植物的性別進(jìn)化機(jī)制是一個復(fù)雜的科學(xué)問題,當(dāng)前報道的植物性別研究主要集中在開花植物,如番木瓜,黃瓜和白花蠅子草等。銀杏是具有“活化石”之稱的古老雌雄異株裸子植物,其重要的進(jìn)化位置讓銀杏成為研究植物性別進(jìn)化的重要參考植物。盡管已有文獻(xiàn)報道了銀杏雌雄個體差異基因的分子標(biāo)記,但目前仍缺乏銀杏性別相關(guān)的系統(tǒng)研究。2016年的銀杏基因組發(fā)表為其性別相關(guān)基因研究提供了良好的基礎(chǔ)。本文通過對6個雄花和6個雌花樣品的轉(zhuǎn)錄組測序,鑒定了大量雌雄個體之間的差異表達(dá)基因。首先,通過雌雄花轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的全基因組共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)鑒定出4個共表達(dá)基因網(wǎng)絡(luò),這些網(wǎng)絡(luò)中含有與花或者雌雄差異的基因。例如,在淺綠色模塊中鑒定了Basic helix-loop-helix domain-containing protein（Gb₀7087）是轉(zhuǎn)錄激活因子,參與了細(xì)胞壁模式的孢子體控制和花粉發(fā)育的配子體控制;Flowering time control protein FY（Gb₀9523）通過降低FLC基因的表達(dá)水平,在自主開花途徑中發(fā)揮調(diào)控開花時間。隨后在花組織的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中,共鑒定11... 

【文章來源】：華南理工大學(xué)廣東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：75 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 銀杏的基本介紹
    1.2 銀杏雌雄個體差異基因分子水平研究進(jìn)展
        1.2.1 前期銀杏的雌雄個體差異基因研究進(jìn)展
        1.2.2 銀杏的性染色體核型研究
        1.2.3 銀杏的基因組學(xué)研究進(jìn)展
        1.2.4 銀杏的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進(jìn)展
    1.3 本研究的目的和意義
第二章 材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 總RNA提取
        2.2.2 RNA文庫建庫
        2.2.3 RNA文庫測序
    2.3 數(shù)據(jù)產(chǎn)出及分析方法
        2.3.1 RNA-seq數(shù)據(jù)處理
        2.3.2 表達(dá)量計(jì)算
        2.3.3 差異表達(dá)基因檢測
        2.3.4 差異表達(dá)基因?qū)哟尉垲惙治?br>        2.3.5 差異表達(dá)基因GO功能分析
        2.3.6 差異表達(dá)基因Pathway功能分析
        2.3.7 差異基因蛋白互作分析
    2.4 實(shí)時定量PCR驗(yàn)證
第三章 結(jié)果與分析
    3.1 RNA-SEQ測序數(shù)據(jù)分析與統(tǒng)計(jì)
    3.2 基因表達(dá)量分析
        3.2.1 基因比對與表達(dá)量計(jì)算
        3.2.2 表達(dá)量FPKM計(jì)算
        3.2.3 樣品間的相關(guān)性
    3.3 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
        3.3.1 相關(guān)系數(shù)計(jì)算
        3.3.2 構(gòu)建分層聚類樹
        3.3.3 目標(biāo)模塊的基因功能分析
    3.4 差異表達(dá)基因分析
        3.4.1 差異表達(dá)基因檢測
        3.4.2 差異表達(dá)基因TF編碼能力預(yù)測
        3.4.3 差異表達(dá)基因GO功能分析
        3.4.4 KEGG功能富集分析
    3.5 雌雄個體差異基因分析
        3.5.1 雌雄特異表達(dá)基因及特異基因分析
        3.5.2 性別間與防御機(jī)制有關(guān)的差異表達(dá)基因鑒定
        3.5.3 性別有關(guān)的基因和表達(dá)
        3.5.4 銀杏雌雄多組織共同差異表達(dá)基因鑒定
        3.5.5 實(shí)時定量PCR驗(yàn)證結(jié)果
第四章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
攻讀碩士學(xué)位期間取得的研究成果
致謝
附件


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]環(huán)境脅迫下雌雄異株植物的性別響應(yīng)差異及競爭關(guān)系[J]. 陳娟,李春陽.  應(yīng)用與環(huán)境生物學(xué)報. 2014(04)
[2]模擬酸雨對銀杏雌雄幼苗生長及生理特性的影響[J]. 蔣雪梅,戚文華,肖娟,胥曉.  植物生理學(xué)報. 2014(07)
[3]不同溫度下雌雄葎草營養(yǎng)生長期的生長特性[J]. 段婧,劉金平.  草業(yè)科學(xué). 2013(03)
[4]銀杏幼苗雌雄株對鹽脅迫響應(yīng)的差別[J]. 蔣雪梅,胡進(jìn)耀,戚文華,陳光登,胥曉.  云南植物研究. 2009(05)
[5]銀杏雌雄株核型及性別早期鑒定[J]. 陳學(xué)森,鄧秀新,章文才,張艷敏.  果樹科學(xué). 1997(02)

博士論文
[1]銀杏雌雄花芽差異表達(dá)基因研究[D]. 張曉文.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[2]遼西中生代銀杏目和茨康目植物生殖器官研究[D]. 劉秀群.中國科學(xué)院研究生院（植物研究所） 2005

碩士論文
[1]銀杏雌雄花芽差異表達(dá)基因的分析和性別相關(guān)基因的鑒定[D]. 董章凱.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[2]中國沙棘（Hippophae rhamnoides subsp.sinensis）雌雄株的水分生態(tài)適應(yīng)性研究[D]. 高麗.內(nèi)蒙古大學(xué) 2006



本文編號：3156966