發(fā)布時(shí)間：2017-09-05 07:09

  本文關(guān)鍵詞：基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的綠僵菌MaCdc42調(diào)控機(jī)制解析

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【摘要】：綠僵菌(Metarhizium acridum)是一種數(shù)量較多的侵染性昆蟲(chóng)病原真菌,具有很強(qiáng)的致病力。前期研究可知綠僵菌中類(lèi)Cdc42基因被命名為MaCdc42(Metarhizium acridum Cdc42),屬于Rho家族蛋白基因。MaCdc42基因與綠僵菌的極性生長(zhǎng)、抗逆機(jī)制和致病性密切相關(guān)。為明確MaCdc42調(diào)控機(jī)制,本研究對(duì)敲出Ma Cdc42基因綠僵菌菌株(△MaCdc42)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。分析綠僵菌MaCdc42缺失所引起的基因表達(dá)變化,以揭示Ma Cdc42的相關(guān)調(diào)控機(jī)制。研究結(jié)果如下:1.轉(zhuǎn)錄組測(cè)序野生型(WT)菌株的Clean Reads為45298174條,拼接后得到9316個(gè)基因;MaCdc42突變體的Clean Reads為45920260條,拼接后得到9339個(gè)基因。2.MaCdc42基因敲除導(dǎo)致1512個(gè)基因的mRNA表達(dá)水平發(fā)生變化,表達(dá)量相對(duì)上調(diào)的基因?yàn)?55個(gè),相對(duì)下調(diào)的基因?yàn)?57個(gè),上調(diào)基因數(shù)較多。在差異表達(dá)基因中變化倍數(shù)在32倍以上的基因中,大多包含一些未知功能的假設(shè)蛋白基因,例如假設(shè)蛋白MAC_03232(hypothetical protein MAC_03232)假設(shè)蛋白MAC_06508基因、假設(shè)蛋白MAC_04956基因等,為后續(xù)研究提供一定新的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。3.GO分析結(jié)果顯示MaCdc42的調(diào)控相關(guān)的差異基因共622個(gè)得到注釋,其中47%(293個(gè))注釋到氧化還原酶活性、水解酶活性、鐵離子結(jié)合等分子功能,38%(236個(gè))注釋到定位、陰離子運(yùn)輸?shù)壬镞^(guò)程,15%(93個(gè))注釋到膜、膜的固有成分、膜組分等細(xì)胞組分。MaCdc42基因的敲出與綠僵菌的生長(zhǎng)發(fā)育,細(xì)胞骨架形成具有十分重要的調(diào)控作用。4.KEGG Pathway分析表明,MaCdc42基因敲除所引起的差異表達(dá)基因中,共有935個(gè)差異表達(dá)基因富集于117個(gè)生理生化條目;MaCdc42基因敲除影響MAPK-yest信號(hào)通路通路改變,通路上18基因表達(dá)出現(xiàn)差異,其中上調(diào)基因11個(gè),下調(diào)基因7個(gè)。MaCdc42基因的缺失使MAPK-yest信號(hào)通路中的下游效應(yīng)因子活性受到抑制,從而導(dǎo)致綠僵菌細(xì)胞生長(zhǎng)及細(xì)胞分化表現(xiàn)缺陷,生長(zhǎng)速度緩慢。5.要明確MaCdc42在調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中所處地位,以及是如何通過(guò)其他基因互作調(diào)控著這些綠僵菌的生物學(xué)功能尚待進(jìn)一步研究。
【關(guān)鍵詞】：綠僵菌 MaCdc42 基因敲除 轉(zhuǎn)錄組分析
【學(xué)位授予單位】：貴州師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類(lèi)號(hào)】：S476.12
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-7
• 第一章 緒論7-12
• 1.1 綠僵菌研究概況7
• 1.2 Rho蛋白家族研究進(jìn)展7-10
• 1.2.1 Rho GTP酶7-8
• 1.2.2 Rho GTP酶及Cdc42的調(diào)控機(jī)制8-10
• 1.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)10-11
• 1.4 本研究的目的與意義11
• 1.5 研究?jī)?nèi)容11-12
• 第二章 綠僵菌MaCdc42基因敲除突變體篩選驗(yàn)證12-17
• 2.1 材料12-13
• 2.1.1 供試菌株12
• 2.1.2 試劑與試劑盒12-13
• 2.1.3 培養(yǎng)基及溶液13
• 2.2 實(shí)驗(yàn)方法13-14
• 2.2.1 MaCdc42基因敲除突變體的篩選13-14
• 2.2.2 MaCdc42基因敲除突變體的驗(yàn)證14
• 2.3 結(jié)果與分析14-16
• 2.3.1 MaCdc42基因敲除突變體的篩選及驗(yàn)證14-16
• 2.3.2 形態(tài)學(xué)比較16
• 2.4 討論16-17
• 第三章 轉(zhuǎn)錄組分析17-34
• 3.1 材料17
• 3.2 實(shí)驗(yàn)方法17-20
• 3.2.1 樣本的制備17
• 3.2.2 總RNA的提取17-18
• 3.2.3 轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)構(gòu)建18
• 3.2.4 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)拼接及注釋18-20
• 3.3 結(jié)果與分析20-31
• 3.3.1 總RNA的質(zhì)量檢測(cè)20-21
• 3.3.2 轉(zhuǎn)錄組拼接注釋21-22
• 3.3.3 基因表達(dá)水平的分析22-31
• 3.4 討論31-34
• 第四章 主要結(jié)論及后續(xù)工作展望34-35
• 4.1 主要研究結(jié)論34
• 4.2 后續(xù)試驗(yàn)建議34-35
• 參考文獻(xiàn)35-38
• 附錄38-50
• 致謝50-51
• 攻讀研究生期間發(fā)表的文章51-52

【相似文獻(xiàn)】

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