基于基因組重測序的銀杏種群進化歷史研究
發(fā)布時間:2021-10-08 13:27
正如達爾文所言,“活化石”物種提供了研究物種滅絕、競爭和適應性等進化生物學重要科學問題的絕佳機會。然而,幾個世紀以來關(guān)于“活化石”是否為進化末端以及人類對“活化石”保存和復興的作用等問題仍然是未解之謎。銀杏(Ginkgo biloba L.)是最古老的“活化石”植物之一,為我們研究人類如何幫助物種傳播和復興提供了一個激動人心的例子。盡管銀杏進化歷史取得了諸多研究進展,但是仍有一系列問題有待解決,如是否存在更多“避難所”、“避難所”譜系形成的進化過程、種群響應更新世氣候變化的動態(tài)歷史、走出“避難所”和走出中國的歷史等。這些問題的解決有助于“活化石”進化末端和人類輔助保育假說的探討。本研究在課題組前期研究基礎(chǔ)上,進一步對全球51個種群545棵銀杏大樹進行了基因組重測序(數(shù)據(jù))和分析,ADMIXTURE遺傳分組、鄰接樹(NJ)法、主成分分析(PCA)法及遺傳多樣性等分析確定了中國存在4個古老的遺傳成分和3個“避難所”譜系(分別位于中國東部、西南部、南部),并獲得了物種分布模型(SDM)的支持;趩蝹基因組的遞次式對偶溯祖法(PSMC)分析和基于多個體基因組的統(tǒng)計模擬(Fastsimcoal...
【文章來源】:浙江大學浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:91 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
銀杏種群遺傳結(jié)構(gòu)(a)假定祖先數(shù)K=2–10的ADMIXTURE種群遺傳結(jié)構(gòu)分析,X軸標記為銀杏種群,Y軸為模擬出的每個樣本各假定祖先成分;(b)銀杏種群地理分布圖,餅圖的半徑對應種群大小,顏色表示假定祖先成分(對應a圖中K=4的結(jié)果)
.1 基于葉綠體基因組數(shù)據(jù)構(gòu)建的銀杏國內(nèi) 458 個體鄰接樹 顏色分別代表不同譜ig 4.1 Neighbor-joining (NJ) tree of 458 ginkgo samples from China based on plastodatasets. Colored labels represent individuals of different lineages.
33基于葉綠體基因組數(shù)據(jù)構(gòu)建的銀杏三個譜系(東部 南部和西南部譜系)297 個接樹 顏色分別代表不同譜系 4.2 Neighbor-joining (NJ) tree of 458 ginkgo samples from three lineages (i.e., EAH and SWEST) based on plastome datasets. Colored labels represent individuals of lineages.
【參考文獻】:
期刊論文
[1]從保護遺傳學到保護基因組學[J]. 譚鑫鑫,李明. 安徽大學學報(自然科學版). 2018(06)
[2]從《物種起源》談術(shù)語“活化石”的由來[J]. 孫啟高. 地質(zhì)論評. 2009(04)
[3]中國第四紀冰期數(shù)值年表初步劃分[J]. 易朝路,崔之久,熊黑鋼. 第四紀研究. 2005(05)
[4]孑遺植物銀杏群體遺傳多樣性的ISSR分析[J]. 葛永奇,邱英雄,丁炳揚,傅承新. 生物多樣性. 2003(04)
[5]活化石植物——亟待拯救、保護和研究[J]. 湯彥承,路安民,陳之端. 生物多樣性. 1997(04)
[6]天目山銀杏群體遺傳變異的同工酶分析[J]. 吳俊元,陳品良,湯詩杰. 植物資源與環(huán)境. 1992(02)
[7]銀杏的雌雄同株(初報)[J]. 李正理. Journal of Integrative Plant Biology. 1957(03)
碩士論文
[1]銀杏天目山“避難所”群體的小尺度遺傳結(jié)構(gòu)與基因流研究[D]. 謝春香.浙江大學 2014
本文編號:3424254
【文章來源】:浙江大學浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:91 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
銀杏種群遺傳結(jié)構(gòu)(a)假定祖先數(shù)K=2–10的ADMIXTURE種群遺傳結(jié)構(gòu)分析,X軸標記為銀杏種群,Y軸為模擬出的每個樣本各假定祖先成分;(b)銀杏種群地理分布圖,餅圖的半徑對應種群大小,顏色表示假定祖先成分(對應a圖中K=4的結(jié)果)
.1 基于葉綠體基因組數(shù)據(jù)構(gòu)建的銀杏國內(nèi) 458 個體鄰接樹 顏色分別代表不同譜ig 4.1 Neighbor-joining (NJ) tree of 458 ginkgo samples from China based on plastodatasets. Colored labels represent individuals of different lineages.
33基于葉綠體基因組數(shù)據(jù)構(gòu)建的銀杏三個譜系(東部 南部和西南部譜系)297 個接樹 顏色分別代表不同譜系 4.2 Neighbor-joining (NJ) tree of 458 ginkgo samples from three lineages (i.e., EAH and SWEST) based on plastome datasets. Colored labels represent individuals of lineages.
【參考文獻】:
期刊論文
[1]從保護遺傳學到保護基因組學[J]. 譚鑫鑫,李明. 安徽大學學報(自然科學版). 2018(06)
[2]從《物種起源》談術(shù)語“活化石”的由來[J]. 孫啟高. 地質(zhì)論評. 2009(04)
[3]中國第四紀冰期數(shù)值年表初步劃分[J]. 易朝路,崔之久,熊黑鋼. 第四紀研究. 2005(05)
[4]孑遺植物銀杏群體遺傳多樣性的ISSR分析[J]. 葛永奇,邱英雄,丁炳揚,傅承新. 生物多樣性. 2003(04)
[5]活化石植物——亟待拯救、保護和研究[J]. 湯彥承,路安民,陳之端. 生物多樣性. 1997(04)
[6]天目山銀杏群體遺傳變異的同工酶分析[J]. 吳俊元,陳品良,湯詩杰. 植物資源與環(huán)境. 1992(02)
[7]銀杏的雌雄同株(初報)[J]. 李正理. Journal of Integrative Plant Biology. 1957(03)
碩士論文
[1]銀杏天目山“避難所”群體的小尺度遺傳結(jié)構(gòu)與基因流研究[D]. 謝春香.浙江大學 2014
本文編號:3424254
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