楊樹(shù)（Populus）是具有重要經(jīng)濟(jì)和生態(tài)效益的樹(shù)種。在林木生物學(xué)研究領(lǐng)域,楊樹(shù)因其基因組較小以及生長(zhǎng)迅速等特點(diǎn)被選為木本植物的模式物種。在楊樹(shù)減數(shù)分裂過(guò)程中,DNA序列可能產(chǎn)生交換和非交換產(chǎn)物。作為交換產(chǎn)物的基因轉(zhuǎn)換（Gene conversion）事件能改變等位基因頻率,這可能導(dǎo)致遺傳作圖群體中分子標(biāo)記出現(xiàn)偏分離現(xiàn)象,從而影響遺傳作圖的效率。在過(guò)去的研究中,基因轉(zhuǎn)換由于傳統(tǒng)分子標(biāo)記分辨率低而很難進(jìn)行研究。如今,二代測(cè)序技術(shù)允許我們快速廉價(jià)地獲得大量的SNP標(biāo)記用于研究基因轉(zhuǎn)換事件。本研究使用二代測(cè)序技術(shù)對(duì)楊樹(shù)減數(shù)分裂過(guò)程中的重組事件進(jìn)行識(shí)別,并對(duì)基因轉(zhuǎn)換事件與分子標(biāo)記偏分離的關(guān)系進(jìn)行進(jìn)一步的探索。實(shí)驗(yàn)材料是由美洲黑楊和小葉楊及其雜交F1代中隨機(jī)選取的10個(gè)子代構(gòu)成。我們對(duì)包括兩個(gè)親本在內(nèi)的12個(gè)個(gè)體進(jìn)行了全基因組重測(cè)序,兩個(gè)親本測(cè)序深度為50?,共獲得62.1 Gb的長(zhǎng)為101 bp雙端短讀序（paired-end reads,PE）數(shù)據(jù);子代個(gè)體的測(cè)序深度為25?,共得到137.69 Gb長(zhǎng)為126 bp的PE數(shù)據(jù)。這些數(shù)據(jù)經(jīng)進(jìn)一步過(guò)濾獲得高質(zhì)量的數(shù)據(jù)后用于識(shí)別SNP和單倍型分型... 

【文章來(lái)源】：南京林業(yè)大學(xué)江蘇省

【文章頁(yè)數(shù)】：79 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
致謝
摘要
abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 楊樹(shù)概述
    1.2 減數(shù)分裂重組
        1.2.1 減數(shù)分裂重組的機(jī)制和產(chǎn)物
        1.2.2 植物中減數(shù)分裂重組研究進(jìn)展
    1.3 林木遺傳連鎖圖譜
        1.3.1 遺傳連鎖圖譜構(gòu)建原理
        1.3.2 林木遺傳作圖存在的問(wèn)題
    1.4 分子標(biāo)記
        1.4.1 分子標(biāo)記的發(fā)展
        1.4.2 SNP標(biāo)記及其應(yīng)用
    1.5 高通量測(cè)序技術(shù)
        1.5.1 二代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展
        1.5.2 高通量測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用
        1.5.3 全基因組重測(cè)序策略
        1.5.4 高通量測(cè)序的數(shù)據(jù)分析方法及軟件
        1.5.5 第三代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展
    1.6 本課題研究的目的與意義
第二章 材料與方法
    2.1 植物材料
    2.2 樣品DNA的提取和純化
    2.3 重測(cè)序文庫(kù)制備和Illumina測(cè)序
        2.3.1 基因組DNA打斷
        2.3.2 末端修復(fù)加A以及接頭連接
        2.3.3 切膠回收選取片段和SOLEX-PCR擴(kuò)增
        2.3.4 文庫(kù)純化和質(zhì)檢
    2.4 原始數(shù)據(jù)獲取以及評(píng)估
    2.5 原始數(shù)據(jù)獲的質(zhì)量控制
    2.6 測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)至參考基因組
    2.7 親本單倍型分型和連接
        2.7.1 構(gòu)建親本單倍型
        2.7.2 篩選 1:1 分離比位點(diǎn)
        2.7.3 單倍型連接
    2.8 子代基因型識(shí)別和單倍型推斷
    2.9 重組事件發(fā)掘及統(tǒng)計(jì)
    2.10 基因轉(zhuǎn)換與偏分離現(xiàn)象
        2.10.1 基因轉(zhuǎn)換事件高頻重組區(qū)域識(shí)別
        2.10.2 分子標(biāo)記分離分析
第三章 結(jié)果與分析
    3.1 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估
        3.1.1 堿基質(zhì)量評(píng)估
        3.1.2 堿基類(lèi)型分布評(píng)估
    3.2 原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制
    3.3 序列比對(duì)和篩選
    3.4 構(gòu)建親本單倍型塊
    3.5 子代基因型識(shí)別和單倍型判斷
    3.6 基因轉(zhuǎn)換事件的識(shí)別
    3.7 交叉事件的識(shí)別
    3.8 基因轉(zhuǎn)換與偏分列關(guān)系驗(yàn)證
        3.8.1 高頻重組區(qū)域識(shí)別
        3.8.2 SNP標(biāo)記分離分析
第四章 結(jié)論與展望
    4.1 研究結(jié)論
    4.2 存在問(wèn)題與展望
參考文獻(xiàn)
附錄1 Perl程序代碼
附錄2 使用的Linux命令


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]第三代測(cè)序技術(shù)及其應(yīng)用[J]. 張得芳,馬秋月,尹佟明,夏濤.  中國(guó)生物工程雜志. 2013(05)
[2]第二代測(cè)序序列比對(duì)方法綜述[J]. 楊燁,劉娟.  武漢大學(xué)學(xué)報(bào)(理學(xué)版). 2012(05)
[3]第三代測(cè)序基本原理[J]. 李明爽,趙敏.  現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2012(10)
[4]植物減數(shù)分裂重組的影響因素·機(jī)制及在育種中的應(yīng)用[J]. 江姍.  安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2010(15)
[5]偏分離及對(duì)植物遺傳作圖的影響[J]. 宋憲亮,孫學(xué)振,張?zhí)煺?  農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2006(02)
[6]植物的單核苷酸多態(tài)性及其在作物遺傳育種中的應(yīng)用[J]. 郝崗平,楊清,吳忠義,曹鳴慶,黃叢林.  植物學(xué)通報(bào). 2004(05)
[7]美洲黑楊（Populus deltoides Marsh）×青楊（P.cathayana Rehd.）分子連鎖圖譜的構(gòu)建[J]. 蘇曉華,張綺紋,鄭先武,張香華.  林業(yè)科學(xué). 1998(06)
[8]利用RAPD標(biāo)記和單株樹(shù)大配子體構(gòu)建馬尾松的分子標(biāo)記連鎖圖譜[J]. 尹佟明,黃敏仁,王明庥,朱立煌,翟文學(xué).  Acta Botanica Sinica. 1997(07)

碩士論文
[1]基于重測(cè)序技術(shù)的美洲黑楊×小葉楊親本變異位點(diǎn)檢測(cè)分析[D]. 徐后喜.南京林業(yè)大學(xué) 2015
[2]利用RAD-seq測(cè)序構(gòu)建美洲黑楊×小葉楊高密度遺傳連鎖圖譜[D]. 王瑩.南京林業(yè)大學(xué) 2014



本文編號(hào)：3189168