【摘要】： 本文以2006年至2007年福建沿岸海域游泳動物調(diào)查4個航次的底拖網(wǎng)漁獲軟骨魚類為研究對象,對該海域的軟骨魚類資源現(xiàn)狀進行分析;對部分軟骨魚類的線粒體COI基因進行PCR擴增和測序,對所得線粒體COI基因序列進行分析,并構建系統(tǒng)進化樹;同時采用AFLP技術對福建沿岸海域軟骨魚類進行系統(tǒng)進化的初步研究。主要結果如下: 1.分析了2006年至2007年福建沿岸海域游泳動物調(diào)查共4個航次的底拖網(wǎng)漁獲物中軟骨魚類的種類組成、數(shù)量、資源密度、棲息密度及其季節(jié)變化。結果表明:4個航次共捕獲軟骨魚類17種,隸屬于5目9科9屬,其中鲼形目最多,有9種。春、夏、秋、冬4個航次分別捕獲軟骨魚類8、13、15、9種;條紋斑竹鯊、何氏鰩、光沖、奈氏沖、日本單鰭電鰩和小眼沖在4個航次均有捕獲。4個航次捕獲的軟骨魚類占該海域魚類總漁獲量的15.99%;平均資源密度和平均棲息密度分別為99.38 kg/km2和295.81 ind/km2,平均資源密度以夏季最高,為170.28 kg/km2,平均棲息密度則以秋季最高,為504.73 ind/km2。4個海域中,閩東近岸海域的平均資源密度最大,為200.77 kg/km2;春季和冬季,廈門近岸海域的平均資源密度最大,夏季和秋季則以閩東近岸海域的平均資源密度最大。17種軟骨魚類中,出現(xiàn)頻率最高的是尖嘴沖,為27.08%;資源密度最大的是奈氏沖,為21.52kg/km2;條紋斑竹鯊的棲息密度最大,為86.25 ind/km2。條紋斑竹鯊的優(yōu)勢度指數(shù)最高,為756.52。條紋斑竹鯊和尖嘴沖是福建沿岸海域軟骨魚類的優(yōu)勢種。 2.通過PCR擴增獲得福建沿岸海域15種軟骨魚類共74個個體的COI基因618 bp長度的同源序列,共有35種單倍型。35種單倍型的618 bp同源序列中,有267個可變位點,包括253個簡約信息位點和14個單突變子,無插入和缺失位點。T、C、A、G各堿基的平均含量分別為31.8%、26.2%、25.4%和16.6%。所有種類的G含量都較低(14.7%～18.3%)。A+T含量平均值57.2%,高于G+C含量(42.8%)。第1、2、3密碼子位點的A+T含量平均值分別為45.5%、57.2%和68.7%。所有位點的平均轉換/顛換比值為1.4,其中第1密碼子位點的轉換/顛換比值最高(5.0),而第3密碼子位點的轉換值(52)和顛換值(43)均顯著高于第1、第2密碼子位點。根據(jù)Kimura雙參數(shù)模型計算15種軟骨魚類74個個體的遺傳距離,沖鰩類個體間平均遺傳距離為0.1626,鯊類個體間平均遺傳距離為0.0851,鯊類和沖鰩類間的遺傳距離為0.2664;74個個體間的平均遺傳距離為0.1936。對35種單倍型序列和鬼形兔銀鮫(Hydrolagus lemures)的同源序列進行聚類分析,得到NJ系統(tǒng)樹。系統(tǒng)樹顯示,同種個體聚類成一支,同屬的所有種類也都聚在一起,聚類結果與傳統(tǒng)分類體系吻合。結果表明,線粒體COI基因序列可用于所研究的幾種軟骨魚類的種類鑒定和系統(tǒng)分類研究。 3.利用AFLP技術對福建沿岸海域14種軟骨魚類進行了分類的初步研究。利用6對選擇性擴增引物(E-AAG/M-CTA,E-AGG/M-CCG,E-ACG/M-CCG,E-AGG/M-CAG,E-ACC/M-CTA,E-ACC/M-CCG),在71個個體中共擴增出241個AFLP可檢測位點,其中236個為多態(tài)位點,多態(tài)位點比率為96.7%。每對引物擴增出的可檢測位點數(shù)為39～44個,平均40.2個。Popgene統(tǒng)計結果顯示種間遺傳距離為0.1308～0.5720。其中奈氏沖(Dasyatis navarrae)與赤沖(Dasyatis akajei)之間的遺傳距離最低(0.1308),尖頭斜齒鯊(Scoliodon sorrakowah)與日本單鰭電鰩(Narke japonica)之間的遺傳距離最高(0.5720)。UPGMA聚類結果顯示同種個體聚在一起,表明AFLP技術可用于屬以下階元的系統(tǒng)分類研究。
【圖文】：

圖 3.3 COI 基因片段的 N J 樹（圖中數(shù)字為 N j 的置信度）Fig.3.3 The NJ tree of mitochondrial COI gene sequences豚（Sousa chinensis）和糙齒海豚（Steno bredanensis）COI 基因 G 含量分別%和 16.2%，A+T 含量分別為 58.5%、58.3%和 58.3%，黃鯛（Dentex tumifro的 G 含量為 24.3%，A+T 含量(54.7%)高于含量 G+C(45.3%)；凡納濱對蝦namei）COI 基因片段的 G 含量為 18.2%，A+T 含量為 62.6%［91］，中華絨螯蟹(ensis )COI 基因片段的 G 含量為 20.0%，A+T 含量為 62.3%［92］。中華哲水蚤icus）的 G 含量為 22.5% ，，A+T 含量為 58.3%［93］�？梢� A+T 含量較高，G 含量為普遍。本研究發(fā)現(xiàn)在各密碼子位點中，分別有 80.0%和 93.5%的堿基轉換和顛換發(fā)子位點。第 3 密碼子可變位點較多（204），占總可變位點（267）的 76.4%的鰩類中 88%的替代也發(fā)生在第 3 密碼子[67]�？梢�，第 3 密碼子位點變異子可變位點較少（5），僅占總可變位點（267）的 1.9%，表明第 2 密碼子位密碼子位點突變率差異產(chǎn)生的原因是 DNA 水平上受自然選擇壓力的影響[86]

40圖 4.1 引物組合 E-AAG/M-CTA 對部分軟骨魚類個體的擴增圖A representative gel showing amplification result of some individuals using combination E-AAG/M-CTA 14 種軟骨魚類間的遺傳相似度和遺傳距離據(jù) 6 種 AFLP 引物組合的檢測結果，采用 Popgene 軟件計算 14 種軟骨魚類之度和遺傳距離, 結果顯示個體間遺傳距離為 0.1308～0.5720（表 4.3）。其asyatis navarrae)與赤沖(Dasyatis akajei)之間的遺傳距離最低(0.1308)(Scoliodon sorrakowah)與日本單鰭電鰩(Narke japonica)之間的遺傳距離0）。
【學位授予單位】：集美大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2010
【分類號】：S932.4

【參考文獻】

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本文編號：2593618