野杏SSR標記多樣性及其與表型性狀的關聯分析
發(fā)布時間:2021-06-06 15:08
本文以喀左縣山杏國家林木種質資源保存庫中60個野杏無性系為研究對象,觀測了18個質量性狀和25個數量性狀,利用120對引物進行SSR分子標記擴增,分析了野杏表型性狀和SSR標記的遺傳多樣性,并在此基礎上進行了表型性狀與SSR標記的關聯分析,主要研究結果如下:(1)野杏無性系18個質量性狀中,葉片形狀、花瓣顏色、果肉口感、杏仁口感等主要性狀符合野杏表型特征。25個數量性狀的變異系數在7.8%42.6%之間,其中22個數量性狀的變異系數高于10%。(2)聚類結果主要反映了表型性狀的差異。第一類葉形指數最小,表型性狀總體表現中庸。第二類果核仁性狀數值及嫩枝生長量最大。第三類葉形指數最大,出仁率最小,花果變異類型較多。第四類果形、核形、仁形指數最大,出核率和出仁率較大。第五類出核率、出仁率最高,花變異類型較多。各類分別具有果用、核用、仁用、觀賞及特殊類型的用途。(3)在120對引物中篩選出64對多態(tài)性高的引物,其平均等位基因數為7.438,有效等位基因數平均值為3.359,多態(tài)信息含量平均值為0.639。STRUCTURE分類結果為3個亞群,NTsys聚類結果為4類,主要...
【文章來源】:沈陽農業(yè)大學遼寧省
【文章頁數】:63 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
基于表型性狀的野杏無性系聚類樹狀圖
圖 3-1 DNA 提取后電泳結果Fig. 3-1 Parts of DNA extraction results in this study注:各編號為樣本編號Note:The Numbers for samples number2.2 引物的篩選基于課題組前期山杏引物開發(fā)篩選出的 600 對引物,對其進行 PIC 值計算,挑選出C 值大于 0.5 的引物,在此基礎上挑選擴増效果好、多態(tài)性高、PIC 高的重復引物,篩選出 120 對引物,部分引物信息見附表 1。部分非變性聚丙烯酰胺凝膠檢測結果見 3-2。
圖 3-2 部分擴增產物電泳結果Fig. 3-2 Parts of PCR amplification results in this study3.2.3 SSR 分子標記的遺傳多樣性分析利用 120 對引物對野杏群體進行 SSR 標記,其中目標條帶清晰、多態(tài)性好的引物有64 對,擴增片段大小在 100~200 之間,多態(tài)性指標如表 3-1 所示。64 對引物均能擴增較多的多態(tài)性譜帶,平均等位基因數為 7.438,分布范圍在 4~16 之間;有效等位基因數平均值為 3.359,分布范圍在 2.179~8.392 之間;Shannon 信息指數平均值為 1.433,分布范圍在 1.03~2.441 之間;多態(tài)信息含量平均值為 0.639,分布范圍在 0.502~0.872 之間,這些位點的 PIC 值均大于 0.5,說明其具有中等以上水平的多態(tài)性。綜上可知,64 個引物在 60 個野杏無性系群體擴增條帶方面皆表現出多態(tài)性高,遺傳多樣性豐富,同時也說明野杏無性系群體在分子水平上有較高的遺傳多樣性。觀測雜合度的平均值為 0.2,分布范圍為 0~0.95;期望雜合度的平均值為 0.683,分布范圍為 0.546~0.888。其中有 61 個 SSR 標記期望雜合度高于觀測雜合度,占全部 SSR位點的 95.31%,說明野杏無性系樣木群體雜合性低。
【參考文獻】:
期刊論文
[1]野杏花粉離體培養(yǎng)條件篩選及花粉生活力研究[J]. 苗陽,董勝君,吳月亮,劉明國,李歡,陳建華. 北方園藝. 2018(04)
[2]福建省茶樹品種資源初步關聯分析[J]. 楊軍,孔祥瑞,王讓劍,鄭國華. 茶葉學報. 2017(03)
