油茶是我國重點(diǎn)發(fā)展的木本油料作物。茶油被譽(yù)為“東方橄欖油”,是一種健康優(yōu)質(zhì)的食用植物油。大力發(fā)展油茶產(chǎn)業(yè)是我國油料作物產(chǎn)業(yè)發(fā)展戰(zhàn)略之一,有助于滿足不斷增長的健康優(yōu)質(zhì)植物油需求。普通油茶（Camellia oleifera）是我國分布最廣、產(chǎn)量最高的油茶物種,果實(shí)大、籽數(shù)多但果皮厚、出籽率低。小果油茶（C.meioc）arpa栽培面積、產(chǎn)量僅次于普通油茶,果小、籽數(shù)少而果皮薄、出籽率高。整合兩者的優(yōu)勢,選育果大、皮薄、出籽率高的油茶,可以顯著提高油茶產(chǎn)量。但小果油茶及普通油茶的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系存在爭議,其果實(shí)大小等性狀分化的分子機(jī)制尚不清楚,對(duì)其遺傳資源挖掘與利用造成限制。本研究采用高通量測序技術(shù)對(duì)山茶屬油茶組（包括普通油茶和小果油茶）、短柱茶組和紅山茶組19個(gè)物種的葉綠體基因組進(jìn)行了測序分析,組裝了葉綠體全基因組。通過比較葉綠體基因組,分析了物種間的序列變異,特別是小果油茶與普通油茶間的差異�；谌~綠體基因組數(shù)據(jù),構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹,分析了小果油茶與普通油茶間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。此外,對(duì)小果油茶與普通油茶果實(shí)生長發(fā)育過程進(jìn)行了觀測。對(duì)果實(shí)生長發(fā)育關(guān)鍵階段的果皮和種子樣本進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測序,分析了不... 

【文章來源】：南昌大學(xué)江西省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：74 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖２．２油茶及其近緣種葉綠體基因組密碼子偏好性??Ｆｉｇｕｒｅ．?２．２?Ｃｏｄｏｎ?ｐａｔｔｅｒｎ?ｕｓａｇｅ?ｏｆ?ｔｈｅ?Ｃ．?ｏｌｅｉｆｅｒａ?ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ?ｇｅｎｏｍｅｓ??２０??

ｉｄｅ?ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ．?Ｐｉ）以反映近緣種的葉綠體基因組不同??區(qū)域核苷酸多態(tài)性。結(jié)果發(fā)現(xiàn)油茶及其近緣種葉綠體基因組間的核苷酸多樣性??指數(shù)相對(duì)較低均小于０．０１，且多態(tài)性較高的幾個(gè)位點(diǎn)如／ｗＷＣ－／ｒｎＧ、??ｒｒｎＦ－Ｗ及；；ｐ／３２－／ｒｎＬ均為葉綠體基因組的非編碼區(qū)，說明油茶及其近緣種的??葉綠體全基因組序列高度保守，差異位點(diǎn)多位于葉綠體基因組的非編碼區(qū)；最??大多態(tài)性指數(shù)對(duì)應(yīng)的區(qū)間位于的非編碼序列區(qū)，多態(tài)性較高的４個(gè)基??因間隔區(qū)及尺／７基因可能是潛在的分子標(biāo)記位點(diǎn)（圖２．３）。??Ｊ?ｐｓｂＫ￣／ｎｉ（．ｊ??．．．Ｊ??ｐｃｆ＾－ｐｓｈＭ??ｙｃ．Ｐ??ｔｒｎＹ－ｍｉｈ］??ｋｒｐ／＾２－／ｒｎＬ?｜??ｉＪＬｉｉｙ＾ＪｊＷＬＬ??圖２．３葉綠體基因組核苷酸多樣性??Ｆｉｇｕｒｅ．?２．３?Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ?ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ?ｏｆ?ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ?ｇｅｎｏｍｅｓ??２．２．３油茶及其近緣種葉綠體基因組的重復(fù)序列分析??（１）重復(fù)序列??重復(fù)序列在葉綠體基因組的結(jié)構(gòu)重組、重排及基因組擴(kuò)張等事件中起著重??要的作用。根據(jù)重復(fù)序列的特征能將其分為兩類，即串聯(lián)重復(fù)序列與散在重復(fù)??序列。??本研究利用在線生物分析網(wǎng)站ＣＰＧＡＶＡＳ２中ＴＲＦ軟件對(duì)重復(fù)單元大于３０??ｂｐ的重復(fù)序列進(jìn)行分析。結(jié)果表明油茶及其近緣種的葉綠體基因組中串聯(lián)重復(fù)??序列數(shù)量介于１８至２４個(gè)之間，主要的片段長度為１１－２０?ｂｐ?（６１．７％）；大部分的??串聯(lián)重復(fù)序列位于基因組的非編碼區(qū)；在編碼基因中，中含有數(shù)量最多的重??２１??

－?—?ｔｒｒ＾ｍ?Ｉ?＂?ｎ——?�。。ⅲⅰ�?？?ｒｒ：＾??Ｃａｍｅｌｌｉａ?ｙｕｈｓｉｗｎｓｌ％?Ｉ?ｍａｔｏｔｙ??＂?ｔａ．ｊ〇〇ｂｐ?；?！?ｉ??１５６．９１０?ｂｐ?—??ｊｓｉａ＾ｒ＊＊＇??????■ｗｗ?■—ｉ．?ａ?ｍａｍ—－ｍｍ?ｗ＾ｒｒｍ?ｒ￣ｉＭＴＨＩＨｔｆＢＷ＇Ｔ＊Ｔｆ?Ｊ?ｒ￣＊－??ＣａｍｃｔＵｎ?ｐｈｅｔｔｏｃＵｔａ－?｜?ｍ＾ａｏｉ＾??１?．?Ｉ??１５６．９９０?ｂｐ??圖２．５油茶及其近緣種葉綠體基因組ＩＲ／ＳＳＣ、ＩＲ／ＬＳＣ邊界比對(duì)??Ｆｉｇｕｒｅ．?２．５?Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ?ｏｆ?ｔｈｅ?ＩＲ／ＳＳＣ，?ＩＲ／ＬＳＣ?ｂｏｕｎｄａｒｙ?ｏｆ?ｔｈｅ?Ｃ．?ｏｌｅｉｆｅｒａ?ａｎｄ?ｒｅｌａｔｉｖｅｓ??ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ?ｇｅｎｏｍｅｓ??２．２．５油茶及其近緣種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系??在本研宄中，先利用己經(jīng)發(fā)表的所有的山茶屬葉綠體基因組，以確定油茶??及其近緣種在山茶屬中的位置。然后，以發(fā)表的茶（（＾／＾＾／／／（＾／斯陽士）葉綠體基因??組作為外類群，將油茶及其近緣種進(jìn)行葉綠體全基因組構(gòu)樹，了解普通油茶及??小果油茶在山茶屬中的位置。構(gòu)建的最大似然樹及貝葉斯樹顯示，２７個(gè)物種的??葉綠體全基因組進(jìn)化樹結(jié)構(gòu)基本一致，僅部分分支的支持率存在差異，在貝葉??斯樹中小果油茶與短柱茶具有更近的親緣關(guān)系，而在最大似然樹中小果油茶與??小果短柱茶聚的更近；２７個(gè)物種的葉綠體全基因組進(jìn)化樹分為三個(gè)大支，而小??果油茶與普通油茶分別位于不同大支上（圖２．６）。??基于油茶及其近緣種葉綠體基因組非編碼區(qū)序列構(gòu)建的進(jìn)化


本文編號(hào)：3293793