發(fā)得到的多態(tài)性位點(diǎn),對(duì)現(xiàn)存水松所有分布區(qū)(中國(guó)、越南和老撾)的代表群體進(jìn)行遺傳變異分析,檢測(cè)其遺傳多樣性水平和遺傳結(jié)構(gòu),了解其種群進(jìn)化歷史和分化信息。相關(guān)研究工作對(duì)于掌握水松的瀕危機(jī)制,開(kāi)展種群科學(xué)保護(hù)具有重要意義。(1)水松轉(zhuǎn)錄組序列組裝后共獲得106 901條Unigene,總長(zhǎng)度93.240Mb,平均長(zhǎng)度872.240bp。利用MISA軟件挖掘EST-SSR位點(diǎn),共篩選出12 279個(gè)SSR序列,分布在9 597個(gè)Unigene上,平均分布距離為1/7.590kb。水松轉(zhuǎn)錄組SSR以三、四核苷酸重復(fù)為主。(2)篩選motif大于或等于8的SSR序列,共設(shè)計(jì)170對(duì)引物(其中8對(duì)引物由英國(guó)愛(ài)丁堡皇家植物園提供),其中,130對(duì)擴(kuò)增出清晰條帶,擴(kuò)增效率為76.47%。16個(gè)水松樣本表明,27個(gè)位點(diǎn)具有多態(tài)性,多態(tài)性比率為20.76%。所選擇23個(gè)位點(diǎn)...

【文章頁(yè)數(shù)】：105 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
1 緒論
    1.1 杉科的起源、演化與分布
    1.2 水松概述
        1.2.1 水松地理分布
        1.2.2 水松的生物學(xué)特性
        1.2.3 水松的瀕危現(xiàn)狀
    1.3 水松的研究進(jìn)展
        1.3.1 生理生化研究
        1.3.2 系統(tǒng)發(fā)育地位研究
        1.3.3 地理分布研究
        1.3.4 引種栽培研究
        1.3.5 種群生態(tài)學(xué)研究
        1.3.6 水松的遺傳多樣性研究
    1.4 高通量測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用
        1.4.1 高通量測(cè)序技術(shù)在全基因組測(cè)序中的應(yīng)用
        1.4.2 高通量測(cè)序技術(shù)在轉(zhuǎn)錄組中的應(yīng)用
    1.5 分子標(biāo)記技術(shù)
        1.5.1 SSR分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)方法
        1.5.2 SSR標(biāo)記的檢測(cè)方法
        1.5.3 EST-SSR分子標(biāo)記的應(yīng)用
    1.6 本研究的內(nèi)容、目的與意義
        1.6.1 水松研究存在的問(wèn)題
        1.6.2 研究目的與意義
        1.6.3 研究?jī)?nèi)容
    1.7 技術(shù)路線
2 基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的水松EST-SSR標(biāo)記開(kāi)發(fā)及篩選
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料、試劑和設(shè)備
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑及配制
        2.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
        2.2.2 水松轉(zhuǎn)錄組序列組裝和SSR位點(diǎn)挖掘
        2.2.3 EST-SSR引物設(shè)計(jì)
        2.2.4 EST-SSR多態(tài)性位點(diǎn)檢測(cè)
        2.2.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與分析
        2.2.6 多態(tài)性位點(diǎn)的有效性評(píng)估
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 水松轉(zhuǎn)錄組序列拼接結(jié)果
        2.3.2 SSR位點(diǎn)的數(shù)量與特征
        2.3.3 多態(tài)性位點(diǎn)篩選結(jié)果
        2.3.4 多態(tài)性位點(diǎn)的遺傳參數(shù)
        2.3.5 水松多態(tài)性位點(diǎn)的有效性驗(yàn)證
    2.4 討論
        2.4.1 水松轉(zhuǎn)錄組序列
        2.4.2 水松SSR位點(diǎn)特征
3 水松群體遺傳變異分析
    3.1 實(shí)驗(yàn)材料、試劑及設(shè)備
        3.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        3.1.2 主要試劑及儀器
    3.2 實(shí)驗(yàn)方法
        3.2.1 DNA提取
        3.2.2 DNA檢測(cè)
        3.2.3 PCR擴(kuò)增及基因分型
        3.2.4 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)及分析
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 水松群體的Hardy-Weinberg平衡檢驗(yàn)(HWE)
        3.3.2 水松群體遺傳多樣性
        3.3.4 水松群體遺傳分化分析
        3.3.5 水松群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
        3.3.6 Mantel檢驗(yàn)
        3.3.7 瓶頸效應(yīng)
        3.3.8 群體進(jìn)化歷史
    3.4 討論
        3.4.1 水松群體遺傳多樣性水平
        3.4.2 水松群體遺傳結(jié)構(gòu)
        3.4.3 群體進(jìn)化歷史
4 水松群體保護(hù)策略
    4.1 水松群體現(xiàn)狀
    4.2 水松瀕危原因分析
        4.2.1 種群個(gè)體數(shù)量稀少,更新困難
        4.2.2 遺傳多樣性水平低,強(qiáng)烈遺傳分化
    4.3 水松的保護(hù)策略
        4.3.1 加強(qiáng)殘存種群的就地保護(hù)
        4.3.2 適當(dāng)?shù)母蓴_促進(jìn)種群自然更新
        4.3.3 開(kāi)展人工繁殖技術(shù)與種群回歸自然研究
5 結(jié)論與創(chuàng)新點(diǎn)
    5.1 結(jié)論
        5.1.1 水松目前現(xiàn)狀
        5.1.2 EST-SSR位點(diǎn)開(kāi)發(fā)
        5.1.3 群體遺傳變異分析
    5.2 創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
附錄A
附錄B
附錄C
附錄D
附錄E
附錄F
致謝



本文編號(hào)：3792393