生物鐘是生命體為了適應(yīng)自然界的周期性變化,從而進(jìn)化出的內(nèi)源性的時間調(diào)控機(jī)制。從部分原核生物到真核生物,都通過這種內(nèi)源性的機(jī)制調(diào)控自身生命活動,從而獲得生存的最大利益。受植物生物鐘影響的生命活動眾多,幾乎涵蓋了植物生理生化、發(fā)育和代謝過程的所有方面,包括生長和衰老、組織器官的節(jié)律性生長、植物開花、氣孔開閉和葉綠體等細(xì)胞器的運(yùn)動,同時生物鐘也參與植物激素的節(jié)律性表達(dá)和降解以及應(yīng)答反應(yīng)、細(xì)胞游離鈣離子濃度的周期性振蕩、蛋白質(zhì)磷酸化和轉(zhuǎn)錄后修飾過程。研究表明,高等植物生物鐘由一個復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)所組成,影響著諸多生化和分子信號途徑。本研究以一年生歐洲黑楊無性系N46（P.nigra N46）為材料,采用基于二代測序的MeDIP-seq（Methylated DNA immunoprecipitation sequencing）技術(shù),檢測晝夜周期變化過程中早晨和午夜時楊樹基因組DNA甲基化模式的變化,分析楊樹生物節(jié)律是否與DNA甲基化修飾作用相關(guān),以探討受生物鐘調(diào)控的表觀遺傳現(xiàn)象。主要研究結(jié)果如下:1.揭示了歐洲黑楊葉片基因組在晝夜兩個不同時間點(diǎn)的DNA甲基化模式。采用MeDIP-seq技術(shù)對8點(diǎn)... 

【文章來源】：中國林業(yè)科學(xué)研究院北京市

【文章頁數(shù)】：76 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

擬南芥生物鐘核心振蕩器模型（GreenhamandMcClung,2015）

第一章 緒論功能富集及 pathway 分析，同時，對部分甲基化差異基因的表達(dá)進(jìn)行 RT-qPCR 檢討 DNA 甲基化在楊樹生物鐘調(diào)控中的作用機(jī)制。1.3.3 技術(shù)路線

24 點(diǎn)的數(shù)據(jù)為 5.50Gb。經(jīng)過去除原始數(shù)據(jù)中的測序接頭，污染，以讀序后，8 點(diǎn)樣品得到了近 3,720 萬條讀序，24 點(diǎn)的樣品得到了近 3,650 萬些讀序在映射到楊樹參考基因組（JGI 2.0.15）上，與參考基因組進(jìn)行比對， 點(diǎn)樣品數(shù)據(jù)的讀序映射到 48.12%的楊樹參考基因組，24 點(diǎn)的數(shù)據(jù)覆蓋率為讀序分布在基因組的不同區(qū)域。已知在本研究中以 Peak 代表富含甲基化胞嘧啶的區(qū)域，所以 Peak 是接下來基化情況分布的重要指標(biāo)（Hu et al., 2013）。對掃描得到的 Peak 進(jìn)行統(tǒng)計(jì)后 點(diǎn)樣品得到了 74,565 個 Peak，在 24 點(diǎn)樣品得到了 79,586 個 Peak。根據(jù)分析得到的Peak在基因組中的位置信息，經(jīng)統(tǒng)計(jì)分類后，我們可以知道這考基因組染色體上的分布情況，具體如圖 2-1 所示，該結(jié)果表明，無論是 據(jù)還是 24 點(diǎn)樣品的數(shù)據(jù)，分布在每條染色體上的 Peak 數(shù)量與染色體的長度系，即長度較長的染色體上，分布的 Peak 也較多。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]植物生物鐘與關(guān)鍵農(nóng)藝性狀調(diào)控[J]. 謝啟光,徐小冬.  生命科學(xué). 2015(11)
[2]植物DNA甲基化調(diào)控研究進(jìn)展[J]. 馬浪浪,江舟,黃小波,沈亞歐,潘光堂.  中國生物工程雜志. 2013(09)
[3]植物生物鐘研究的歷史回顧與最新進(jìn)展[J]. 徐小冬,謝啟光.  自然雜志. 2013(02)
[4]林木基因組及功能基因克隆研究概述[J]. 尹佟明.  遺傳. 2010(07)
[5]Analysis of DNA Cytosine Methylation on Cotton under Salt Stress[J]. ZHAO Yun-le,YE Wu-wei,WANG Jun-juan,FAN Bao-xiang(Cotton Research Institute,Chinese Academy of Agricultural Sciences;Key Laboratory of Cotton Genetic Improvement,Ministry of Agriculture,Anyang,Henan 455000,China).  棉花學(xué)報(bào). 2008(S1)
[6]植物DNA甲基化及其研究策略[J]. 南楠,曾凡鎖,詹亞光.  植物學(xué)通報(bào). 2008(01)
[7]植物DNA甲基化及其表觀遺傳作用[J]. 陳小強(qiáng),王春國,李秀蘭,宋文芹,陳瑞陽.  細(xì)胞生物學(xué)雜志. 2007(04)
[8]DNA超甲基化在小麥耐鹽脅迫中的作用[J]. 鐘蘭,王建波.  武漢植物學(xué)研究. 2007(01)

碩士論文
[1]楊樹基因組甲基化晝夜節(jié)律的MSAP分析[D]. 刁姝.中國林業(yè)科學(xué)研究院 2013



本文編號：3211195