木質(zhì)部難養(yǎng)菌(Xylella fastidiosa)是革蘭氏陰性、營養(yǎng)需求復雜、在木質(zhì)部生長并且依靠昆蟲介體傳播的植物病原細菌。該菌的寄主范圍很廣,能侵染超過30個科的植物,包括單子葉和雙子葉植物。該病原菌可以引起重要的農(nóng)業(yè)經(jīng)濟作物病害,如葡萄皮爾斯病和柑橘雜色萎黃病等。X.fastidiosa也引起許多重要的木本觀賞植物的細菌性葉灼病,如桑樹、梧桐樹、夾竹桃等。目前侵染這些木本觀賞植物菌株的基因組序列很有限,能夠區(qū)分、鑒定和檢測這些菌株的分子診斷方法也鮮有報道。本論文針對侵染木本觀賞植物的X.fastidiosa菌株,測定了其基因組草圖,并以此開發(fā)了基于基因組的分子檢測方法,為了解該菌的流行學和病因?qū)W提供有力的工具。1.測定了木質(zhì)部難養(yǎng)菌桑樹和梧桐樹菌株的基因組草圖。利用Roche 454GS對引起桑樹葉灼病和梧桐樹葉灼病的X.fastidiosa菌株進行基因組序列測定。所得序列經(jīng)過拼接組裝及注釋后提交到NCBI發(fā)表。測序結(jié)果顯示Mul-MD基因組長度為2,543,372 bp,GC含量為51.65%,共有2,286個蛋白編碼基因。Sy-VA基因組長度為2,477,829 bp,GC...

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【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
英文縮略表
第一章 前言
    1.1 X. fastidiosa引起的病害和癥狀
    1.2 X. fastidiosa的生物學特性
        1.2.1 菌落和細胞形態(tài)
        1.2.2 發(fā)生與傳播
    1.3 X. fastidiosa的分類現(xiàn)況
    1.4 X. fastidiosa的基因組研究進展
        1.4.1 X. fastidiosa基因組測序進展
        1.4.2 X. fastidiosa比較基因組學研究進展
    1.5 X. fastidiosa的分子檢測方法
    1.6 本研究的目的、意義及技術(shù)路線
        1.6.1 本研究的目的及意義
        1.6.2 技術(shù)路線
第二章 木質(zhì)部難養(yǎng)菌桑樹和梧桐樹菌株的基因組測序
    2.1 材料和方法
        2.1.1 供試菌株
        2.1.2 菌株的分離和保存
        2.1.3 菌株的致病性驗證
        2.1.4 基因組DNA的提取
        2.1.5 測定和組裝基因組序列
        2.1.6 測定基因組序列中的Gap
        2.1.7 提交基因組序列
    2.2 結(jié)果
        2.2.1 菌株的分離
        2.2.2 菌株致病力驗證
        2.2.3 測定和組裝基因組序列
        2.2.4 基因組序列的提交
    2.3 討論
第三章 木質(zhì)部難養(yǎng)菌夾竹桃菌株的TaqMan熒光定量PCR檢測
    3.1 材料和方法
        3.1.1 供試菌株及培養(yǎng)方法
        3.1.2 夾竹桃植物樣品和ELISA
        3.1.3 DNA提取和常規(guī)PCR條件
        3.1.4 特異性DNA序列的篩選和特異性引物及探針的設計
        3.1.5 Real-time PCR反應條件和標準曲線的建立
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 特異性序列的鑒定和特異性引物以及探針的設計
        3.2.2 Real-time PCR反應條件和標準曲線的建立
    3.3 討論
第四章 美國境內(nèi)木質(zhì)部難養(yǎng)菌桑樹菌株的PCR特異性檢測
    4.1 材料和方法
        4.1.1 供試菌株
        4.1.2 細菌基因組DNA提取
        4.1.3 植物樣品的DNA提取
        4.1.4 篩選和鑒定特異性序列
        4.1.5 PCR測試條件
    4.2 結(jié)果與分析
        4.2.1 篩選和鑒定特異性序列
        4.2.2 PCR引物的特異性測定
        4.2.3 PCR產(chǎn)物有效性的確認
        4.2.4 PCR檢測方法穩(wěn)定性測試
    4.3 討論
第五章 全文結(jié)論
    5.1 測定了木質(zhì)部難養(yǎng)菌兩個菌株的基因組序列，并對其基因組進行了注釋
    5.2 建立木質(zhì)部難養(yǎng)菌夾竹桃菌株的實時熒光定量PCR檢測方法
    5.3 建立了木質(zhì)部難養(yǎng)菌桑樹菌株的常規(guī)PCR特異性檢測方法
    5.4 后續(xù)工作展望
參考文獻
附錄
致謝
作者簡介



本文編號：3876827