華北落葉松（Larix principis-rupprechtii Mayr）是我國(guó)華北地區(qū)重要的造林樹種,兼具經(jīng)濟(jì)和生態(tài)價(jià)值。華北落葉松的育種目標(biāo)是培育出生長(zhǎng)快、材性好、抗性強(qiáng)的新品種。但由于其生長(zhǎng)周期較長(zhǎng)、遺傳背景復(fù)雜、多數(shù)經(jīng)濟(jì)性狀為數(shù)量性狀,依靠傳統(tǒng)育種方法進(jìn)行新品種選育,通常效率很低。利用DNA分子標(biāo)記進(jìn)行遺傳連鎖圖譜構(gòu)建和QTL定位,并在此基礎(chǔ)上開展分子標(biāo)記輔助選擇,可以縮短育種周期,提高育種效率。然而,由于華北落葉松缺乏基因組數(shù)據(jù)和高質(zhì)量分子標(biāo)記,到目前為止,尚未有關(guān)于該樹種的遺傳圖譜構(gòu)建和QTL定位的報(bào)道。本研究利用華北落葉松轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)開發(fā)多態(tài)性EST-SSR標(biāo)記,并通過開展群體遺傳多樣性分析來驗(yàn)證這些標(biāo)記的實(shí)用性;利用部分新開發(fā)標(biāo)記對(duì)華北落葉松F1作圖群體進(jìn)行雜種鑒定后,采用SLAF-seq技術(shù)進(jìn)行大規(guī)模SNP標(biāo)記開發(fā)并構(gòu)建首張華北落葉松高密度遺傳圖譜;利用連續(xù)兩年的表型測(cè)定數(shù)據(jù),對(duì)8個(gè)生長(zhǎng)和針葉性狀進(jìn)行QTL分析。以上研究對(duì)增加華北落葉松高質(zhì)量分子標(biāo)記數(shù)量,解析重要數(shù)量性狀遺傳結(jié)構(gòu),促進(jìn)分子水平上的遺傳改良具有重要的理論和實(shí)踐意義。主要研究結(jié)果如下:（1）基于轉(zhuǎn)錄... 

【文章來源】：北京林業(yè)大學(xué)北京市 211工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

華北落葉松轉(zhuǎn)錄組中不同SSR基序的頻率分布

華北落葉松EST-SSR標(biāo)記開發(fā)及其多態(tài)性評(píng)價(jià)25圖2.2華北落葉松轉(zhuǎn)錄組中各類型SSR的重復(fù)次數(shù)分布Figure2.2DistributionandfrequencyofSSRrepeatmotifswithdifferentlevelsofreiterationinthetranscriptomeofL.principis-rupprechtii2.2.3EST-SSR標(biāo)記的開發(fā)、驗(yàn)證及通用性分析EST-SSR標(biāo)記的開發(fā)和應(yīng)用流程見圖2.3。利用Primer3軟件對(duì)含有SSR位點(diǎn)的1300條Unigene序列進(jìn)行引物設(shè)計(jì)，共獲得1065對(duì)SSR特異引物。從中隨機(jī)挑選并合成引物240對(duì)，并以起源于華北落葉松不同天然群體的24個(gè)單株樣本DNA為模板對(duì)這些引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增和篩眩其中的51對(duì)引物，盡管嘗試降低退火溫度，但依然無法擴(kuò)增出條帶，其余有PCR產(chǎn)物出現(xiàn)的189對(duì)引物中，41對(duì)擴(kuò)增出非預(yù)期大小的條帶或具有復(fù)雜的擴(kuò)增模式，另外的148對(duì)可以在預(yù)期片段大小位置擴(kuò)增出清晰條帶，其中呈現(xiàn)單態(tài)和多態(tài)的引物分別有96對(duì)和52對(duì)。附錄A提供了52對(duì)多態(tài)性EST-SSR標(biāo)記的詳細(xì)信息。為了進(jìn)一步評(píng)價(jià)新開發(fā)標(biāo)記的多態(tài)性及其用于遺傳多樣性分析的實(shí)用性，選擇其中擴(kuò)增效果最理想的20對(duì)多態(tài)性EST-SSR標(biāo)記對(duì)布置于華北落葉松種子園中的66個(gè)無性系進(jìn)行毛細(xì)管電泳基因分型。圖2.4展示了3對(duì)引物在3個(gè)隨機(jī)個(gè)體中的擴(kuò)增多態(tài)性。值得注意的是，20對(duì)EST-SSR標(biāo)記覆蓋了二、三、四和六核苷酸重復(fù)基序，且其中的18對(duì)具有比二核苷酸更長(zhǎng)的重復(fù)基序。如表2.2所示，20個(gè)多態(tài)性EST-SSR位點(diǎn)在66個(gè)無性系中共計(jì)檢測(cè)出77個(gè)等位基因，各位點(diǎn)等位基因數(shù)（Na）為2~7，平均值為3.85。Shannon信息指數(shù)（I）在0.451~1.344之間，平均值為0.853。多態(tài)信息含量（PIC）作為遺傳多樣性分析中的一個(gè)重要參數(shù)，其變化范圍為0.239~0.613，平均值為0.424，表明這20對(duì)EST-SSR標(biāo)記具有中等水平的多態(tài)性。其他多樣性參數(shù)呈現(xiàn)了類似結(jié)果。平均觀測(cè)

華北落葉松EST-SSR標(biāo)記開發(fā)及其多態(tài)性評(píng)價(jià)27圖2.4引物L(fēng)ar_eSSR44、Lar_eSSR69和Lar_eSSR232在華北落葉松3個(gè)隨機(jī)個(gè)體中的擴(kuò)增多態(tài)性Figure2.4AmplifiedpolymorphismsofprimerpairsLar_eSSR44,Lar_eSSR69andLar_eSSR232inthreerandomindividualsofL.principis-rupprechtii

【參考文獻(xiàn)】：
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博士論文
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碩士論文
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[8]美洲黑楊雜交F1代苗期性狀變異及初選研究[D]. 何浩.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
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本文編號(hào)：3326529