樟樹（Cinnamomum camphora）屬于樟科（Lauraceae）樟屬（Cinnamomum Trew）植物,廣布于我國南方各省區(qū)。樟樹分子學(xué)研究薄弱,目前尚未有關(guān)于樟樹全基因組分子標(biāo)記開發(fā)和應(yīng)用研究的報(bào)道。本研究基于樟樹全基因組序列開發(fā)了一批SSR引物,并隨機(jī)挑選部分引物進(jìn)行了多態(tài)性檢測及在樟科其它植物中進(jìn)行了通用性分析。研究結(jié)果如下:1.對樟樹全基因組SSR位點(diǎn)的分布、頻率和基元特征進(jìn)行了分析。樟樹的全基因組序列中,利用MISA軟件共檢索獲得1⁶個(gè)核苷酸重復(fù)的SSR位點(diǎn)114,774個(gè),平均350bp出現(xiàn)1個(gè)微衛(wèi)星;SSR的主要重復(fù)類型為單核苷酸和二核苷酸,分別占SSR總數(shù)的55.93%和32.19%;A/T基元和（AG）_n基元為主要基元。獲得了7193對SSR引物。2.樟樹全基因組SSR引物多態(tài)性檢測及群體遺傳多樣性初步分析。隨機(jī)設(shè)計(jì)合成200對引物,當(dāng)中61對引物在樟樹5份樣品中具有多態(tài)性;選擇多態(tài)性較好的27對引物對3個(gè)古樟群體進(jìn)行了分析,共檢測到115個(gè)等位基因（na）,平均每個(gè)位點(diǎn)擴(kuò)增出4.2593個(gè)等位基因;有效等位... 

【文章來源】：江西農(nóng)業(yè)大學(xué)江西省

【文章頁數(shù)】：58 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

樟樹在中國的分布

樟樹全基因組SSR特征分析15圖2-1不同核苷酸類型微衛(wèi)星組分信息Fig.2-1Theinformationofdifferenttypesofnucleotidesmicrosatellite2.2.4樟樹全基因組SSR基元類型及比例進(jìn)一步對樟樹全基因組SSR基元的組成進(jìn)行分析，分析結(jié)果如圖2-2，單核苷酸類型重復(fù)基元中主要是A/T，占單核苷酸基元總數(shù)的97.34%，C/G重復(fù)基元僅占2.66%；二核苷酸類型的重復(fù)基元主要是(AG)n，占二核苷酸基元總數(shù)的68.26%，其次是(AT)n和(AC)n，分別占24.38%和7.32%；在三核苷酸類型的SSR基元中，(AAG)n、(AAT)n和(ATC)n是主要基元，分別占42.49%、34.67%和8.18%。此外，四、五和六核苷酸基元類型極少，僅占SSR總數(shù)的4.36%。

樟樹全基因組SSR分子標(biāo)記開發(fā)16圖2-2樟樹全基因組SSR中不同基元類型含量比例Fig.2-2PercentageofrepeatsindifferenttypesofgenomicSSRinCinnamomumcamphora2.3小結(jié)與討論從已獲得的樟樹全基因組序列中，共查找出114,774個(gè)SSR位點(diǎn)，對微衛(wèi)星分布頻率進(jìn)行分析，平均350bp出現(xiàn)1個(gè)微衛(wèi)星，說明樟樹SSR位點(diǎn)較為豐富。1~6核苷酸重復(fù)類型均存在，但各類型分布頻率差異較大，其主要重復(fù)類型是單核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，四、五、六核苷酸類型重復(fù)基元數(shù)量很少，總計(jì)4.36%。生物的基因組越小，其單堿基重復(fù)序列就越多，并且隨著物種的基因組增大，單堿基重復(fù)序列越少，其他堿基類型微衛(wèi)星逐漸增多[90-91]。而本研究中樟樹的單核苷酸SSR占55.93%，其原因可能是從樟樹的全基因組重復(fù)序列開發(fā)出的SSR標(biāo)記，不是從樟樹基因組數(shù)據(jù)開發(fā)的SSR標(biāo)記，也可能是樟樹的全基因組序列與其它物種有一定差異造成的。本研究開發(fā)的SSR是以單、二核苷酸重復(fù)類型為主，這和大多數(shù)植物的研究結(jié)果是一致的。如在甜菜（Betavulgaris）[92]、黃瓜（Cucumissativus）[93]、茶樹（Camelliasinensis）[94]、油茶（Camelliaoleifera）[95]、和棗（Ziziphusjujuba）[96-97]等物種中也有相似現(xiàn)象，而水稻[98]、海島棉（Gossypiumbarbadense）[99]、碧桃（Amygdaluspersicavar.persicaf.duple）[100]是三堿基重復(fù)的優(yōu)勢重復(fù)類型，而棗[101]是六堿基重復(fù)的優(yōu)勢重復(fù)類型。微衛(wèi)星的形成可能與DNA的重組變異有關(guān)，微衛(wèi)星不同基元的重復(fù)序列可能通過影響DNA的結(jié)構(gòu)而直接影響DNA的重組[102-103]，因此生物的生命活

