RNA編輯是重要的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控機(jī)制,其通過改變單個(gè)核苷酸使得轉(zhuǎn)錄的mRNA與模板DNA的編碼不一致,實(shí)現(xiàn)對(duì)mRNA的轉(zhuǎn)錄后修飾,從而影響個(gè)體的生長(zhǎng)發(fā)育等。RNA編輯由作用于RNA的腺苷脫氨酶（Adenosine20deaminases20acting20on20RNA,20ADARs）參與催化完成,其中A-to-G是RNA編輯類型中出現(xiàn)概率最高的編輯類型。本文以重要的農(nóng)業(yè)害蟲小菜蛾（Plutella20xylostella）為研究對(duì)象,開展了RNA編輯位點(diǎn)的分析,研究結(jié)果如下：1)對(duì)小菜蛾基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行了大規(guī)模的挖掘與分析,運(yùn)用Perl腳本,結(jié)合二項(xiàng)分布及Fisher等統(tǒng)計(jì)方法進(jìn)行過濾分析,預(yù)測(cè)出在小菜蛾四個(gè)發(fā)育時(shí)期發(fā)生的RNA編輯位點(diǎn),分別為卵期8,346個(gè)、幼蟲期5,882個(gè)、蛹期7,657個(gè)、成蟲期8,584個(gè),其中共有14,895個(gè)編輯類型為A-to-G的位點(diǎn),表明RNA編輯是一種在昆蟲中普通存在的調(diào)控機(jī)制。2)對(duì)所有的RNA編輯位點(diǎn)進(jìn)行了差異表達(dá)分析,結(jié)果表明在四個(gè)不同發(fā)育時(shí)期有差異表達(dá)的位點(diǎn)42個(gè)。其中9個(gè)位點(diǎn)改變了氨基酸的類型,31個(gè)RNA編輯位點(diǎn)發(fā)生在三聯(lián)體密碼子... 

【文章來源】：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：48 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 小菜蛾
    1.2 RNA編輯的研究進(jìn)展
        1.2.1 RNA編輯
        1.2.2 基于第二代測(cè)序技術(shù)的RNA編輯研究
第二章 小菜蛾RNA編輯位點(diǎn)的識(shí)別
    摘要
    2.1 數(shù)據(jù)與計(jì)算方法
        2.1.1 數(shù)據(jù)庫(kù)及軟件
        2.1.2 基因數(shù)據(jù)
        2.1.3 序列比對(duì)及軟件參數(shù)設(shè)置
    2.2 結(jié)果
        2.2.1 小菜蛾RNA-Seq比對(duì)結(jié)果
        2.2.2 構(gòu)建潛在的RNA編輯位點(diǎn)集
        2.2.3 對(duì)潛在的RNA編輯位點(diǎn)集篩選過濾
            1) 濾除落在3’、5’端位點(diǎn)
            2) 濾除來自同庫(kù)的重復(fù)序列
            3) 濾除編輯效率低及覆蓋度過低的位點(diǎn)
            4) 濾除替換類型不確定的編輯位點(diǎn)
            5) 濾除剪接位點(diǎn)周圍的RNA編輯位點(diǎn)
            6) 濾除簡(jiǎn)單重復(fù)和旁系同源的位點(diǎn)
            7) 濾除隨機(jī)錯(cuò)誤
    2.3 討論
第三章 小菜蛾RNA編輯位點(diǎn)的特異表達(dá)分析
    摘要
    3.1 數(shù)據(jù)與分析方法
        3.1.1 RNA編輯特異表達(dá)候選集
        3.1.2 Fisher檢驗(yàn)
    3.2 結(jié)果
        3.2.1 不同發(fā)育時(shí)期特異性的RNA編輯位點(diǎn)
        3.2.2 不同發(fā)育時(shí)期特異性RNA編輯位點(diǎn)的基因統(tǒng)計(jì)分析
    3.3 討論
第四章 RNA編輯位點(diǎn)的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證
    摘要
    4.1 材料與方法
    4.2 結(jié)果與分析
    4.3 討論
全文總結(jié)
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間論文發(fā)表情況
致謝



本文編號(hào)：3178795