植物寄生線蟲對全世界農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的危害很嚴重,厚垣普可尼亞菌是目前公認的線蟲生防菌之一,研究該菌跟其他盤菌亞門真菌的分化情況、與生存環(huán)境和寄主之間的協(xié)同關(guān)系、及其致病基因和致病機理有非常重要的意義。在生命科學(xué)的研究中,遺傳學(xué)、生物化學(xué)、比較基因組學(xué)和生物信息學(xué)提供了很多方法和工具,而開展厚垣普可尼亞菌基因組學(xué)的研究可以充分利用這些工具,促進與厚垣普可尼亞菌相關(guān)的研究的發(fā)展。首先,通過測序和組裝獲取到厚垣普可尼亞菌的第一個完整的線粒體基因組。其大小為25615bp,編碼40個基因(15個開放閱讀框(ORFs):cox1-3、cob、atp6、atp8-9、nad1-6、nad4L、rps3；2個rRNA基因：rnl、ms; 23個tRNA基因)。基于14個ORF的序列用最大似然法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹表明厚垣普可尼亞菌與金龜子綠僵菌的親緣關(guān)系最近(bootstrap值100%支持),它與昆蟲寄生菌、植物病原菌有共同的祖先。在線粒體基因組DNA水平上,厚垣普可尼亞菌87.20%的序列與金龜子綠僵菌90.05%的序列相似,一共有10個區(qū)域相匹配；而其他真菌只匹配到厚垣普可尼亞菌的小于或等于61.07%...

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【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
英文縮略表
第一章 引言
    1.1 立題背景
    1.2 國內(nèi)外研究進展
        1.2.1 生防效果的研究
        1.2.2 致病機制的研究
        1.2.3 次生代謝產(chǎn)物基因簇的研究
        1.2.4 基因組的研究
        1.2.5 線粒體基因的研究
    1.3 本論文的目的和意義
第二章 厚垣普可尼亞菌線粒體基因組的研究
    2.1 前言
    2.2 方法和材料
        2.2.1 樣品材料和DNA樣品提取
        2.2.2 基因組測序和組裝
        2.2.3 基因預(yù)測及功能注釋
        2.2.4 比較基因組學(xué)分析
        2.2.5 系統(tǒng)發(fā)育樹分析
    2.3 結(jié)果和分析
        2.3.1 完整的線粒體基因組圖譜
        2.3.2 厚垣普可尼亞菌的系統(tǒng)發(fā)育樹分析
        2.3.3 厚垣普可尼亞菌與其他麥角菌科真菌線粒體基因組的比較分析
        2.3.4 rps基因的分子進化
    2.4 討論
    2.5 結(jié)論
第三章 厚垣普可尼亞菌核基因組的研究
    3.1 前言
    3.2 方法和材料
        3.2.1 基因組序列及轉(zhuǎn)座子分析
        3.2.2 基因集(gene set)預(yù)測
        3.2.3 基因的功能注釋
        3.2.4 分泌蛋白的預(yù)測
        3.2.5 比較基因組分析和系統(tǒng)發(fā)育樹分析
    3.3 結(jié)果和分析
        3.3.1 厚垣普可尼亞菌菌株170基因組的一般特征
        3.3.2 系統(tǒng)發(fā)育樹分析
        3.3.3 KOG功能分類比較分析
        3.3.4 分泌蛋白的分析
        3.3.5 次生代謝產(chǎn)物基因簇的分析
        3.3.6 P450酶和ABC轉(zhuǎn)運蛋白的分析
        3.3.7 蛋白酶的分析
        3.3.8 糖苷水解酶和碳水化合物酯酶的分析
        3.3.9 PHI基因的比較分析
    3.4 討論
    3.5 結(jié)論
第四章 全文結(jié)論
參考文獻
附錄
致謝
作者簡歷



本文編號：3840053