泡桐叢枝病是由植原體引起的一種傳染性病害,不僅給泡桐生產造成巨大的經濟損失,而且也嚴重影響人們種植泡桐的積極性。泡桐叢枝病是我國林業(yè)生產中亟需解決的問題之一,在過去的40多年中,科研工作者對泡桐叢枝病和植原體兩方面進行了研究,首先,科研人員進行大量的生理生化及相關基因表達的研究,對叢枝病植原體也開展了病原的傳播途徑,分類,繁殖方式等研究工作,但是叢枝病的發(fā)病機理仍不清楚。在本研究中,以白花泡桐、毛泡桐以及雜交種豫雜一號泡桐的健康苗、叢枝病苗和用15mg·L-1硫酸二甲酯（Dimethyl sulphonate,DMS）甲基劑處理的病苗為實驗材料,成功的構建了9個s RNA文庫（PF、PFI、PFI-D15、PT、PTI、PTI-D15、PTF、PTFI、PTFI-D15）并進行了測序分析。在觀察幼苗形態(tài)變化的同時,從分子生物學水平研究了植原體侵入對白花泡桐,豫雜一號泡桐和毛泡桐基因表達的影響�，F將結果歸納如下:（1）對3個種泡桐的9個s RNA文庫進行了測序,每個樣品均測到近1千萬條raw reads序列。利用生物信息學軟件分析后,然后分別得到Validreads（PF）1137862... 

【文章來源】：河南農業(yè)大學河南省

【文章頁數】：81 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

SmallRNA建庫流程圖

圖 2 測序數據分析流程Figure 2Process of Data analysis.2.5.2 已知 miRNA 和 novel miRNA 及其靶基因的鑒定將保留下來的堿基長度在 18-25nt(植物)的序列比對各種 RNA 數據庫（不包含 miRNA），如 mRNA 、 RFam( 包 含 rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA 等 ) 和 重 復 序 列 數 據 庫（http://www.girinst.org/repbase），并進行過濾。將上述清理、去除過后所剩余的測序序列(No Annotation)，通過 Bowtie 比對到 miRBase21.0 數據庫，鑒定泡桐中已知的 miRNA，同時發(fā)現新的 5p 或者 3p miRNA 序列。其中，比對到基因組的成熟體序列部分 miRNA 即為已知報道的 miRNA，而如果檢測到的序列能夠比對到已知 miRNA 的對應臂部位則可以被確定為新的 5p 或者 3p miRNA 候選序列。未比對上的序列，再一次通過 Bowtie 比對到 miRBase21.0中其它選定物種的前體上，并且比對上的 miRNA 前體序列通過進一步比對上測序物種的基因組序列從而鑒定出該類已報道 miRNA。由于以上兩類鑒定出的 miRNA 都來自 miRBase 數據庫已報道的序列，因而我們定義為已知的 miRNA。除此以外的其它仍未鑒定出的測序序列則進一步通過與基因組比對，對于比對上的序列，則在基因組上相應比對位點，通過堿基數目延伸 （ 植 物 120nt ） ， 并 采 用 RNAfold 軟 件 (http://rna.tbi.univie.ac.

2.6 miRNA 的差異表達分析響應泡桐叢枝病植原體 miRNA 的鑒定方法參照 Niu et al.（2014）方法進行。首先將每個文庫的 miRNA 的表達量進行歸一化，如果兩個樣品的某個 miRNAs 基因表達量為零，則修改為 0.01；并使用 log1.2（Ratio）比較每兩個文庫共同表達 miRNA 的表達量差異（具體方案參照圖 3），由此獲得響應叢枝病的 miRNA。P-value 公式如下：P x y= （NN12） (1)12!!(1) xyNNxyx y！C yyxmin = min0p()yyyyxD yyxmax = maxp()yyyx（N1 和 N2 分別代表在 PF、 PFI 和 PFI-D15（或 PT、PTI 和 PTI-D15; 或 PTF 、 PTFI 和 PTFI-D15） 的總reads數; x和y PF 、PFI和PFI-D1（5或 PT、PTI和PTI-D15; 或PTF、PTFI和PTFI-D15）的總surveyedreads數; C 和 D 被認為是 P-value 檢測可能存在的離散分布）

【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
[1]高溫脅迫誘導的可變剪切調控植物MicroRNA加工的研究[D]. 顏康.山東農業(yè)大學 2013

碩士論文
[1]植原體侵染對桑樹miRNAs表達譜和代謝組的影響研究[D]. 韓雪娟.山東農業(yè)大學 2013
[2]硫酸二甲酯處理泡桐叢枝病幼苗形態(tài)變化及SSR和AFLP分析[D]. 趙改麗.河南農業(yè)大學 2012
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本文編號：3421513