【摘要】：【目的】調(diào)查白芨內(nèi)生細菌種類及多樣性,為更好地保護和開發(fā)利用白芨資源提供科學依據(jù)。【方法】應(yīng)用Illumina Mi Seq高通量測序技術(shù)測定白芨內(nèi)生細菌的16S r DNA-V4變異區(qū)序列,應(yīng)用Qiime和Mothur等軟件整理和統(tǒng)計樣品序列數(shù)目和操作分類單元(OTUs)數(shù)量,分析物種豐度及分布的差異�！窘Y(jié)果】獲得用于分析的有效序列和OTU數(shù)為49550/48;稀釋曲線表明測序深度充分,OTU的數(shù)量接近于飽和。白芨內(nèi)生細菌主要分布于鞘脂單胞菌屬(Sphingomonas,32.26%)、地桿菌屬(Pedobacter,16.13%)、鹽單胞菌屬(Halomonas,16.13%)、土壤桿菌屬(Agrobacterium,12.90%)、Kaistobacter屬(6.45%)、希瓦氏菌屬(Shewanella,6.45%)、假單胞菌屬(Pseudomonas,6.45%)和短波單胞菌屬(Brevundimonas,3.23%)8個屬。【結(jié)論】鞘脂單胞菌屬、地桿菌屬、鹽單胞菌屬和土壤桿菌屬是白芨內(nèi)生細菌的優(yōu)勢種群。Illumina Mi Seq高通量測序技術(shù)能準確反映植物內(nèi)生微生物的種類組成和真實比例,在植物內(nèi)生微生物研究中具有明顯的優(yōu)勢和可行性。
[Abstract]:[objective] to investigate the species and diversity of endophytic bacteria in Bletilla striata so as to provide a scientific basis for better protection and utilization of Bletilla striata resources. [methods] the 16s r DNA-V4 mutation region of endophytic bacteria in Bletilla striata was sequenced by Illumina Mi Seq high-throughput sequencing. Using software such as Qiime and Mothur to sort out and count the number of sample sequences and the number of operation classification units (OTUs), Analysis of species abundance and distribution. [results] the effective sequence and OTU number for analysis were 49550 / 48.The dilution curve showed that the number of OTU with sufficient sequencing depth was close to saturation. Bletilla striata endophytic bacteria are mainly distributed in 32.26% of Sphingomonas, 16.13% of Pedobacteromonas, 16.13% of Halomonas, 12.90% of Agrobacterium, 6.45% of Kaistobacter, 6.45% of Shewanellaa, 6.45% of Pseudomonas and 3.23% of Brevundimonasmonas. [conclusion] Halomonas and Agrobacterium are the dominant species of endophytic bacteria in Bletilla striata. Illumina Mi Seq high throughput sequencing technique can accurately reflect the species composition and true proportion of endophytic microbes in plants. It has obvious advantages and feasibility in the study of plant endophytic microorganisms.
【作者單位】： 昆明學院農(nóng)學院;云南省都市特色農(nóng)業(yè)工程技術(shù)研究中心;中國科學院昆明動物研究所;昆明學院生命科學與技術(shù)系;
【基金】：國家自然科學基金項目(31460491) 云南省教育廳科學研究項目(2014Y390) 昆明學院人才引進項目(YJL14005) 云南省高校優(yōu)勢特色重點學科(生態(tài)學)建設(shè)項目(05000511311)
【分類號】：S567.239;S182

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本文編號：2193982