盤龍參（Spiranthes sinensis（Pers.）Ames）是一種重要的中藥材,也是一種生態(tài)指示植物,具有較高的藥用價值及生態(tài)價值。近年來,由于人類過度開采及環(huán)境污染等問題,導致野生盤龍參的數(shù)量急劇下降。植物內(nèi)生菌是一個潛在的資源寶庫,其次級代謝產(chǎn)物豐富,在醫(yī)療、農(nóng)業(yè)、工業(yè)各方面均有廣泛應用。本文以盤龍參為研究對象,通過分離其可培養(yǎng)內(nèi)生真菌和細菌,分析其內(nèi)生菌多樣性,測定內(nèi)生菌抑菌活性,從中篩選出具有生防潛力的菌株,分析研究其抑菌機理,以期運用于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中。本研究的主要內(nèi)容為下:1.從野生盤龍參的根、莖、葉、花序組織中分離內(nèi)生菌菌株共263株,通過形態(tài)學分類和分子生物學鑒定（ITS、16s-r RNA）,內(nèi)生真菌分屬于25個屬,其中鐮刀菌屬（Fusarium,20%）,青霉菌屬（Penicillium,8%）和鏈格孢屬（Alternaria,8%）為優(yōu)勢菌屬;內(nèi)生細菌分屬于11個屬,其中克霍爾德菌屬（Burkholderia,19%）、芽孢桿菌屬（Bacillus,18%）、假單胞桿菌屬（Pseudomonas,17%）和不動桿菌屬（Acinetobacter,11%）為優(yōu)勢... 

【文章來源】：長江大學湖北省

【文章頁數(shù)】：68 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

基于16SrRNA構(gòu)建菌株YZU173017的系統(tǒng)發(fā)育樹

第3章YZU173017鑒定及全基因組分析25圖3-2基于全基因組蛋白序列構(gòu)建菌株YZU173017的系統(tǒng)發(fā)育樹Figure3-2Genome-wideproteinsequencephylogenetictreeofstrainYZU1730173.3.3全基因組基本特征通過IlluminaHiseq平臺對YZU173017測序，獲得原始數(shù)據(jù)共1143413100bp。原始測序質(zhì)量分布圖如圖3-3，從reads的堿基質(zhì)量分布圖可以看出，堿基質(zhì)量較為一致，堿基A和T、C和G的百分比總和較為接近，圖中四種顏色的分界線在均勻隨機的情況下波動極小，表明了YZU173017的測序質(zhì)量較高。為了提高后續(xù)分析質(zhì)量和可靠性，對原始數(shù)據(jù)清洗去除帶有接頭和＜20的低質(zhì)量reads，以及去掉N堿基數(shù)目較多的reads（>2），去除50bq以下的reads。經(jīng)質(zhì)控后，YZU173017的總序列長度為1137043947bp，序列條數(shù)為7610844，Q20值為97.17%，Q30值為92.85%，GC含量為46.59%。

第3章YZU173017鑒定及全基因組分析26圖3-3原始數(shù)據(jù)reads的堿基分布Figure3-3Nucleotidedistributionineachreadpositionofrawdata經(jīng)質(zhì)控后的數(shù)據(jù)進行組裝，組裝后的詳細序列信息如表3-1。組裝后共獲得30條scaffolds，組裝后序列總長度為3,940,997bp，GC總含量46.414%，N的占比率為0.007%。共獲得編碼蛋白序列2512條，總長度為2438112bp，平均長度為970bp，編碼區(qū)域占基因組全長的61.9%。表3-1組裝結(jié)果統(tǒng)計Figure3-1ThestatisticsoftheassemblyresultsTypeNumberNumberofallscaffolds30Totalbase3940997Largestlength1083480No.oflargescaffolds(>1000bps)17Basesinlargescaffolds3936309N50scaffold2N50length988258N90scaf6N90length281222GCcontent46.41%Nrate0.01%Allcontigstotalbase3940697No.oflargecontigs(>1000bps)20Largestlength1083480Basesinlargecontigs(>1000bps)3936009N50length988258N90length162774

【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
[1]中國菊科植物病原鏈格孢菌大孢子種多樣性研究[D]. 羅歡.長江大學 2019
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[3]多粘類芽孢桿菌HY96-2的全基因組測序分析與生防機制的探索[D]. 程躍娟.華東理工大學 2018
[4]擬無枝酸菌BJA-103的全基因組測序與比較基因組學分析[D]. 柯欣.西北農(nóng)林科技大學 2018
[5]基于三代測序技術(shù)的高產(chǎn)糖化酶黑曲霉工業(yè)菌株基因組組裝與注釋及功能基因比較研究[D]. 林毅英.華南理工大學 2018
[6]貝萊斯芽孢桿菌DY-6的抑菌特性及其對刺參生長免疫和池塘菌群結(jié)構(gòu)的影響研究[D]. 王金燕.上海海洋大學 2018
[7]枯草芽孢桿菌BSD-2全基因組數(shù)據(jù)挖掘及抗菌物質(zhì)的分離[D]. 胡彥婷.河北工業(yè)大學 2017
[8]貝萊斯芽孢桿菌S6的鑒定、發(fā)酵條件優(yōu)化及其生防作用研究[D]. 楊勝清.吉林農(nóng)業(yè)大學 2017
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本文編號：3135829