本文關(guān)鍵詞：標(biāo)簽SNPs選擇及重構(gòu)算法研究

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【摘要】：研究復(fù)雜疾病與SNP之間的相關(guān)性是生物信息學(xué)最為重要的任務(wù)之一,然而基因分型的巨大花費(fèi)卻限制了其發(fā)展及應(yīng)用。因此,選擇部分有代表性的SNP(即標(biāo)簽SNP選擇問題)進(jìn)行研究,從而降低研究所需費(fèi)用就顯得十分必要。近年來,已有一些算法被提出用于解決該問題,但是大多數(shù)方法在預(yù)測精度及標(biāo)簽選擇數(shù)目等指標(biāo)方面仍未能達(dá)到實(shí)際應(yīng)用的需求。據(jù)此,設(shè)計(jì)了一種前向矩陣法用于標(biāo)簽SNP的選擇,并用改進(jìn)的PSO算法對(duì)非標(biāo)簽SNP進(jìn)行預(yù)測。最后通過大量數(shù)據(jù)集上的實(shí)驗(yàn)表明了算法與常用方法相比可選擇更少的標(biāo)簽,同時(shí)可獲得更高的預(yù)測精度,即在性能方面有了明顯的提升,更適合于標(biāo)簽SNP選擇問題的研究。
【作者單位】： 西京學(xué)院控制工程學(xué)院;武警工程大學(xué)電子技術(shù)系;
【關(guān)鍵詞】： 單核苷酸多態(tài)性 標(biāo)簽 粒子群算法
【基金】：陜西省教育廳科研計(jì)劃(15JK2187) 西京學(xué)院科研基金(XJ140115) 武警工程大學(xué)基礎(chǔ)研究基金(WJY201518)
【分類號(hào)】：Q811.4;TP18
【正文快照】： 1引言單核苷酸多態(tài)性SNP(Single Nucleotide Pol-ymorphism)已被廣泛地用于致病基因定位的研究,其被認(rèn)為是生物信息學(xué)最為重要的任務(wù)之一[1]。然而到目前為止,研究者已在人類染色體中發(fā)現(xiàn)了上千萬個(gè)SNP,雖然近些年基因分型技術(shù)發(fā)展十分迅速,但是測試所有研究對(duì)象如此大規(guī)模的S

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本文編號(hào)：663312