馬尾松（Pinus massoniana）是我國南方最主要的優(yōu)質(zhì)針葉用材樹種之一,其用材林面積居全國首位。目前,已有多種分子標(biāo)記技術(shù)用于馬尾松遺傳多樣性評(píng)價(jià),但尚無基于馬尾松轉(zhuǎn)錄組序列的共顯性遺傳標(biāo)記,無法滿足分子標(biāo)記輔助育種的需要。為了全面解析馬尾松種質(zhì)的遺傳信息,利用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)開發(fā)SSR標(biāo)記,是較為經(jīng)濟(jì)高效的DNA分子標(biāo)記技術(shù)。本文在馬尾松轉(zhuǎn)錄組測序的基礎(chǔ)上,分析了轉(zhuǎn)錄組序列中的分布類型及特征,設(shè)計(jì)合成SSR引物,開發(fā)出共顯性標(biāo)記,并對(duì)143份種質(zhì)的遺傳多樣性、親緣關(guān)系、群體內(nèi)和群體間分化程度、群體遺傳結(jié)構(gòu)等開展了系統(tǒng)研究,旨在為馬尾松種質(zhì)資源的收集、保存和遺傳育種提供參考。主要結(jié)果如下:1)自主開發(fā)了基于馬尾松轉(zhuǎn)錄組測序的SSR引物。在獲得的70,896條基因簇（Unigene）中共檢測出3,329個(gè)SSR位點(diǎn),分布在3,074條Unigenes上,發(fā)生頻率為4.69%,平均距離為20.94 kb。轉(zhuǎn)錄組中優(yōu)勢(shì)重復(fù)基序?yàn)閱魏塑账�、三核苷酸和二核苷�?優(yōu)勢(shì)重復(fù)基元分別是A/T、AAG/CTT、AT/AT。設(shè)計(jì)合成的200對(duì)引物中引物擴(kuò)增率為78.5%,引物目的片段長度在100-50... 

【文章來源】：貴州大學(xué)貴州省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：88 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

技術(shù)路線

28(f)五核苷酸 Pentanucleotide SSR (g)六核苷酸 Hexanucleotide SSR圖 2-1 SSR 的重復(fù)類型及各類核苷酸重復(fù)基元Figure 2-1 Repeat types of SSR and various nucleotide repeat primers

.3.3 模板DNA和引物濃度對(duì)SSR反應(yīng)體系的影響8 種不同 DNA 和引物濃度組合的 SSR-PCR 擴(kuò)增結(jié)果顯示，除了引物 Pms49物為 0.2 μL，DNA 分別為 0.5 μL 和 1 μL 時(shí)（A1、A2 甬道）擴(kuò)增出的條帶不晰外，其余各組合均能擴(kuò)增出較為清晰的條帶，但擴(kuò)增的條帶數(shù)目和質(zhì)量在組出現(xiàn)一定的差異，這種差異有的比較明顯。如引物 Pms49 在模板 DNA 均為 1 μ物分別為 0.3 μL 和 0.5 μL（A4 與 A6 甬道）時(shí)，0.5 μL 較 0.3 μL 有拖尾現(xiàn)象，能是多余的引物沒有 DNA 可結(jié)合形成的引物二聚體；而當(dāng)引物量為 0.3 μL，D別為 0.5 μL 和 1 μL（A3 與 A4 甬道）時(shí)，0.5 μL 較 1 μL 條帶不夠清晰。即當(dāng) Pms49 的 DNA 為 1 μL，引物為 0.3 μL 時(shí)擴(kuò)增效果最好；同樣，引物 Pms544 甬道擴(kuò)增效果最好（DNA 同樣為 1 μL，引物為 0.3 μL）（圖 2-3）。最終確定SR-PCR 反應(yīng)體系如表 2-7 所示。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]不同地域馬尾松優(yōu)良無性系ISSR遺傳多樣性分析[J]. 崔博文,范付華,丁貴杰,謝維斌,楊章旗,洪永輝,文曉鵬.  種子. 2016(09)
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[3]基于馬尾松反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子序列的IRAP分子標(biāo)記開發(fā)及應(yīng)用[J]. 崔博文,范付華,丁貴杰,楊章旗,文曉鵬.  林業(yè)科學(xué)研究. 2016(03)
[4]油松胚珠轉(zhuǎn)錄組微衛(wèi)星特征分析[J]. 安俊,鄭彩霞,姚陽,陳彬麗.  北京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2016(05)
[5]馬尾松PmLFY和PmNLY基因的克隆與表達(dá)分析[J]. 陳虎,楊章旗,徐慧蘭,吳東山,羅群風(fēng),白天道.  分子植物育種. 2015(11)
[6]轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在生物測序中的應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 賈昌路,張瑤,朱玲,張銳.  分子植物育種. 2015(10)
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[8]云南松轉(zhuǎn)錄組SSR的分布及其序列特征[J]. 蔡年輝,許玉蘭,徐楊,鄧麗麗,周麗,王大瑋,何承忠,段安安.  云南大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2015(05)
[9]紅松轉(zhuǎn)錄組SSR分析及EST-SSR標(biāo)記開發(fā)[J]. 張振,張含國,莫遲,張磊.  林業(yè)科學(xué). 2015(08)
[10]基于SSR標(biāo)記的六倍體小黑麥遺傳多樣性分析[J]. 胡立芹,張超,徐林濤,張一鐸,馬瑩雪,王洪剛.  植物遺傳資源學(xué)報(bào). 2015(04)

博士論文
[1]馬尾松種質(zhì)資源分子評(píng)價(jià)與體胚發(fā)育技術(shù)研究[D]. 楊模華.中南林業(yè)科技大學(xué) 2012
[2]馬尾松材性與產(chǎn)脂性狀遺傳改良研究[D]. 楊章旗.北京林業(yè)大學(xué) 2012

碩士論文
[1]杜仲全基因組SSR標(biāo)記開發(fā)及遺傳多樣性評(píng)價(jià)[D]. 吳敏.中國林業(yè)科學(xué)研究院 2014
[2]杜仲EST-SSR引物開發(fā)及遺傳多樣性研究[D]. 黃海燕.中國林業(yè)科學(xué)研究院 2013
[3]基于轉(zhuǎn)錄組信息的百合SSR標(biāo)記開發(fā)及種質(zhì)分子鑒定研究[D]. 葛亮.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2012
[4]馬尾松優(yōu)良家系遺傳多樣性的ISSR及EST-SSR研究[D]. 邵俊培.中南林業(yè)科技大學(xué) 2012
[5]馬尾松與黃山松種間基因漸滲研究[D]. 閻毛毛.南京林業(yè)大學(xué) 2011
[6]吉林天然紅松林遺傳多樣性的ISSR分析[D]. 賈俊玲.遼寧師范大學(xué) 2011
[7]湖南馬尾松種子園遺傳多樣性研究[D]. 楊玉潔.中南林業(yè)科技大學(xué) 2010
[8]利用SSR標(biāo)記和大配子體構(gòu)建馬尾松遺傳圖譜[D]. 蔡娟娟.南京林業(yè)大學(xué) 2009
[9]油松遺傳多樣性與空間遺傳結(jié)構(gòu)研究[D]. 郝真真.山西大學(xué) 2009
[10]馬尾松1.5代無性系種子園花量調(diào)查與遺傳多樣性分析[D]. 張小琴.南京林業(yè)大學(xué) 2008



本文編號(hào)：3438714