本文選題：相互作用　切入點：CoNet　出處：《揚州大學》2015年碩士論文

【摘要】：長期以來,絕大多數(shù)關于土壤微生物的研究報告,其基本目的是回答土壤中有什么微生物、有多少微生物,極少關注微生物之間的相互作用。但是,事實上,土壤中的微生物不可能孤立生活,總是與其它微生物發(fā)生這樣或那樣的相互作用,比如共生、寄生、互生拮抗等等。然而,這些已知的相互作用大多都是用共培養(yǎng)等方法來確定的,最典型的例子是拮抗關系的確定。雖然共培養(yǎng)至今依然是確定微生物之間相互作用關系的標準方法,但是用它來研究一個群落中微生物之間的相互作用關系時就存在明顯的局限性：首先,它僅僅適用于那些可培養(yǎng)菌,而土壤中絕大多數(shù)微生物是不可培養(yǎng)的；其次,土壤條件與平板條件有很大差別,微生物在平板中表現(xiàn)出來的相互作用關系不見得就是土壤中實際發(fā)生的相互作用關系。因此,要在群落水平上研究微生物之間的相互作用關系,必須另尋其它途徑。近年來研究者開發(fā)出不少軟件用于研究微生物群落中成員之間的相互作用。這些軟件都可以利用高通量測序結(jié)果來預測微生物之間的相互作用關系。因為高通量測序反映的是原位狀況下土壤微生物群落的狀態(tài),因此與平板結(jié)果相比更接近于土壤原位狀況下的相互作用。這些軟件使得人們研究群落水平上微生物之間的相互作用成為可能。然而這些軟件的參數(shù)選擇都是使用者自行確定的,沒有人對如何選擇參數(shù)以及由此可能產(chǎn)生的不同結(jié)果進行比較研究,也就是說,選擇不同參數(shù)可能會得到不同的結(jié)果,但是哪一種結(jié)果更為合理無從知曉。與蛋白質(zhì)相互作用關系相比,土壤微生物之間的相互作用關系至今尚沒有參比數(shù)據(jù)庫可供參考,所以從絕對意義上來說,網(wǎng)絡預測的結(jié)果本身確實沒有“正確”與“不正確”之分。但是,一組好的參數(shù),應該能夠得到“穩(wěn)健”的結(jié)果。如果某一對微生物之間的相互作用關系是客觀存在的,那么,在97%水平下能夠檢測到,在95%甚至90%水平上應該也能檢測到。因此,不同OTU劃分水平的數(shù)據(jù)便成為檢測網(wǎng)絡穩(wěn)健性的一種很好的參考基線�；谶@一假說,我們結(jié)合過去的經(jīng)驗就如何選擇參數(shù)進行粗線探討。本文比較了CoNet和MENA兩種網(wǎng)絡分析的方法,并且就如何選擇合適的參數(shù)以獲得穩(wěn)健的結(jié)果進行初步探討。本文首先簡單介紹了這兩個軟件的參數(shù)及使用步驟。然后,用一組由16個土壤樣品組成的高通量測序數(shù)據(jù),分別通過兩個軟件,選擇不同參數(shù)組合進行網(wǎng)絡的構建,比較結(jié)果的差異。最后,本文還比較了CoNet和MENA構建的網(wǎng)絡中模塊的重現(xiàn)性,以及MENA默認算法切得的模塊與OH-PIN算法(默認值)切得的模塊的重現(xiàn)性,并且通過比較在97%和90%相似度劃分水平下用CoNet構建的網(wǎng)絡中模塊的重現(xiàn)性來評估參數(shù)選擇,結(jié)果表明,使用推薦的CoNet參數(shù)組合能夠得到穩(wěn)健性強的微生物生態(tài)網(wǎng)絡。本文為土壤微生物生態(tài)網(wǎng)絡分析提供了兩種具有參考價值的方法,同時推薦一組軟件參數(shù)。
[Abstract]:......
【學位授予單位】：揚州大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：S154.3

【相似文獻】

相關期刊論文 前10條

1 林先貴;陳瑞蕊;胡君利;;土壤微生物資源管理、應用技術與學科展望[J];生態(tài)學報;2010年24期

2 杝冿癸;;中W科[x院土壤微生物[x座娗g和我W土壤微生物[xv|展概況[J];科學通報;1954年09期

3 ;666粉劑對土壤微生物有什么影響[J];昆蟲知識;1958年05期

4 ;灌溉對土壤微生物有什么影響[J];水文月刊;1960年05期

5 閔三弟,章家騏,盧善玲,蔣筱仙;鎘對土壤微生物影響的研究[J];農(nóng)業(yè)環(huán)境科學學報;1983年02期

6 莊鐵誠,林鵬;紅樹林凋落葉自然分解過程中土壤微生物生理類群的變化[J];廈門大學學報(自然科學版);1993年06期

7 張德明,陳章和,林麗明,黃群聲;白云山土壤微生物的季節(jié)變化及其對環(huán)境污染的反應[J];生態(tài)科學;1998年01期

8 田育軍,林杉,趙篤樂,吳文良,胡恒覺;長期不同施肥土壤微生物態(tài)氮作為土壤供氮指標的研究[J];甘肅農(nóng)業(yè)大學學報;2000年01期

9 于建壘,宋國春,萬魯長,曹德強,于迎春;苯黃隆對土壤微生物的影響研究[J];微生物學雜志;2000年03期

10 陳灝,唐小樹,林潔,張伯生,任大明;不經(jīng)培養(yǎng)的農(nóng)田土壤微生物種群構成及系統(tǒng)分類的初步研究[J];微生物學報;2002年04期

相關會議論文 前10條

1 劉蕓;許發(fā)倫;廖家莉;劉寧;楊遠友;李磊;;土壤微生物的篩分及對鈾的吸附行為研究[A];第九屆全國核化學與放射化學學術研討會論文摘要集[C];2010年

2 王仁卿;張明才;;土壤微生物多樣性研究現(xiàn)狀評述[A];面向21世紀的中國生物多樣性保護——第三屆全國生物多樣性保護與持續(xù)利用研討會論文集[C];1998年

3 嚴君;韓曉增;王守宇;;黑土不同植被覆蓋與施肥下土壤微生物的變化特征[A];第四次全國土壤生物和生物化學學術研討會論文集[C];2007年

4 林先貴;;土壤微生物分子生態(tài)學與經(jīng)典生物學的和諧發(fā)展[A];中國土壤學會第十一屆全國會員代表大會暨第七屆海峽兩岸土壤肥料學術交流研討會論文集（下）[C];2008年

5 佘文文;姚俊;;等溫微量熱法研究原油污染對土壤微生物的影響[A];第三屆泛環(huán)渤海（七省二市）生物化學與分子生物學會——2012年學術交流會論文集[C];2012年

6 王金花;朱魯生;王軍;謝慧;;4種典型抗生素對土壤微生物呼吸的影響[A];十一五農(nóng)業(yè)環(huán)境研究回顧與展望——第四屆全國農(nóng)業(yè)環(huán)境科學學術研討會論文集[C];2011年

7 崣震av;;臺pc土壤微生物研究之怤去，

本文編號：1662773