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]利用SSR標(biāo)記分析44份玉米自交系的遺傳多樣性[J]. 趙寧娟,孟慶立,張宇文,張華鋒,屈洋,胡銀崗.  種子. 2015(11)
[2]山西梨屬植物資源的SSR遺傳多樣性分析[J]. 曲永青,王然,馬春暉,李鼎立,宋健坤.  北方園藝. 2015(16)
[3]廣西普通油茶種質(zhì)資源遺傳多樣性的SSR分析[J]. 張恩慧,王曉云,覃子海,趙文東,韋長江,王鵬良.  廣西植物. 2016(07)
[4]棗轉(zhuǎn)錄組序列的微衛(wèi)星特征分析[J]. 魏琦琦,林青,賈寶光,吳煉,李承想,張琳.  中南林業(yè)科技大學(xué)學(xué)報(bào). 2015(06)
[5]碧桃花瓣轉(zhuǎn)錄組微衛(wèi)星特征分析[J]. 馬秋月,廖卓毅,張得芳,戴曉港,陳贏男,李淑嫻.  南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2015(03)
[6]香樟的分子生物學(xué)研究進(jìn)展[J]. 鐘永達(dá),胡曉建,余發(fā)新.  江西科學(xué). 2015(02)
[7]樟樹良種繁育及栽培利用研究進(jìn)展[J]. 龔期繩,龔偉.  江西林業(yè)科技. 2014(06)
[8]大青屬植物通用性SSR引物篩選及應(yīng)用[J]. 鄧紹勇,溫強(qiáng),李康琴,葉金山,朱培林.  中草藥. 2014(22)
[9]柿EST-SSR標(biāo)記在柿屬植物中的通用性研究[J]. 羅純,張青林,羅正榮.  湖北農(nóng)業(yè)科學(xué). 2014(22)
[10]樟腦型樟樹組培單芽生根及移栽技術(shù)[J]. 蔡玲,吳幼媚,姚瑞玲,黃金使,易平.  林業(yè)科技開發(fā). 2014(04)

博士論文
[1]基于AFLP和SSR分子標(biāo)記的中國楊梅遺傳多樣性分析[D]. 張水明.浙江大學(xué) 2009
[2]水稻糙米蛋白質(zhì)含量的QTL定位及香稻的資源研究[D]. 張濤.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007
[3]水稻RIL群體SSR標(biāo)記遺傳圖譜構(gòu)建和耐冷相關(guān)性狀QTL的定位[D]. 王付華.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006

碩士論文
[1]棗基因組SSR位點(diǎn)特征分析及引物開發(fā)[D]. 肖京.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[2]浙江楠EST-SSR標(biāo)記開發(fā)及天然種群遺傳多樣性研究[D]. 丁亞軍.浙江農(nóng)林大學(xué) 2014
[3]杜仲全基因組SSR標(biāo)記開發(fā)及遺傳多樣性評價(jià)[D]. 吳敏.中國林業(yè)科學(xué)研究院 2014
[4]鵝掌楸EST-SSR引物大規(guī)模開發(fā)及應(yīng)用[D]. 汪潔.南京林業(yè)大學(xué) 2013
[5]杉木EST-SSR標(biāo)記的開發(fā)與應(yīng)用[D]. 張圣.浙江農(nóng)林大學(xué) 2013
[6]江西古樟遺傳與形態(tài)多樣性的初步研究[D]. 黃萌.江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[7]大豆曲莖性狀基因定位、表達(dá)譜及候選基因功能分析[D]. 孔杰杰.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[8]陸地棉重組近交系群體SSR標(biāo)記遺傳圖譜構(gòu)建與產(chǎn)量性狀QTL定位[D]. 倪會娟.西南大學(xué) 2011
[9]紅楠群體遺傳多樣性及優(yōu)良種源選擇[D]. 姜榮波.中國林業(yè)科學(xué)研究院 2011
[10]利用形態(tài)學(xué)標(biāo)記和SSR分子標(biāo)記分析茄子種質(zhì)資源遺傳多樣性[D]. 韓洪強(qiáng).上海交通大學(xué) 2009



本文編號：3381670