[3]基于SSR標記的杜鵑品種親緣關系分析[J]. 羅清,於艷萍,盧業(yè)飛,梁春. 北方園藝. 2017(19)
[4]甘肅省梨地方品種資源遺傳多樣性及親緣關系SSR分析[J]. 歐巧明,王玉安,崔文娟,李紅旭,羅俊杰,王發(fā)林. 中國果樹. 2017(05)
[5]天山櫻桃野生居群遺傳多樣性SSR分析[J]. 李春僑,周龍,陸彪,董凱向,劉春燕. 經濟林研究. 2017(03)
[6]基于SSR標記的楸樹遺傳多樣性及核心種質構建[J]. 方樂成,夏慧敏,麻文俊,張新葉. 東北林業(yè)大學學報. 2017(08)
[7]現代月季6個表型性狀和SSR標記的關聯分析[J]. 周俐宏,王金剛,王志剛,張興,龔束芳,樊金萍,車代弟. 遼寧農業(yè)科學. 2017(03)
[8]榆樹葉形性狀遺傳變異與SSR標記關聯分析[J]. 史亞朋,左力輝,張文林,王進茂,楊敏生,梁海永. 分子植物育種. 2017(05)
[9]內蒙古西伯利亞杏種質資源表型多樣性研究[J]. 尹明宇,高福玲,烏云塔娜. 植物遺傳資源學報. 2017(02)
[10]基于SSR標記技術的南豐柑橘種質資源親緣關系研究[J]. 辜青青,曾濤,魏清江,鄒菊花,陳金印. 果樹學報. 2017(06)
博士論文
[1]月季品種分子鑒定與遺傳關系分析[D]. 黃平.中國林業(yè)科學研究院 2012
[2]水稻關聯定位群體的構建及若干品質性狀的關聯分析[D]. 金亮.浙江大學 2009
[3]核桃遺傳多樣性分析及核心種質的構建[D]. 王紅霞.河北農業(yè)大學 2006
碩士論文
[1]喀左縣野杏引種適應性及優(yōu)樹遺傳測定研究[D]. 張悅煬.沈陽農業(yè)大學 2017
[2]東北杏種質資源多樣性研究[D]. 張皓凱.沈陽農業(yè)大學 2017
[3]梨SSR遺傳圖譜的構建及部分農藝性狀的QTL定位分析[D]. 王磊.新疆農業(yè)大學 2016
[4]西伯利亞杏優(yōu)選無性系SSR標記多樣性及其與表型性狀的關聯分析[D]. 張欣.沈陽農業(yè)大學 2016
[5]東北野生杏居群遺傳多樣性及遺傳結構分析[D]. 馬麗娟.吉林農業(yè)大學 2013
[6]利用AFLP分子標記分析山杏的遺傳多樣性[D]. 王磊.河北農業(yè)大學 2008
[7]吉林省野生西伯利亞杏種質資源遺傳多樣性研究[D]. 蘆寧超.吉林農業(yè)大學 2008
[8]半干旱地區(qū)山杏種質資源調查及遺傳特性的研究[D]. 趙桂玲.沈陽農業(yè)大學 2003
本文編號:3214626
【文章來源】:沈陽農業(yè)大學遼寧省
【文章頁數】:63 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
基于表型性狀的野杏無性系聚類樹狀圖
圖 3-1 DNA 提取后電泳結果Fig. 3-1 Parts of DNA extraction results in this study注:各編號為樣本編號Note:The Numbers for samples number2.2 引物的篩選基于課題組前期山杏引物開發(fā)篩選出的 600 對引物,對其進行 PIC 值計算,挑選出C 值大于 0.5 的引物,在此基礎上挑選擴増效果好、多態(tài)性高、PIC 高的重復引物,篩選出 120 對引物,部分引物信息見附表 1。部分非變性聚丙烯酰胺凝膠檢測結果見 3-2。
