銀杏童期及花芽分化階段過長,極大的阻礙了對其開花調控的研究,因此從分子層面揭示銀杏年齡途徑調控開花的機理尤為重要。本研究以銀杏幼年、開花一年、開花多年的莖端/花芽為實驗材料,利用高通量測序技術與生物信息學技術相結合的方法,鑒定和分析了銀杏三個年齡階段調控開花的重要基因和miRNA,并構建了銀杏年齡途徑調控開花網(wǎng)絡預測圖。主要研究結果如下:(1)利用高通量測序技術,構建了 9個小RNA文庫,共得到151.46M Clean Reads,各樣品不少于13.34MClean Reads,Q30均在98%左右。從小RNA文庫中共鑒定出了 594個miRNA,已知miRNA89個,新預測miRNA505個,其中286個miRNA鑒定到隸屬于97個miRNA家族。使用TargetFinder軟件對miRNA進行靶基因預測,結果顯示,共預測到12762個靶基因,其中11210個靶基因從數(shù)據(jù)庫中獲得注釋信息。(2)對miRNA的差異表達進行分析,共篩選出30個具有顯著表達差異的miRNA。利用 GO(Gene Ontology)富集分析以及 KEGG(Kyoto Encyclopediaof Gene...

【文章頁數(shù)】：93 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻綜述
    1.1 銀杏
        1.1.1 銀杏的起源與演化
        1.1.2 銀杏雌雄花芽分化
        1.1.3 銀杏開花研究進展
    1.2 轉錄組測序的發(fā)展及應用
        1.2.1 轉錄組學的發(fā)展歷程
        1.2.2 轉錄組測序的應用
    1.3 植物microRNA
        1.3.1 植物miRNA的發(fā)現(xiàn)及其分布
        1.3.2 植物miRNA的生物學合成機制
        1.3.3 植物miRNA作用機理
        1.3.4 miRNA的分離及靶基因預測
        1.3.5 miRNA在植物中的調控作用
    1.4 研究目的及意義
第二章 銀杏年齡途徑調控開花的miRNA測序分析
    2.1 材料
        2.1.1 植物材料與處理
        2.1.2 實驗主要儀器與試劑
    2.2 方法
        2.2.1 小RNA的提取
        2.2.2 small RNA文庫構建及質控
        2.2.3 small RNA測序
        2.2.4 small RNA測序數(shù)據(jù)分析
        2.2.5 熒光定量驗證
    2.3 結果與分析
        2.3.1 測序基本數(shù)據(jù)分析
        2.3.2 miRNA的鑒定及靶基因預測
        2.3.3 miRNA家族分析
        2.3.4 miRNA差異表達分析
        2.3.5 差異表達miRNA靶基因的預測及其功能注釋分析
        2.3.6 參與開花調控的miRNA及靶基因分析
        2.3.7 差異表達miRNA熒光定量驗證
    2.4 小結
第三章 銀杏年齡途徑調控開花的轉錄組測序分析
    3.1 材料
        3.1.1 植物材料與處理
        3.1.2 實驗主要儀器與試劑
    3.2 方法
        3.2.1 總RNA提取
        3.2.2 cDNA文庫構建及質控
        3.2.3 轉錄組測序
        3.2.4 轉錄組測序數(shù)據(jù)分析
    3.3 結果與分析
        3.3.1 銀杏莖端/花芽轉錄組分析概況
        3.3.2 銀杏Unigene功能注釋
        3.3.3 銀杏Unigene的GO富集分析
        3.3.4 銀杏開花調控年齡途徑差異表達基因篩選
        3.3.5 參與銀杏年齡途徑開花調控的轉錄因子分析
    3.4 銀杏開花年齡途徑調控網(wǎng)絡
    3.5 小結
第四章 結論和展望
    4.1 結論
    4.2 創(chuàng)新點
    4.3 展望
參考文獻
附錄A 攻讀學位期間發(fā)表的學術論文
致謝



本文編號：3767519