發(fā)布時間：2022-01-02 16:00

　　泡桐是我國重要的速生用材樹種之一,在我國生態(tài)環(huán)境改善,保障糧食生產(chǎn)安全這方面起著重要的作用。然而,由于泡桐叢枝�。≒aulownia Witches Broom,PaWB）的危害,給泡桐產(chǎn)業(yè)的經(jīng)濟發(fā)展造成巨大的損失。叢枝病的發(fā)生是由植原體（Paulownia Witches Phytoplasma）引起的毀滅性病害,因為植原體難以體外培養(yǎng),到目前為止叢枝病發(fā)生的分子機制仍不清楚。植物miRNAs作為一種重要的調(diào)控因子,在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)節(jié)基因的表達。本研究是國內(nèi)外首次基于泡桐基因組對白花泡桐、毛泡桐和豫雜一號泡桐中響應(yīng)叢枝病的mi RNA進行研究,通過高通量測序鑒定出了泡桐中與叢枝病發(fā)生相關(guān)mi RNAs;同時利用TargetFinder軟件預(yù)測和降解組分析的方法鑒定響應(yīng)叢枝病相關(guān)miRNA的靶基因。然后采用qRT-PCR方法驗證了測序結(jié)果的準確性,以及分析了mi RNAs和其靶基因的表達模式。該研究結(jié)果為全面揭示泡桐叢枝病發(fā)生的分子機制鑒定了基礎(chǔ),同時也為植原體病害防治技術(shù)的研究、為泡桐新品種培育研究等方面提供了十分重要的參考價值。本研究以白花泡桐、毛泡桐以及雜交種豫雜一號泡桐的健康苗、... 

【文章來源】：河南農(nóng)業(yè)大學河南省

【文章頁數(shù)】：97 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

技術(shù)路線Fig.2Technologyroadmap

圖 3 Small RNATreuSeq 建庫流程圖Fig. 3 TruSeq experiment process3.4.3 小分子 RNA 的測序數(shù)據(jù)分析流程miRNA 數(shù)據(jù)分析是由聯(lián)川生物自主開發(fā)的 ACGT101-miR（LC Sciences, Houston, Texas,USA） 軟件進行分析，ACGT101-miR （LC Sciences, Houston, Texas, USA）總體的分析流程如下圖 4：

15圖 4 小 RNA 數(shù)據(jù)分析流程Fig. 4 A workflow bioinformatics analysis of small RNA sequencing言之，通過 Illumina FastQC 對測序得到的原始序列（raw reads）進行數(shù)獲取 Q30 數(shù)據(jù)后，通過一系列數(shù)據(jù)處理，將垃圾序列（3’、5’接頭、污染oyA（N 特征序列）進行過濾，接著通過長度篩選，去除堿基長度小于 18n狀況有助于我們對 small RNA 的種類進行初步判斷，再將剩余序列比對各列（不包含 miRNA），如 mRNA、RFam（篩選和去除同 rRNA, scRNA, tRNA 等相關(guān)的序列）和 Repbase（重復(fù)序列，篩選和去除同 repeat 相關(guān)的據(jù)上述步驟過濾后所剩余的測序序列（NoAnnotation），通過 Bowtie 比對到庫中，對于比對上的序列，進一步通過與泡桐基因組比對，比對上的序列RNA，比對不上的序列，則用于預(yù)測新 miRNA，這些鑒定到的已知 miRN

【參考文獻】：
期刊論文
[1]楊樹LAR基因的克隆及表達對兒茶素合成的影響[J]. 左濤,包海,陳慧,蘇衍修,常聚普,郭利民,賀偉,王延偉.  中南林業(yè)科技大學學報. 2016(12)
[2]光敏色素互作因子PIFs是整合多種信號調(diào)控植物生長發(fā)育的核心元件[J]. 楊劍飛,王宇,楊琳,李玉花.  植物生理學報. 2014(08)
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[4]MicroRNA靶基因的高通量鑒定方法[J]. 陳靈鋒,張均平,王明席.  中國生物化學與分子生物學報. 2013(03)
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[6]棗瘋病植原體對棗樹葉綠素及幾種保護性酶的影響[J]. 劉雅倩,彭龍,寧強,趙錦,劉孟軍.  華北農(nóng)學報. 2012(02)
[7]甲基磺酸甲酯處理毛泡桐叢枝病幼苗的形態(tài)變化及SSR分析[J]. 曹喜兵,范國強,翟曉巧.  植物病理學報. 2012(02)
[8]桑樹病原原核生物及其病害的研究進展（Ⅰ）[J]. 蒯元璋.  蠶業(yè)科學. 2012(01)
[9]硫酸二甲酯對白花泡桐叢枝病幼苗形態(tài)變化及DNA堿基序列的影響[J]. 趙改麗,趙振利,范國強,曹喜兵.  河南農(nóng)業(yè)大學學報. 2011(03)
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博士論文
[1]泡桐叢枝植原體胸苷酸激酶及tRNA-異戊烯基焦磷酸轉(zhuǎn)移酶基因研究[D]. 宋傳生.中國林業(yè)科學研究院 2014

碩士論文
[1]植原體侵染對桑樹miRNAs表達譜和代謝組的影響研究[D]. 韓雪娟.山東農(nóng)業(yè)大學 2013



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