發(fā)布時間：2021-07-27 03:31

　　毛竹是我國最為重要的經(jīng)濟(jì)竹種,具有栽培歷史悠久、種植面積廣、經(jīng)濟(jì)價值高及生態(tài)效益顯著等特點。其中竹筍是竹產(chǎn)業(yè)的重要產(chǎn)品,福建省僅2010年竹筍產(chǎn)量達(dá)69萬噸,占全國產(chǎn)量41.70%,且以毛竹筍為主。毛竹筍是優(yōu)良的蔬菜食品,含豐富的纖維素和蛋白質(zhì),擁有著極高的營養(yǎng)價值和藥用價值。毛竹在不同季節(jié)會產(chǎn)生出春筍、鞭筍和冬筍。其中,冬筍是立秋前后由毛竹的地下莖（竹鞭）鞭芽發(fā)育而成的筍芽,冬筍產(chǎn)量較高,且味道鮮美,深受人們的青睞。有研究表明,在毛竹不同時期的筍其營養(yǎng)物質(zhì)含量有所變化,冬筍高于其他時期,但冬筍發(fā)生和生長的機(jī)制尚未進(jìn)行深入研究,因而本項目以研究毛竹冬筍發(fā)生機(jī)制為目標(biāo),借助第二代高通量測序技術(shù)及第三代全長轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為研究手段,重點研究毛竹冬筍芽、鞭芽及鞭梢芽的基因差異表達(dá)分析,項目采用改良CTAB法和天根試劑盒提取毛竹RNA,并結(jié)合PacBio測序和二代測序（SGS）技術(shù)對毛竹冬筍芽、鞭梢芽及鞭芽的樣本反轉(zhuǎn)錄成的全長cDNA,通過illumina 2500儀器進(jìn)行PE 125bp測序,每個樣品平均得到5G的數(shù)據(jù)量,通過差異表達(dá)分析,我們得到對毛竹冬筍芽、鞭梢芽及鞭芽的在各自生長時期的基因... 

【文章來源】：福建農(nóng)林大學(xué)福建省

【文章頁數(shù)】：70 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    引言
        1.1.1 研究背景
        1.1.2 研究意義和目的
        1.1.3 毛竹生態(tài)學(xué)及形態(tài)學(xué)研究現(xiàn)狀
        1.1.4 毛竹地下部分生長及分布規(guī)律
        1.1.5 毛竹基因組序列研究現(xiàn)狀
        1.1.6 測序技術(shù)的產(chǎn)生、現(xiàn)狀及前景
        1.1.7 轉(zhuǎn)錄組學(xué)的發(fā)展及RNA-seq技術(shù)的應(yīng)用
        1.1.8 本課題研究內(nèi)容
第二章 毛竹基因組測序文庫制備
    2.1 取樣地概況
    2.2 實驗材料
    2.3 實驗步驟
        2.3.1 毛竹總RNA提取
        2.3.2 RNA質(zhì)量分析
        2.3.3 總RNA純化
        2.3.4 RNA-seq文庫構(gòu)建
        2.3.5 轉(zhuǎn)錄組測序流程
            2.3.5.1 原始數(shù)據(jù)過濾
            2.3.5.2 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析
            2.3.5.3 BLAST比對
            2.3.5.4 ALL-Unigene功能注釋及COG分類
            2.3.5.5 Unigene差異表達(dá)基因分析
            2.3.5.6 差異表達(dá)基因代謝通路分析
第三章 實驗數(shù)據(jù)結(jié)果及分析
    3.1 轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)整理
        3.1.1 毛竹與擬南芥同源基因整理
    3.2 毛竹筍芽、鞭梢芽、鞭芽表達(dá)基因的擬南芥同源基因功能注釋
        3.2.1 鞭梢芽與鞭芽基因的差異表達(dá)基因功能注釋
        3.2.2 筍芽與鞭芽基因的差異表達(dá)基因功能注釋
        3.2.3 鞭梢芽與筍芽基因的差異表達(dá)基因功能注釋
    3.3 不同組織差異基因表達(dá)分析
        3.3.1 毛竹鞭梢芽與筍芽、鞭芽差異基因的比對
第四章 結(jié)論與展望
    4.1 結(jié)論
        4.1.1 COG_ONTOLOGY分析總結(jié)
        4.1.2 GOTERM_BP_FAT功能注釋分析總結(jié)
        4.1.3 KEGG_PATHWAY分析總結(jié)
        4.1.4 PIR_SUPERFAMILY分析總結(jié)
    4.2 討論
    4.3 創(chuàng)新性
    4.4 不足與展望
        4.4.1 不足
        4.4.2 展望
參考文獻(xiàn)
致謝



本文編號：3304984