微生物作為全球物質(zhì)能量循環(huán)的核心參與者,因其極為豐富的物種多樣性、基因多樣性、功能多樣性及生態(tài)多樣性,具有巨大的挖掘潛能。高通量測序技術(shù)的應(yīng)運而生,極大地豐富了微生物生態(tài)研究手段,深化了我們對微生物群落結(jié)構(gòu)組成的理解。然而,受技術(shù)限制,高通量測序結(jié)果中只有微生物分類及其相對豐度,不同分類水平微生物的絕對含量卻不能獲得。當樣本間微生物總量變化較大時,以相對豐度表征不同樣本間的微生物數(shù)量差異,可能會帶來誤差,甚至是相反的結(jié)論。據(jù)此,本研究針對目前高通量測序技術(shù)分析微生物群落結(jié)構(gòu)存在的這一局限性,構(gòu)建了 土壤細菌單域和古菌-細菌-真菌三域微生物群落結(jié)構(gòu)的高通量絕對定量方法,實現(xiàn)了微生物跨樣本、跨域的定量分析,更全面、深入地揭示了不同土壤中微生物群落結(jié)構(gòu)特征及其交互作用。主要結(jié)果如下:（1）基于Escherichia coli O157:H7構(gòu)建具備綠色熒光蛋白標記、氨芐青霉素抗性和特異性基因的細菌單域內(nèi)標菌株HAAQ-GFP,采用平板計數(shù)法、顯微鏡計數(shù)法和實時熒光定量法對添加前與添加土壤后的單域內(nèi)標菌株HAAQ-GFP進行定量,發(fā)現(xiàn)單域內(nèi)標菌株HAAQ-GFP添加量為105-107cell ... 

【文章來源】：浙江大學浙江省211工程院校985工程院校教育部直屬院校

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【學位級別】：博士

【部分圖文】：

圖２．１菌懸液顯微鏡制片示意圖??

變形菌門相對豐度與Ｃｏｎｔｒｏｌ中較為接近，Ｔ８－Ｔ１０處理組中，變形菌門相對豐度由４０％??左右顯著增長至超過９０％。由結(jié)果可見，添加內(nèi)標菌至ｌＯＳ－Ｋ＾ｃｅｌｌｓｇ－１時，將影響土壤土??著細菌群落結(jié)構(gòu)的探究（圖２．８）。??Ａ?ＨＡＡＱ－ＲＤＰ?ＨＡＡＱ－ＲＤＰ?ＨＡＡＱ－Ｇｒｅｅｎｇｅｎｅｓ??１〇〇＿?ＨＡＡＱ－ＲＤＰａｄｊ?Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ??ｏｎ?Ｃｈｌａｍｙｄｉａｅ?Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ??８０?Ｃｈｌｏｒｏｎｅｘｉ?ＡＤ３??Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ?Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ??６０．?ＦＣＰＵ４２６?Ｃｈｌａｍｙｄｉａｅ??Ｆｉｒｍｉｃｕ＊ｔｅｓ?Ｃｈｌｏｒｏｆｌｃｘｉ?．??Ｇｅｍ?ｍ?ａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ?Ｃ?＞ａｎｏｂａｃｔｃｒｉａ??Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａｅ?ＦＣ＿６??２０?〇Ｄ］?Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ??Ｐｌａｎｃｔｏｍｖｃｅｔｅｓ?Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅ．ｅｓ??＾?１——＇——?Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ?Ｎｉ

拷貝數(shù)校正后的細菌群落結(jié)構(gòu)信息可能更好反映土著細菌組成。??通過細菌單域內(nèi)標菌株ＨＡＡＱ－ＧＦＰ相對豐度與初始添加濃度建立回歸發(fā)現(xiàn)，兩者取??對數(shù)（Ｌｏｇｉｏ）后在三個數(shù)據(jù)庫分析結(jié)果中均有較好的線性相關(guān)（圖２．９，?Ｒ２?＝?０．９９），表??明所添加內(nèi)標菌株ＨＡＡＱ－ＧＦＰ能對應(yīng)地在高通量測序結(jié)果中被反映出，從而能對其他種??類細菌的絕對含量進行較為準確地評估。??．５＊??〇？?ｉ?？?ＲＤＰ．?Ｒ：?＝?０．９９??ｍ．?Ａ?ＲＤＰ＾．，?Ｒ２?＝?０．９９??＂５?＿?■?Ｃｉｒｅｅｎｇｃｎｅｓ．?Ｒ：?＝?０．９９??１：?＾??ｒ?ｈ?ｖｌ??？｜?Ｔ１０?Ｔ９?Ｔ８?Ｔ７?Ｔ６?Ｔ５??Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｓｔｒａｉｎ?ＨＡＡＱ－ＧＦＰ?ｉｎ?ｓｏｉｌ?ｓａｍｐｌｅｓ??（Ｌｏｇ｜〇?（ｃｅｌｌｓ?ｇ?＇））??圖２．９內(nèi)標菌株ＨＡＡＱ－ＧＦＰ添加濃度與大腸桿菌相關(guān)屬栢對豐度回歸??Ｆｉｇｕｒｅ?２．９?Ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ?ｂｅｔｗｅｅｎ?ｔｈｅ?ａｄｄｅｄ?ｉｎｔｅｒｎａｌ?ｓｔａｎｄａｒｄ?ｓｔｒａｉｎ?ＨＡＡＱ－ＧＦＰ?ａｎｄ?ｔｈｅ?ｒｅｌａｔｉｖｅ??ａｂｕｎｄａｎｃｅｓ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｒｅｌａｔｅｄ?Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ?ｇｅｎｕｓ??２８??

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本文編號：3626448