RNA編輯是重要的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控機制,其通過改變單個核苷酸使得轉(zhuǎn)錄的mRNA與模板DNA的編碼不一致,實現(xiàn)對mRNA的轉(zhuǎn)錄后修飾,從而影響個體的生長發(fā)育等。RNA編輯由作用于RNA的腺苷脫氨酶（Adenosine20deaminases20acting20on20RNA,20ADARs）參與催化完成,其中A-to-G是RNA編輯類型中出現(xiàn)概率最高的編輯類型。本文以重要的農(nóng)業(yè)害蟲小菜蛾（Plutella20xylostella）為研究對象,開展了RNA編輯位點的分析,研究結(jié)果如下：1)對小菜蛾基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行了大規(guī)模的挖掘與分析,運用Perl腳本,結(jié)合二項分布及Fisher等統(tǒng)計方法進行過濾分析,預測出在小菜蛾四個發(fā)育時期發(fā)生的RNA編輯位點,分別為卵期8,346個、幼蟲期5,882個、蛹期7,657個、成蟲期8,584個,其中共有14,895個編輯類型為A-to-G的位點,表明RNA編輯是一種在昆蟲中普通存在的調(diào)控機制。2)對所有的RNA編輯位點進行了差異表達分析,結(jié)果表明在四個不同發(fā)育時期有差異表達的位點42個。其中9個位點改變了氨基酸的類型,31個RNA編輯位點發(fā)生在三聯(lián)體密碼子... 

【文章來源】：南京農(nóng)業(yè)大學江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：48 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻綜述
    1.1 小菜蛾
    1.2 RNA編輯的研究進展
        1.2.1 RNA編輯
        1.2.2 基于第二代測序技術(shù)的RNA編輯研究
第二章 小菜蛾RNA編輯位點的識別
    摘要
    2.1 數(shù)據(jù)與計算方法
        2.1.1 數(shù)據(jù)庫及軟件
        2.1.2 基因數(shù)據(jù)
        2.1.3 序列比對及軟件參數(shù)設置
    2.2 結(jié)果
        2.2.1 小菜蛾RNA-Seq比對結(jié)果
        2.2.2 構(gòu)建潛在的RNA編輯位點集
        2.2.3 對潛在的RNA編輯位點集篩選過濾
            1) 濾除落在3’、5’端位點
            2) 濾除來自同庫的重復序列
            3) 濾除編輯效率低及覆蓋度過低的位點
            4) 濾除替換類型不確定的編輯位點
            5) 濾除剪接位點周圍的RNA編輯位點
            6) 濾除簡單重復和旁系同源的位點
            7) 濾除隨機錯誤
    2.3 討論
第三章 小菜蛾RNA編輯位點的特異表達分析
    摘要
    3.1 數(shù)據(jù)與分析方法
        3.1.1 RNA編輯特異表達候選集
        3.1.2 Fisher檢驗
    3.2 結(jié)果
        3.2.1 不同發(fā)育時期特異性的RNA編輯位點
        3.2.2 不同發(fā)育時期特異性RNA編輯位點的基因統(tǒng)計分析
    3.3 討論
第四章 RNA編輯位點的實驗驗證
    摘要
    4.1 材料與方法
    4.2 結(jié)果與分析
    4.3 討論
全文總結(jié)
參考文獻
攻讀碩士學位期間論文發(fā)表情況
致謝



本文編號：3178795