發(fā)布時(shí)間：2022-02-15 10:16

　　微生物作為全球物質(zhì)能量循環(huán)的核心參與者,因其極為豐富的物種多樣性、基因多樣性、功能多樣性及生態(tài)多樣性,具有巨大的挖掘潛能。高通量測(cè)序技術(shù)的應(yīng)運(yùn)而生,極大地豐富了微生物生態(tài)研究手段,深化了我們對(duì)微生物群落結(jié)構(gòu)組成的理解。然而,受技術(shù)限制,高通量測(cè)序結(jié)果中只有微生物分類(lèi)及其相對(duì)豐度,不同分類(lèi)水平微生物的絕對(duì)含量卻不能獲得。當(dāng)樣本間微生物總量變化較大時(shí),以相對(duì)豐度表征不同樣本間的微生物數(shù)量差異,可能會(huì)帶來(lái)誤差,甚至是相反的結(jié)論。據(jù)此,本研究針對(duì)目前高通量測(cè)序技術(shù)分析微生物群落結(jié)構(gòu)存在的這一局限性,構(gòu)建了 土壤細(xì)菌單域和古菌-細(xì)菌-真菌三域微生物群落結(jié)構(gòu)的高通量絕對(duì)定量方法,實(shí)現(xiàn)了微生物跨樣本、跨域的定量分析,更全面、深入地揭示了不同土壤中微生物群落結(jié)構(gòu)特征及其交互作用。主要結(jié)果如下:（1）基于Escherichia coli O157:H7構(gòu)建具備綠色熒光蛋白標(biāo)記、氨芐青霉素抗性和特異性基因的細(xì)菌單域內(nèi)標(biāo)菌株HAAQ-GFP,采用平板計(jì)數(shù)法、顯微鏡計(jì)數(shù)法和實(shí)時(shí)熒光定量法對(duì)添加前與添加土壤后的單域內(nèi)標(biāo)菌株HAAQ-GFP進(jìn)行定量,發(fā)現(xiàn)單域內(nèi)標(biāo)菌株HAAQ-GFP添加量為105-107cell ... 

【文章來(lái)源】：浙江大學(xué)浙江省211工程院校985工程院校教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：140 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖２．１菌懸液顯微鏡制片示意圖??

變形菌門(mén)相對(duì)豐度與Ｃｏｎｔｒｏｌ中較為接近，Ｔ８－Ｔ１０處理組中，變形菌門(mén)相對(duì)豐度由４０％??左右顯著增長(zhǎng)至超過(guò)９０％。由結(jié)果可見(jiàn)，添加內(nèi)標(biāo)菌至ｌＯＳ－Ｋ＾ｃｅｌｌｓｇ－１時(shí)，將影響土壤土??著細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的探究（圖２．８）。??Ａ?ＨＡＡＱ－ＲＤＰ?ＨＡＡＱ－ＲＤＰ?ＨＡＡＱ－Ｇｒｅｅｎｇｅｎｅｓ??１〇〇＿?ＨＡＡＱ－ＲＤＰａｄｊ?Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ??ｏｎ?Ｃｈｌａｍｙｄｉａｅ?Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ??８０?Ｃｈｌｏｒｏｎｅｘｉ?ＡＤ３??Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ?Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ??６０．?ＦＣＰＵ４２６?Ｃｈｌａｍｙｄｉａｅ??Ｆｉｒｍｉｃｕ＊ｔｅｓ?Ｃｈｌｏｒｏｆｌｃｘｉ?．??Ｇｅｍ?ｍ?ａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ?Ｃ?＞ａｎｏｂａｃｔｃｒｉａ??Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａｅ?ＦＣ＿６??２０?〇Ｄ］?Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ??Ｐｌａｎｃｔｏｍｖｃｅｔｅｓ?Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅ．ｅｓ??＾?１——＇——?Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ?Ｎｉ

拷貝數(shù)校正后的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)信息可能更好反映土著細(xì)菌組成。??通過(guò)細(xì)菌單域內(nèi)標(biāo)菌株ＨＡＡＱ－ＧＦＰ相對(duì)豐度與初始添加濃度建立回歸發(fā)現(xiàn)，兩者取??對(duì)數(shù)（Ｌｏｇｉｏ）后在三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)分析結(jié)果中均有較好的線(xiàn)性相關(guān)（圖２．９，?Ｒ２?＝?０．９９），表??明所添加內(nèi)標(biāo)菌株ＨＡＡＱ－ＧＦＰ能對(duì)應(yīng)地在高通量測(cè)序結(jié)果中被反映出，從而能對(duì)其他種??類(lèi)細(xì)菌的絕對(duì)含量進(jìn)行較為準(zhǔn)確地評(píng)估。??．５＊??〇？?ｉ?？?ＲＤＰ．?Ｒ：?＝?０．９９??ｍ．?Ａ?ＲＤＰ＾．，?Ｒ２?＝?０．９９??＂５?＿?■?Ｃｉｒｅｅｎｇｃｎｅｓ．?Ｒ：?＝?０．９９??１：?＾??ｒ?ｈ?ｖｌ??？｜?Ｔ１０?Ｔ９?Ｔ８?Ｔ７?Ｔ６?Ｔ５??Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｓｔｒａｉｎ?ＨＡＡＱ－ＧＦＰ?ｉｎ?ｓｏｉｌ?ｓａｍｐｌｅｓ??（Ｌｏｇ｜〇?（ｃｅｌｌｓ?ｇ?＇））??圖２．９內(nèi)標(biāo)菌株ＨＡＡＱ－ＧＦＰ添加濃度與大腸桿菌相關(guān)屬栢對(duì)豐度回歸??Ｆｉｇｕｒｅ?２．９?Ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ?ｂｅｔｗｅｅｎ?ｔｈｅ?ａｄｄｅｄ?ｉｎｔｅｒｎａｌ?ｓｔａｎｄａｒｄ?ｓｔｒａｉｎ?ＨＡＡＱ－ＧＦＰ?ａｎｄ?ｔｈｅ?ｒｅｌａｔｉｖｅ??ａｂｕｎｄａｎｃｅｓ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｒｅｌａｔｅｄ?Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ?ｇｅｎｕｓ??２８??

【參考文獻(xiàn)】：
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博士論文
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碩士論文
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[3]Massilia sp.WF1對(duì)菲的降解特性研究[D]. 羅小艷.浙江大學(xué) 2015
[4]土壤細(xì)菌的熒光染色計(jì)數(shù)方法研究及一株放線(xiàn)菌的分離鑒定[D]. 童晉榮.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009



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