EM對白及根際土壤微生物多樣性及活性的影響
【圖文】:
數(shù)量不同樣本的物種豐富度和樣本測序。4.2.11 物種分類分析在 Bergey’staxonomy 的基礎(chǔ)上,通過運用 RDP classifier 將 OTU 在界、科、屬 6 個層級上進行物種分類[77]。采用 Na ve Baysesian assignment 算法對不同層級水平上的概率值進行計算。根據(jù)分類學分析結(jié)果,統(tǒng)計在各個分類層級水平上不同樣本的群落組成樣本和物種單元分類的序列豐度;使用 R 的 vegan package 根據(jù)各樣本豐度樣性距離矩陣,進行層次聚類分析,再使用 UPGMA 算法構(gòu)建樹狀結(jié)構(gòu),根分類學比對結(jié)果,選擇優(yōu)勢物種分類,繪制 genus 水平單樣品分類系統(tǒng)組成4.3 結(jié)果與分析4.3.1 DNA 提取如圖 4-1 部分 PCR 電泳圖所示:從白及根際土壤提取的總 DNA 經(jīng)過 1%檢測,條帶清晰、無拖尾。
24基本能夠覆蓋樣品中所有種群,從而比較真實地來反映土壤樣品的菌群群落。圖4-2 原核微生物 Shannon 稀釋曲線圖Fig.4-2 Prokaryotic microorganisms Shannon dilution curve圖4-3 真核微生物 Shannon 稀釋曲線圖Fig.4-3 Eukaryotic microorganisms Shannon dilution curve4.3.3 OTU 聚類分析六處分別為對不同濃度EM處理后一個月的白及根際土壤樣品中原核微生物所有樣本序列依照序列間距離進行聚類,如圖 4-4 所示:根據(jù)相似性將空白組樣本劃分為 2721個 OTU、300-1 樣本劃分為 2792 個 OTU、400-1 樣本劃分為 2934 個 OTU、500-1 樣本劃分為 2965 個 OTU,600-1 樣本劃分為 2962 個 OTU,700-1 樣本劃分為 2655 個 OTU,使用 Venn Diagram package 繪制原核微生物所有樣本 VENN 圖,如圖 4-4 所示:其中 6個樣本共同包含 2125 個 OTU 單元,,CK-1 特有 596 個 OTU 單元,占其樣本的 21.90%;300-1 特有 667 個 OTU 單元
【學位授予單位】:陜西理工大學
【學位級別】:碩士
【學位授予年份】:2019
【分類號】:S154.3
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