圖 3-2 部分擴增產物電泳結果Fig. 3-2 Parts of PCR amplification results in this study3.2.3 SSR 分子標記的遺傳多樣性分析利用 120 對引物對野杏群體進行 SSR 標記,其中目標條帶清晰、多態(tài)性好的引物有64 對,擴增片段大小在 100~200 之間,多態(tài)性指標如表 3-1 所示。64 對引物均能擴增較多的多態(tài)性譜帶,平均等位基因數為 7.438,分布范圍在 4~16 之間;有效等位基因數平均值為 3.359,分布范圍在 2.179~8.392 之間;Shannon 信息指數平均值為 1.433,分布范圍在 1.03~2.441 之間;多態(tài)信息含量平均值為 0.639,分布范圍在 0.502~0.872 之間,這些位點的 PIC 值均大于 0.5,說明其具有中等以上水平的多態(tài)性。綜上可知,64 個引物在 60 個野杏無性系群體擴增條帶方面皆表現出多態(tài)性高,遺傳多樣性豐富,同時也說明野杏無性系群體在分子水平上有較高的遺傳多樣性。觀測雜合度的平均值為 0.2,分布范圍為 0~0.95;期望雜合度的平均值為 0.683,分布范圍為 0.546~0.888。其中有 61 個 SSR 標記期望雜合度高于觀測雜合度,占全部 SSR位點的 95.31%,說明野杏無性系樣木群體雜合性低。
【參考文獻】:
期刊論文
[1]野杏花粉離體培養(yǎng)條件篩選及花粉生活力研究[J]. 苗陽,董勝君,吳月亮,劉明國,李歡,陳建華. 北方園藝. 2018(04)
[2]福建省茶樹品種資源初步關聯分析[J]. 楊軍,孔祥瑞,王讓劍,鄭國華. 茶葉學報. 2017(03)
[3]基于SSR標記的杜鵑品種親緣關系分析[J]. 羅清,於艷萍,盧業(yè)飛,梁春. 北方園藝. 2017(19)
[4]甘肅省梨地方品種資源遺傳多樣性及親緣關系SSR分析[J]. 歐巧明,王玉安,崔文娟,李紅旭,羅俊杰,王發(fā)林. 中國果樹. 2017(05)
[5]天山櫻桃野生居群遺傳多樣性SSR分析[J]. 李春僑,周龍,陸彪,董凱向,劉春燕. 經濟林研究. 2017(03)
[6]基于SSR標記的楸樹遺傳多樣性及核心種質構建[J]. 方樂成,夏慧敏,麻文俊,張新葉. 東北林業(yè)大學學報. 2017(08)
[7]現代月季6個表型性狀和SSR標記的關聯分析[J]. 周俐宏,王金剛,王志剛,張興,龔束芳,樊金萍,車代弟. 遼寧農業(yè)科學. 2017(03)
[8]榆樹葉形性狀遺傳變異與SSR標記關聯分析[J]. 史亞朋,左力輝,張文林,王進茂,楊敏生,梁海永. 分子植物育種. 2017(05)
[9]內蒙古西伯利亞杏種質資源表型多樣性研究[J]. 尹明宇,高福玲,烏云塔娜. 植物遺傳資源學報. 2017(02)
[10]基于SSR標記技術的南豐柑橘種質資源親緣關系研究[J]. 辜青青,曾濤,魏清江,鄒菊花,陳金印. 果樹學報. 2017(06)
博士論文
[1]月季品種分子鑒定與遺傳關系分析[D]. 黃平.中國林業(yè)科學研究院 2012
[2]水稻關聯定位群體的構建及若干品質性狀的關聯分析[D]. 金亮.浙江大學 2009
[3]核桃遺傳多樣性分析及核心種質的構建[D]. 王紅霞.河北農業(yè)大學 2006
碩士論文
[1]喀左縣野杏引種適應性及優(yōu)樹遺傳測定研究[D]. 張悅煬.沈陽農業(yè)大學 2017
[2]東北杏種質資源多樣性研究[D]. 張皓凱.沈陽農業(yè)大學 2017
[3]梨SSR遺傳圖譜的構建及部分農藝性狀的QTL定位分析[D]. 王磊.新疆農業(yè)大學 2016
[4]西伯利亞杏優(yōu)選無性系SSR標記多樣性及其與表型性狀的關聯分析[D]. 張欣.沈陽農業(yè)大學 2016
[5]東北野生杏居群遺傳多樣性及遺傳結構分析[D]. 馬麗娟.吉林農業(yè)大學 2013
[6]利用AFLP分子標記分析山杏的遺傳多樣性[D]. 王磊.河北農業(yè)大學 2008
[7]吉林省野生西伯利亞杏種質資源遺傳多樣性研究[D]. 蘆寧超.吉林農業(yè)大學 2008
[8]半干旱地區(qū)山杏種質資源調查及遺傳特性的研究[D]. 趙桂玲.沈陽農業(yè)大學 2003
本文編號:3214626
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