本文關(guān)鍵詞：基于全基因組序列系統(tǒng)分類Kosakonia屬的細(xì)菌

  更多相關(guān)文章： Kosakonia Enterobacter 基因組學(xué) 固氮 植物促生細(xì)菌

【摘要】：Kosakonia屬是最近從腸桿菌科腸桿菌屬劃分出來的新屬。除了典型種K.cowanii菌株來源于人體,其他種菌株都來源于植物,多數(shù)菌株促進(jìn)植物的生長,而菌株K. radicincitans YD4可能是植物病原菌。目前屬內(nèi)部分成員的分類地位不明。本研究擬用分類基因組學(xué)方法理清Kosakonia屬成員的分類地位。本研究用PacBio SMRT技術(shù)測(cè)定了Kosakonia屬5個(gè)種典型菌株(K. cowanii DSM 18146T、K. oryzae O1a51T、K. arachidis DSM 25165T、E. oryziphilus LMG 26429T和E. oryzendophyticus LMG 26432T)的全基因組序列,拼接組裝出完成圖。本研究用最新的OrthoANI (Orthologous Average Nucleotide Identity)和MiSI (Microbial Species Identifier)方法計(jì)算了11個(gè)菌株(K. cowanii DSM 18146T、K. oryzae Ola51T、K. arachidis DSM 25165T、E. oryziphilus LMG 26429T, E. oryzendophyticus LMG 26432T、K. radicincitans DSM 16656T、K. radicincitans UMEnt01/12, K. radicincitans YD4、Kosakonia sacchari SP1T、Kosakonia oryzae KO348 和 Enterobacter sp. R4-368)基因組間的相似度,表明K. oryzae Ola51T該屬于K. radicincitans種,菌株KO348不屬于K. oryzae種,KO348與菌株R4-368可能代表一個(gè)與K. sacchari親緣關(guān)系最近的新種。E. oryziphilus與K. arachidis最親近。對(duì)Kosakonia屬與近緣屬Enterobacter, Citrobacter和Cronobacter屬菌株的16S rRNA基因和核心基因組編碼氨基酸序列的系統(tǒng)發(fā)育分析顯示11個(gè)菌株是單系的,可能屬于同一個(gè)屬；11個(gè)菌株分成4個(gè)系統(tǒng)發(fā)育群。受限于典型菌株全基因組序列數(shù)量不足,本研究還沒能確定Kosakonia近緣屬Enterobacter, Citrobacter和Cronobacter屬間ANI和POCP (percentage of conserved proteins)的分界值,沒能確定目前Kosakonia屬中4個(gè)系統(tǒng)發(fā)育群的歸屬。K. cowanii在GC組成和基因組相似度上與Kosakonia屬的其他成員差異較大。對(duì)Kosakonia屬11個(gè)成員的促植物生長和植物致病相關(guān)基因進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)它們都有促植物生長的潛能或讓植物致病的風(fēng)險(xiǎn),它們的基因型表現(xiàn)出與系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的相關(guān)性。K. cowanii不是固氮菌,在基因型上與Kosakonia屬的其他成員有明顯差別。本研究為系統(tǒng)研究Kosakonia屬細(xì)菌的進(jìn)化和遺傳學(xué)提供了5個(gè)典型菌株完整的基因組序列,理清了Kosakonia屬多數(shù)成員的分類地位。
【關(guān)鍵詞】：Kosakonia Enterobacter 基因組學(xué) 固氮 植物促生細(xì)菌
【學(xué)位授予單位】：浙江大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S432.4
【目錄】：

• 致謝6-10
• 摘要10-12
• Abstract12-14
• 第一章 腸桿菌科固氮菌的研究現(xiàn)狀及植物內(nèi)生細(xì)菌的比較基因組學(xué)(綜述)14-27
• 1.1 腸桿菌科固氮菌的研究現(xiàn)狀14-16
• 1.2 細(xì)菌系統(tǒng)分類方法學(xué)進(jìn)展16-19
• 1.3 植物內(nèi)生細(xì)菌的比較基因組學(xué)19-27
• 第二章 基于全基因組序列系統(tǒng)分類Kosakonia屬細(xì)菌27-64
• 2.1 研究背景和目的27-29
• 2.2 材料和方法29-34
• 2.2.1 菌株29
• 2.2.2 基因組DNA的提取29-30
• 2.2.3 基因組DNA的測(cè)序30
• 2.2.4 基因組分析30-32
• 2.2.5 泛基因組學(xué)分析32-33
• 2.2.5.1 準(zhǔn)備輸入文件32
• 2.2.5.2 安裝附加程序32
• 2.2.5.3 運(yùn)行PGAP32-33
• 2.2.6 16S rRNA基因的系統(tǒng)發(fā)育分析33
• 2.2.7 核心基因組編碼氨基酸序列的系統(tǒng)發(fā)育分析33-34
• 2.2.8 16S rRNA基因序列相似度的計(jì)算34
• 2.2.9 OrthANI值的計(jì)算34
• 2.2.10 POCP值的計(jì)算34
• 2.3 結(jié)果與討論34-63
• 2.3.1 Kosakonia屬菌株全基因組測(cè)序概況34-43
• 2.3.2 Kosakonia屬菌株的系統(tǒng)分類43-52
• 2.3.2.1 Kosakonia,Enterobacter,Citrobacter和Cronobacter屬菌株16S rRNA基因的系統(tǒng)發(fā)育分析47-50
• 2.3.2.2 Kosakonia,Enterobacter,Citrobacter和Cronobacter屬菌株核心基因組編碼氨基酸序列的系統(tǒng)發(fā)育分析50-52
• 2.3.3 Kosakonia屬內(nèi)種間菌株基因組相似度分析52-58
• 2.3.3.1 Kosakonia屬近緣屬Enterobacter,Citrobacter和Cronobacter屬間基因組相似度分析52-56
• 2.3.3.2 Kosakonia屬內(nèi)種間菌株基因組相似度分析56-58
• 2.3.4 Kosakonia屬細(xì)菌促植物生長和植物致病相關(guān)基因分析58-63
• 2.4 結(jié)論63-64
• 參考文獻(xiàn)64-72

【相似文獻(xiàn)】

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