【摘要】：利用已經(jīng)公布的木質(zhì)部寄生屬(Xylella fastidiosa)2 766個(gè)基因組數(shù)據(jù)信息,運(yùn)用在線計(jì)算機(jī)預(yù)測軟件,分析了木質(zhì)部寄生屬(Xylella fastidiosa)的分泌蛋白組。運(yùn)用Signal P version 2.0預(yù)測得到204個(gè)開放閱讀框架具有編碼蛋白質(zhì)的N-端信號肽;運(yùn)用TMHMM、GPI-anchored預(yù)測具有非跨膜蛋白(或者在N-端信號肽只有1個(gè)跨膜區(qū)),不具有錨定位點(diǎn)的173個(gè),運(yùn)用Target P預(yù)測除去分泌到線粒體以及位置不確定的分泌蛋白,最終得到X.fastidiosa的分泌蛋白為149個(gè)。分泌類信號肽(Sec-type)114個(gè)和具雙精氨酸結(jié)構(gòu)的信號肽(RR-motif)32個(gè),分別占分泌蛋白的76.5%和21.5%,脂蛋白信號肽3個(gè),僅占2%,沒有預(yù)測到類前菌毛信號肽和細(xì)菌素及外激素信號肽。
[Abstract]:Based on the published genomic data of (Xylella fastidiosa) 2766, the secretory proteome of (Xylella fastidiosa) was analyzed by online computer prediction software. Signal P version 2.0 was used to predict the N-terminal signal peptides with coding proteins in the open reading frame, and TMHMM,GPI-anchored was used to predict the non-transmembrane proteins (or only one transmembrane region in the N-terminal signal peptides), and there were no anchoring sites. Target P was used to predict that the secretory proteins secreted to the mitochondria and uncertain position were removed, and the secretory proteins of the X.fastidiosa were obtained to be 149. the N-terminal signal peptides were predicted to have non-transmembrane proteins (or only one transmembrane region in the N-terminal signal peptides) and no anchoring sites. There were 114 secretory signal peptides (Sec-type) and 32 signal peptides with diarginine structure (RR-motif), accounting for 76.5% and 21.5% of secretory proteins, respectively. Lipoprotein signal peptides accounted for only 2%. No prefimal signal peptides, bacteriocin and exocrine signal peptides were predicted.
【作者單位】： 云南農(nóng)業(yè)大學(xué)教育部生物多樣性與病蟲害控制重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;云南省醫(yī)療器械檢驗(yàn)所;云南生物資源保護(hù)與利用國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31270067)
【分類號】：S432.4

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本文編號：2525363