【背景】植物內(nèi)生菌的群落組成隨物種基因型及不同部位、生長地和環(huán)境條件不同而發(fā)生變化,而植物相關(guān)微生物會(huì)影響植物的生長、代謝、化學(xué)成分的積累與合成,并且可能對(duì)藥用植物有效成分的合成造成影響。【目的】通過對(duì)不同生長環(huán)境重樓內(nèi)生及土壤真菌群落多樣性的研究,尋找園區(qū)環(huán)境與野生環(huán)境的差異真菌,為野生藥用植物的人工栽培提供理論基礎(chǔ)。【方法】測定兩種環(huán)境中土壤的理化指標(biāo),并采用Illumina HiSeq高通量測序技術(shù)分別對(duì)野生環(huán)境及園區(qū)環(huán)境中重樓內(nèi)生及土壤真菌群落轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)ITS進(jìn)行擴(kuò)增子序列測定,對(duì)不同土壤環(huán)境真菌群落組成與多樣性差異進(jìn)行生物信息學(xué)分析。【結(jié)果】對(duì)重樓相關(guān)土壤及內(nèi)生真菌的多樣性分析結(jié)果顯示,野生環(huán)境中的真菌豐度及多樣性均高于園區(qū)環(huán)境。其中野生環(huán)境與園區(qū)環(huán)境中根際土壤真菌的豐度有顯著性差異（P<0.05）。真菌群落注釋結(jié)果表明,兩種環(huán)境中分別注釋到8個(gè)門;在屬水平上,野生環(huán)境注釋到82個(gè)屬,園區(qū)環(huán)境注釋到78個(gè)屬;不同土壤環(huán)境對(duì)微生物群落豐度有著較為顯著的差異。野生環(huán)境中有4.04%特有的OTU,園區(qū)環(huán)境中有4.84%特有的OTU。通過LEfSe分析找到了園區(qū)環(huán)境與野生環(huán)境具... 

【文章來源】：微生物學(xué)通報(bào). 2020,47(09)北大核心CSCD

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不同區(qū)系真菌群落的α多樣性分析

野生環(huán)境及園區(qū)環(huán)境中分別注釋到82個(gè)和78個(gè)屬。為清晰顯示不同生長環(huán)境中真菌群落的相對(duì)豐度，在屬水平顯示前10的屬。如圖3B所示，相對(duì)豐度前10的屬分別為四枝孢屬(Tetracladium)、根內(nèi)球囊霉屬(Rhizophagus)、短柄霉屬(Aureobasidium)、Inocybe、鏈格孢屬(Alternaria)、Tomentella、油壺菌屬(Olpidium)、芽枝霉屬(Cladosporium)、外瓶柄霉屬(Exophiala)和角擔(dān)菌屬(Ceratobasidium)。由圖3B中可看出各區(qū)系真菌群的組成及相對(duì)豐度有所差異，豐度最高的是四枝孢屬，該屬在園區(qū)環(huán)境較野生環(huán)境高37.11%；其次是根內(nèi)球囊霉屬，該屬園區(qū)中的豐度比野生環(huán)境高出89.97%；而短柄霉屬在野生環(huán)境中的相對(duì)豐度是園區(qū)環(huán)境的3倍。就整體而言，野生環(huán)境具有更高的均勻度，而園區(qū)環(huán)境中菌群具有一定的偏好性，部分菌群表現(xiàn)出更高的優(yōu)勢性。2.5 不同生長環(huán)境間OTU數(shù)目Venn分析

分別在門水平和屬水平上統(tǒng)計(jì)了不同生長環(huán)境的真菌群落組成。如圖3A所示，在門水平上共注釋到8個(gè)門，分別為子囊菌門(Ascomycota)、擔(dān)子菌門(Basidiomycota)、球囊菌門(Glomeromycota)、被孢霉門(Mortierellomycota)、羅茲菌門(Rozellomycota)、Olpidiomycota、Zoopagomycota和Mucoromycota。該注釋結(jié)果在野生環(huán)境及園區(qū)環(huán)境中的平均覆蓋度分別為75.22%與77.10%，兩種環(huán)境下主要表現(xiàn)為真菌群落豐度的差異性，多樣性并無太大差異。野生環(huán)境及園區(qū)環(huán)境中分別注釋到82個(gè)和78個(gè)屬。為清晰顯示不同生長環(huán)境中真菌群落的相對(duì)豐度，在屬水平顯示前10的屬。如圖3B所示，相對(duì)豐度前10的屬分別為四枝孢屬(Tetracladium)、根內(nèi)球囊霉屬(Rhizophagus)、短柄霉屬(Aureobasidium)、Inocybe、鏈格孢屬(Alternaria)、Tomentella、油壺菌屬(Olpidium)、芽枝霉屬(Cladosporium)、外瓶柄霉屬(Exophiala)和角擔(dān)菌屬(Ceratobasidium)。由圖3B中可看出各區(qū)系真菌群的組成及相對(duì)豐度有所差異，豐度最高的是四枝孢屬，該屬在園區(qū)環(huán)境較野生環(huán)境高37.11%；其次是根內(nèi)球囊霉屬，該屬園區(qū)中的豐度比野生環(huán)境高出89.97%；而短柄霉屬在野生環(huán)境中的相對(duì)豐度是園區(qū)環(huán)境的3倍。就整體而言，野生環(huán)境具有更高的均勻度，而園區(qū)環(huán)境中菌群具有一定的偏好性，部分菌群表現(xiàn)出更高的優(yōu)勢性。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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