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油松高密度遺傳圖譜構(gòu)建及基因組結(jié)構(gòu)變異初探

發(fā)布時(shí)間:2020-12-04 10:27
  高密度遺傳圖譜是研究模式和非模式生物基因組結(jié)構(gòu)與復(fù)雜性狀遺傳基礎(chǔ)最重要的手段之一。對(duì)基因組龐大而復(fù)雜的針葉樹,遺傳圖譜對(duì)建立基因組框架圖,基因位點(diǎn)定位,比較基因組結(jié)構(gòu)和功能研究具有更重要的意義。由于針葉樹基因組龐大,真正意義上的覆蓋全基因組的高密度遺傳圖譜至今仍待完善。隨著新一代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,廉價(jià)、高效、高密度分子標(biāo)記技術(shù)逐步建立起來(lái),使高質(zhì)量遺傳圖譜構(gòu)建成為可能。RNA-seq是目前研究基因表達(dá)的有效技術(shù),同時(shí)它也是檢測(cè)表達(dá)序列遺傳變異的重要途徑,利用它可以獲取針葉樹基因組中大量表達(dá)序列的變異模式。本研究以我國(guó)北方重要生態(tài)造林樹種-油松(Pinus tabuliformis)為研究對(duì)象,選取三個(gè)不同地理種源(青海互助,內(nèi)蒙赤峰,山西靈空山)的油松個(gè)體,以大配子體為作圖群體,采用RNA-seq研究油松基因組水平遺傳變異模式,構(gòu)建油松高密度遺傳連鎖圖譜,對(duì)比分析油松不同地理種源基因組結(jié)構(gòu)變異特征。結(jié)果如下:1、獲得了大量來(lái)自油松編碼基因的遺傳變異。本研究最初獲得12090260個(gè)原始變異位點(diǎn),覆蓋火炬松參考基因組中174727個(gè)scaffolds上的28500個(gè)基因。質(zhì)量控制完成之后,... 

【文章來(lái)源】:北京林業(yè)大學(xué)北京市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】:62 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【部分圖文】:

油松高密度遺傳圖譜構(gòu)建及基因組結(jié)構(gòu)變異初探


圖1?RAD文庫(kù)構(gòu)建流程

流程圖,測(cè)序,流程圖,轉(zhuǎn)錄組


不同品種的西胡蘆(Cwc_w/*/)//<3pe;w)幵展從頭組裝轉(zhuǎn)錄組分析,開發(fā)出9043個(gè)cSNP??位點(diǎn)和1935個(gè)潛在的SSR位點(diǎn)。總之通過(guò)RNA-seq開發(fā)物種分子標(biāo)記在目前研宂??廣泛。(RAN-seq流程圖見圖2)??,r?RNA片段化處理??反轉(zhuǎn)錄合成cDNA??DNA測(cè)序接頭連接??,PCR擴(kuò)增??丨4??^??深度測(cè)序??丨圖像識(shí)別??',?丨?〕|?RNA序列信息??圖2?RNA-seq建庫(kù)測(cè)序流程圖??Fig.?2?The?library?preparation?of?RNA-seq??9??

序列,適生區(qū),油松,采樣地點(diǎn)


樹上的種子各100粒。將種子用雙氧水消毒,在清水中浸泡24小時(shí),取出后放入鋪??好吸水紙的培養(yǎng)皿中,保持種子濕潤(rùn),放入25度的培養(yǎng)箱中黑暗下培養(yǎng)7天至種皮??開裂,取出種子胚乳,用于RNA提取。采樣地點(diǎn)和技術(shù)路線詳見圖3。??2.1.2油松種子胚乳RNA提取及RNA測(cè)序??使用天根生化科技(北京)有限公司的植物總RNA提取試劑盒(RNAprep?pure??PlantKit)提取樣本總RNA,樣品總量10-15呢,樣品濃度彡lOOng^g,再使用生工??生物工程(上海)股份有限公司的Poly(A)?mRNA純化試劑盒進(jìn)行分離純化得到mRNA,??使用天根生化科技(北京)有限公司FastKing?—步法除基因組cDNA第一鏈合成預(yù)??混試劑將mRNA逆轉(zhuǎn)錄生成的cDNA,逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA構(gòu)建成cDNA文庫(kù),并??將文庫(kù)中的DNA隨機(jī)剪切為長(zhǎng)度不等的小片段,在cDNA兩端加上接頭,接著利用??擴(kuò)增達(dá)到一定豐度上機(jī)測(cè)序,利用新一代高通量測(cè)序平臺(tái)Ilhmiina?Hiseq2500??(Illumina公司,美國(guó))雙端測(cè)序,讀長(zhǎng)為150?bp直到獲得原始下機(jī)序列。??2.1.3序列分離及質(zhì)量控制??Hiseq?2500測(cè)序得到的原始下機(jī)序列,稱為粗?jǐn)?shù)據(jù)(raw?data或raw?reads),結(jié)果??以*.fcstq文件格式存儲(chǔ)。粗?jǐn)?shù)據(jù)要進(jìn)行質(zhì)量控制

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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博士論文
[1]油松高輪次遺傳改良關(guān)鍵技術(shù)與策略[D]. 袁虎威.北京林業(yè)大學(xué) 2016

碩士論文
[1]縊蟶親子鑒定技術(shù)及遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建[D]. 王澤.上海海洋大學(xué) 2016
[2]基于RAD-seq技術(shù)的南方鲇高密度遺傳連鎖圖譜構(gòu)建[D]. 謝蜜蜜.西南大學(xué) 2016
[3]利用RAD-seq測(cè)序構(gòu)建美洲黑楊×小葉楊高密度遺傳連鎖圖譜[D]. 王瑩.南京林業(yè)大學(xué) 2014
[4]利用SSR標(biāo)記和大配子體構(gòu)建馬尾松遺傳圖譜[D]. 蔡娟娟.南京林業(yè)大學(xué) 2009



本文編號(hào):2897436

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