銀杏（Ginkgo biloba L.）,裸子植物,葉片秋季變?yōu)榻瘘S色,是重要的園林觀賞樹種。此外,銀杏葉片還含有多種有效成分,又是重要的經(jīng)濟(jì)樹種。長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA,lncRNA）是廣泛存在的一類長度大于200個核苷酸且不具備編碼蛋白功能的非編碼RNA調(diào)控分子,在生長發(fā)育、育性、生物和非生物逆境響應(yīng)和其他生物過程中起重要作用。lncRNA在多個層面上通過目標(biāo)模仿、轉(zhuǎn)錄干擾、甲基化等機(jī)制調(diào)控真核生物基因表達(dá)。隨著高通量測序技術(shù)發(fā)展,越來越多的植物lncRNA被鑒定,并發(fā)現(xiàn)在植物生長發(fā)育等方面發(fā)揮重要作用,已成為新的研究熱點。然而迄今為止在裸子植物銀杏中l(wèi)ncRNA還未有報道。本研究以銀杏7個發(fā)育時期的葉片為試驗材料,通過鏈特異性建庫、雙端高通量測序、基因組比對和拼接、lncRNA篩選等技術(shù),鑒定和分析了銀杏葉片中l(wèi)ncRNA的長度、表達(dá)量、外顯子等基本特征以及靶基因功能分析。尤其進(jìn)一步比較和分析了葉色轉(zhuǎn)變期的差異lncRNA及其靶基因功能。主要取得結(jié)果如下:（1）將7個不同發(fā)育階段的銀杏葉片總RNA等量混合,RNA樣品檢測合格后,通過去除樣品rRN... 

【文章頁數(shù)】：73 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
英文縮寫及中英文對照表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 長鏈非編碼RNA的發(fā)現(xiàn)、來源及研究現(xiàn)狀
    1.2 LncRNA的定義及特征
    1.3 LncRNA的作用方式
    1.4 LncRNA在植物中的功能
        1.4.1 LncRNA參與調(diào)控植物的生長發(fā)育和生殖發(fā)育
        1.4.2 LncRNA參與調(diào)控植物激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)
        1.4.3 LncRNA參與調(diào)控植株響應(yīng)外界脅迫
    1.5 LncRNA的研究方法
        1.5.1 基于EST鑒定lncRNA
        1.5.2 基于cDNA測序方法鑒定lncRNA
        1.5.3 RNA-seq測序鑒定lncRNA
        1.5.4 基于特征的計算機(jī)預(yù)測
    1.6 LncRNA數(shù)據(jù)庫
    1.7 銀杏葉片非編碼RNA的研究情況
    1.8 本研究的目的與意義
第二章 銀杏葉片發(fā)育長鏈非編碼RNA的鑒定和分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1植物材料
        2.1.2 主要試劑和儀器
        2.1.3 RNA提取和檢測
        2.1.4 文庫制備與基因組測序及質(zhì)控
        2.1.5 拼接組裝、注釋
        2.1.6 候選lncRNA的篩選
        2.1.7 功能分析
        2.1.8 LncRNA-miRNA- mRNA網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建相互作用研究
        2.1.9 序列驗證實驗方法
        2.1.10 實時熒光定量PCR
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 新的lncRNA的鑒定
        2.2.2 LncRNA的篩選
        2.2.3 LncRNA基本特征分析
        2.2.4 LncRNA功能注釋分析
        2.2.5 LncRNA作為miRNA靶基因或前體
        2.2.6 LncRNA組織和發(fā)育階段特異性
    2.3 討論
        2.3.1 LncRNA預(yù)測流程的可行性分析
        2.3.2 LncRNA特征分析
        2.3.3 LncRNA功能分析
        2.3.4 LncRNA組織特異性
第三章 銀杏葉色變化過程中的長鏈非編碼RNA的鑒定和分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 轉(zhuǎn)錄組測序和數(shù)據(jù)處理
        3.1.2 利用生物信息學(xué)方法進(jìn)行l(wèi)ncRNA篩選
        3.1.3 銀杏lncRNA的特征分析
        3.1.4 LncRNA的靶基因預(yù)測
        3.1.5 差異lncRNA的鑒定、功能分析
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 銀杏葉片轉(zhuǎn)色期lncRNA的篩選
        3.2.2 LncRNA的長度和外顯子個數(shù)分布
        3.2.3 差異lncRNA的表達(dá)特點
        3.2.4 差異lncRNA靶基因KEGG富集分析
        3.2.5 銀杏lncRNA的靶基因預(yù)測、GO功能注釋
    3.3 討論
        3.3.1 基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行l(wèi)ncRNA鑒定
        3.3.2 測序獲得的lncRNA的可信度
        3.3.3 LncRNA參與銀杏葉片的生長發(fā)育
參考文獻(xiàn)
致謝
在學(xué)期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]擬南芥lncRNA-At5NC056820過表達(dá)載體構(gòu)建及其轉(zhuǎn)基因植株的抗旱性研究[J]. 毋若楠,王紅,楊成成,王爭艷,武永軍.  西北植物學(xué)報. 2017(10)
[2]A long noncoding RNA involved in rice reproductive development by negatively regulating osa-miR160[J]. Meng Wang,Hua-Jun Wu,Jun Fang,Chengcai Chu,Xiu-Jie Wang.  Science Bulletin. 2017(07)
[3]長非編碼RNA研究進(jìn)展及其在油棕環(huán)境適應(yīng)中的調(diào)控作用[J]. 周麗霞,肖勇.  安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(27)
[4]棉花莖端發(fā)育長鏈非編碼RNA的鑒定及功能預(yù)測[J]. 王芙蓉,喬清華,陳鵬云,袁哲誠,陳煜,樊守金,張軍.  棉花學(xué)報. 2016(05)
[5]Transcriptome analysis reveals long noncoding RNAs involved in fiber development in cotton （Gossypium arboreum）[J]. Changsong Zou,Qiaolian Wang,Cairui Lu,Wencui Yang,Youping Zhang,Hailiang Cheng,Xiaoxu Feng,Mtawa Andrew Prosper,Guoli Song.  Science China（Life Sciences）. 2016(02)

碩士論文
[1]萊茵衣藻光合產(chǎn)氫過程中非編碼RNA的調(diào)控機(jī)理研究[D]. 陳美容.深圳大學(xué) 2016



本文編號：3684428