本文關(guān)鍵詞：融合粒子群優(yōu)化和遺傳算法的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

  更多相關(guān)文章： 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 粒子群優(yōu)化 遺傳算法 粗糙集 特征選擇

【摘要】：MicroRNA(miRNA)是一類大小為21~25 nt的內(nèi)源性非編碼小核糖核酸(RNA),通過與mRNA的3’-UTR互補(bǔ)結(jié)合,導(dǎo)致mRNA降解或翻譯抑制來調(diào)控編碼基因的表達(dá)。為了提高構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的準(zhǔn)確度,提出一種基于粗糙集、融合粒子群(PSO)和遺傳算法(GA)的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建方法(PSO-GA-RS)。該方法首先通過對序列信息進(jìn)行特征提取;然后采用粗糙集的依賴度作為適應(yīng)度函數(shù),融合粒子群和遺傳算法選出較優(yōu)的特征子集;最后使用支持向量機(jī)(SVM)建立模型,預(yù)測未知的調(diào)控關(guān)系。在擬南芥數(shù)據(jù)集上進(jìn)行實(shí)驗(yàn),相比基于粗糙集和粒子群優(yōu)化的特征選擇方法和Rosetta算法,所提方法的預(yù)測準(zhǔn)確率、F值和受試者工作特征(ROC)曲線面積最多能提高5%,在水稻數(shù)據(jù)集上最多能提高8%。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明所提方法能夠比較準(zhǔn)確地預(yù)測miRNA和靶基因之間的調(diào)控關(guān)系。
【作者單位】： 大連理工大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 粒子群優(yōu)化 遺傳算法 粗糙集 特征選擇
【基金】：國家自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目(61472061)~~
【分類號(hào)】：Q811.4;TP18
【正文快照】： 0引言MicroRNA(miRNA)是一類非常重要的非編碼核糖核酸(Ribo Nucleic Acid,RNA)分子,通過誘導(dǎo)靶基因降解,從而廣泛地參與到基因的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控,或者通過抑制基因的轉(zhuǎn)錄,對基因在轉(zhuǎn)錄水平上進(jìn)行調(diào)控[1]。miRNA通過與靶mRNA(messenger RNA)匹配結(jié)合實(shí)現(xiàn)對生物學(xué)功能的調(diào)控,因此,研

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 張家軍;蔡傳政;王翼飛;;基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的延滯動(dòng)力學(xué)[J];應(yīng)用科學(xué)學(xué)報(bào);2007年01期

2 郭子龍;紀(jì)兆華;涂華偉;梁艷春;;基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的研究內(nèi)容及其數(shù)據(jù)分析方法[J];電腦知識(shí)與技術(shù);2008年15期

3 陳少白;羅嘉;;一類基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的定性分析[J];南京信息工程大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2010年05期

4 李慶偉;全俊龍;劉欣;;基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究進(jìn)展[J];遼寧師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2013年01期

5 葉緯明;呂彬彬;趙琛;狄增如;;少節(jié)點(diǎn)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的控制[J];物理學(xué)報(bào);2013年01期

6 王沛;呂金虎;;基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的控制:機(jī)遇與挑戰(zhàn)[J];自動(dòng)化學(xué)報(bào);2013年12期

7 易東,李輝智;基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究與數(shù)學(xué)模型的建立[J];中國現(xiàn)代醫(yī)學(xué)雜志;2003年24期

8 雷耀山,史定華,王翼飛;基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的生物信息學(xué)研究[J];自然雜志;2004年01期

9 姜偉;李霞;郭政;李傳星;王麗虹;饒紹奇;;時(shí)間延遲基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)的決策樹方法研究[J];中國科學(xué)(C輯:生命科學(xué));2005年06期

10 張晗,宋滿根,陳國強(qiáng),駱建華;一種改進(jìn)的多元回歸估計(jì)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的方法[J];上海交通大學(xué)學(xué)報(bào);2005年02期

中國重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫 前3條

1 熊江輝;李瑩輝;;基因芯片數(shù)據(jù)分析的新方法與基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)推理[A];全面建設(shè)小康社會(huì)：中國科技工作者的歷史責(zé)任——中國科協(xié)2003年學(xué)術(shù)年會(huì)論文集（上）[C];2003年

2 王亞麗;周彤;;大規(guī)�；蛘{(diào)控網(wǎng)絡(luò)因果關(guān)系的辨識(shí)[A];第二十九屆中國控制會(huì)議論文集[C];2010年

3 馮晶;許勇;李娟娟;;非高斯噪聲激勵(lì)下基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的研究[A];第十四屆全國非線性振動(dòng)暨第十一屆全國非線性動(dòng)力學(xué)和運(yùn)動(dòng)穩(wěn)定性學(xué)術(shù)會(huì)議摘要集與會(huì)議議程[C];2013年

中國重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 吳佳s，

本文編號(hào)：1011152