銀杏童期及花芽分化階段過長,極大的阻礙了對其開花調(diào)控的研究,因此從分子層面揭示銀杏年齡途徑調(diào)控開花的機理尤為重要。本研究以銀杏幼年、開花一年、開花多年的莖端/花芽為實驗材料,利用高通量測序技術(shù)與生物信息學(xué)技術(shù)相結(jié)合的方法,鑒定和分析了銀杏三個年齡階段調(diào)控開花的重要基因和miRNA,并構(gòu)建了銀杏年齡途徑調(diào)控開花網(wǎng)絡(luò)預(yù)測圖。主要研究結(jié)果如下:(1)利用高通量測序技術(shù),構(gòu)建了 9個小RNA文庫,共得到151.46M Clean Reads,各樣品不少于13.34MClean Reads,Q30均在98%左右。從小RNA文庫中共鑒定出了 594個miRNA,已知miRNA89個,新預(yù)測miRNA505個,其中286個miRNA鑒定到隸屬于97個miRNA家族。使用TargetFinder軟件對miRNA進行靶基因預(yù)測,結(jié)果顯示,共預(yù)測到12762個靶基因,其中11210個靶基因從數(shù)據(jù)庫中獲得注釋信息。(2)對miRNA的差異表達進行分析,共篩選出30個具有顯著表達差異的miRNA。利用 GO(Gene Ontology)富集分析以及 KEGG(Kyoto Encyclopediaof Gene...

【文章頁數(shù)】：93 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻綜述
    1.1 銀杏
        1.1.1 銀杏的起源與演化
        1.1.2 銀杏雌雄花芽分化
        1.1.3 銀杏開花研究進展
    1.2 轉(zhuǎn)錄組測序的發(fā)展及應(yīng)用
        1.2.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)的發(fā)展歷程
        1.2.2 轉(zhuǎn)錄組測序的應(yīng)用
    1.3 植物microRNA
        1.3.1 植物miRNA的發(fā)現(xiàn)及其分布
        1.3.2 植物miRNA的生物學(xué)合成機制
        1.3.3 植物miRNA作用機理
        1.3.4 miRNA的分離及靶基因預(yù)測
        1.3.5 miRNA在植物中的調(diào)控作用
    1.4 研究目的及意義
第二章 銀杏年齡途徑調(diào)控開花的miRNA測序分析
    2.1 材料
        2.1.1 植物材料與處理
        2.1.2 實驗主要儀器與試劑
    2.2 方法
        2.2.1 小RNA的提取
        2.2.2 small RNA文庫構(gòu)建及質(zhì)控
        2.2.3 small RNA測序
        2.2.4 small RNA測序數(shù)據(jù)分析
        2.2.5 熒光定量驗證
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 測序基本數(shù)據(jù)分析
        2.3.2 miRNA的鑒定及靶基因預(yù)測
        2.3.3 miRNA家族分析
        2.3.4 miRNA差異表達分析
        2.3.5 差異表達miRNA靶基因的預(yù)測及其功能注釋分析
        2.3.6 參與開花調(diào)控的miRNA及靶基因分析
        2.3.7 差異表達miRNA熒光定量驗證
    2.4 小結(jié)
第三章 銀杏年齡途徑調(diào)控開花的轉(zhuǎn)錄組測序分析
    3.1 材料
        3.1.1 植物材料與處理
        3.1.2 實驗主要儀器與試劑
    3.2 方法
        3.2.1 總RNA提取
        3.2.2 cDNA文庫構(gòu)建及質(zhì)控
        3.2.3 轉(zhuǎn)錄組測序
        3.2.4 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 銀杏莖端/花芽轉(zhuǎn)錄組分析概況
        3.3.2 銀杏Unigene功能注釋
        3.3.3 銀杏Unigene的GO富集分析
        3.3.4 銀杏開花調(diào)控年齡途徑差異表達基因篩選
        3.3.5 參與銀杏年齡途徑開花調(diào)控的轉(zhuǎn)錄因子分析
    3.4 銀杏開花年齡途徑調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
    3.5 小結(jié)
第四章 結(jié)論和展望
    4.1 結(jié)論
    4.2 創(chuàng)新點
    4.3 展望
參考文獻
附錄A 攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝



本文編號：3767519