基于基因組重測序的銀杏種群進(jìn)化歷史研究
發(fā)布時(shí)間:2021-10-08 13:27
正如達(dá)爾文所言,“活化石”物種提供了研究物種滅絕、競爭和適應(yīng)性等進(jìn)化生物學(xué)重要科學(xué)問題的絕佳機(jī)會(huì)。然而,幾個(gè)世紀(jì)以來關(guān)于“活化石”是否為進(jìn)化末端以及人類對“活化石”保存和復(fù)興的作用等問題仍然是未解之謎。銀杏(Ginkgo biloba L.)是最古老的“活化石”植物之一,為我們研究人類如何幫助物種傳播和復(fù)興提供了一個(gè)激動(dòng)人心的例子。盡管銀杏進(jìn)化歷史取得了諸多研究進(jìn)展,但是仍有一系列問題有待解決,如是否存在更多“避難所”、“避難所”譜系形成的進(jìn)化過程、種群響應(yīng)更新世氣候變化的動(dòng)態(tài)歷史、走出“避難所”和走出中國的歷史等。這些問題的解決有助于“活化石”進(jìn)化末端和人類輔助保育假說的探討。本研究在課題組前期研究基礎(chǔ)上,進(jìn)一步對全球51個(gè)種群545棵銀杏大樹進(jìn)行了基因組重測序(數(shù)據(jù))和分析,ADMIXTURE遺傳分組、鄰接樹(NJ)法、主成分分析(PCA)法及遺傳多樣性等分析確定了中國存在4個(gè)古老的遺傳成分和3個(gè)“避難所”譜系(分別位于中國東部、西南部、南部),并獲得了物種分布模型(SDM)的支持;趩蝹(gè)基因組的遞次式對偶溯祖法(PSMC)分析和基于多個(gè)體基因組的統(tǒng)計(jì)模擬(Fastsimcoal...
【文章來源】:浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:91 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
銀杏種群遺傳結(jié)構(gòu)(a)假定祖先數(shù)K=2–10的ADMIXTURE種群遺傳結(jié)構(gòu)分析,X軸標(biāo)記為銀杏種群,Y軸為模擬出的每個(gè)樣本各假定祖先成分;(b)銀杏種群地理分布圖,餅圖的半徑對應(yīng)種群大小,顏色表示假定祖先成分(對應(yīng)a圖中K=4的結(jié)果)
.1 基于葉綠體基因組數(shù)據(jù)構(gòu)建的銀杏國內(nèi) 458 個(gè)體鄰接樹 顏色分別代表不同譜ig 4.1 Neighbor-joining (NJ) tree of 458 ginkgo samples from China based on plastodatasets. Colored labels represent individuals of different lineages.
33基于葉綠體基因組數(shù)據(jù)構(gòu)建的銀杏三個(gè)譜系(東部 南部和西南部譜系)297 個(gè)接樹 顏色分別代表不同譜系 4.2 Neighbor-joining (NJ) tree of 458 ginkgo samples from three lineages (i.e., EAH and SWEST) based on plastome datasets. Colored labels represent individuals of lineages.
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]從保護(hù)遺傳學(xué)到保護(hù)基因組學(xué)[J]. 譚鑫鑫,李明. 安徽大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2018(06)
[2]從《物種起源》談術(shù)語“活化石”的由來[J]. 孫啟高. 地質(zhì)論評. 2009(04)
[3]中國第四紀(jì)冰期數(shù)值年表初步劃分[J]. 易朝路,崔之久,熊黑鋼. 第四紀(jì)研究. 2005(05)
[4]孑遺植物銀杏群體遺傳多樣性的ISSR分析[J]. 葛永奇,邱英雄,丁炳揚(yáng),傅承新. 生物多樣性. 2003(04)
[5]活化石植物——亟待拯救、保護(hù)和研究[J]. 湯彥承,路安民,陳之端. 生物多樣性. 1997(04)
[6]天目山銀杏群體遺傳變異的同工酶分析[J]. 吳俊元,陳品良,湯詩杰. 植物資源與環(huán)境. 1992(02)
[7]銀杏的雌雄同株(初報(bào))[J]. 李正理. Journal of Integrative Plant Biology. 1957(03)
碩士論文
[1]銀杏天目山“避難所”群體的小尺度遺傳結(jié)構(gòu)與基因流研究[D]. 謝春香.浙江大學(xué) 2014
本文編號:3424254
【文章來源】:浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:91 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
銀杏種群遺傳結(jié)構(gòu)(a)假定祖先數(shù)K=2–10的ADMIXTURE種群遺傳結(jié)構(gòu)分析,X軸標(biāo)記為銀杏種群,Y軸為模擬出的每個(gè)樣本各假定祖先成分;(b)銀杏種群地理分布圖,餅圖的半徑對應(yīng)種群大小,顏色表示假定祖先成分(對應(yīng)a圖中K=4的結(jié)果)
.1 基于葉綠體基因組數(shù)據(jù)構(gòu)建的銀杏國內(nèi) 458 個(gè)體鄰接樹 顏色分別代表不同譜ig 4.1 Neighbor-joining (NJ) tree of 458 ginkgo samples from China based on plastodatasets. Colored labels represent individuals of different lineages.
33基于葉綠體基因組數(shù)據(jù)構(gòu)建的銀杏三個(gè)譜系(東部 南部和西南部譜系)297 個(gè)接樹 顏色分別代表不同譜系 4.2 Neighbor-joining (NJ) tree of 458 ginkgo samples from three lineages (i.e., EAH and SWEST) based on plastome datasets. Colored labels represent individuals of lineages.
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]從保護(hù)遺傳學(xué)到保護(hù)基因組學(xué)[J]. 譚鑫鑫,李明. 安徽大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2018(06)
[2]從《物種起源》談術(shù)語“活化石”的由來[J]. 孫啟高. 地質(zhì)論評. 2009(04)
[3]中國第四紀(jì)冰期數(shù)值年表初步劃分[J]. 易朝路,崔之久,熊黑鋼. 第四紀(jì)研究. 2005(05)
[4]孑遺植物銀杏群體遺傳多樣性的ISSR分析[J]. 葛永奇,邱英雄,丁炳揚(yáng),傅承新. 生物多樣性. 2003(04)
[5]活化石植物——亟待拯救、保護(hù)和研究[J]. 湯彥承,路安民,陳之端. 生物多樣性. 1997(04)
[6]天目山銀杏群體遺傳變異的同工酶分析[J]. 吳俊元,陳品良,湯詩杰. 植物資源與環(huán)境. 1992(02)
[7]銀杏的雌雄同株(初報(bào))[J]. 李正理. Journal of Integrative Plant Biology. 1957(03)
碩士論文
[1]銀杏天目山“避難所”群體的小尺度遺傳結(jié)構(gòu)與基因流研究[D]. 謝春香.浙江大學(xué) 2014
本文編號:3424254
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