本文關(guān)鍵詞：全基因組預(yù)測(cè)枯草芽孢桿菌XF-1的分泌蛋白　出處：《福建農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)》2016年04期 　論文類型：期刊論文

  更多相關(guān)文章： 枯草芽孢桿菌 分泌蛋白 信號(hào)肽 預(yù)測(cè)程序

【摘要】：枯草芽孢桿菌XF-1對(duì)諸多植物病原菌具有抑制作用,是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)上重要的生防菌之一。利用SignalP、ProtComp、TMHMM、Phobius、LipoP、TatP等預(yù)測(cè)程序?qū)莶菅挎邨U菌中3 853條蛋白質(zhì)序列進(jìn)行分泌蛋白的預(yù)測(cè)研究,并對(duì)所獲得的分泌蛋白開展氨基酸分布、信號(hào)肽長(zhǎng)度、切割位點(diǎn)等性質(zhì)進(jìn)行分析。結(jié)果表明,該菌含有分泌蛋白為104個(gè),其氨基酸長(zhǎng)度、信號(hào)肽長(zhǎng)度與植物病原菌不同;信號(hào)肽切割位點(diǎn)屬于A-X-A類型,與其他已經(jīng)報(bào)道的植物病原真菌、細(xì)菌以及卵菌中分泌蛋白信號(hào)肽切割位點(diǎn)一致。通過上述生物信息學(xué)分析方法有效地實(shí)現(xiàn)了枯草芽孢桿菌分泌蛋白的預(yù)測(cè),分泌蛋白的信號(hào)肽切割位點(diǎn)具有物種保守型特點(diǎn)。
[Abstract]:Bacillus subtilis XF-1 (Bacillus subtilis) has inhibitory effect on many plant pathogens and is one of the most important biocontrol bacteria in agricultural production. Three hundred and fifty-three protein sequences of Bacillus subtilis were predicted by Phobius-LipoP TatP program. The amino acid distribution, signal peptide length and cleavage site of the secreted protein were analyzed. The results showed that the secreted protein was 104, and the amino acid length of the secreted protein was 104. The length of signal peptide was different from that of plant pathogen. The signal peptide cleavage site belongs to A-X-A type and is associated with other plant pathogenic fungi that have been reported. The cleavage sites of secretory protein signal peptides in bacteria and oocytes were the same. The prediction of secretory proteins of Bacillus subtilis was effectively realized by the bioinformatics analysis method mentioned above. The signal peptide cleavage sites of secretory proteins are species conserved.
【作者單位】： 西南林業(yè)大學(xué)林學(xué)院/云南省森林災(zāi)害預(yù)警與控制重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31560211) 云南省森林災(zāi)害預(yù)警與控制重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室開放基金項(xiàng)目(ZK150004) 云南省優(yōu)勢(shì)特色重點(diǎn)學(xué)科生物學(xué)一級(jí)學(xué)科建設(shè)項(xiàng)目(50097505) 云南省高校林下生物資源保護(hù)及利用科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)建設(shè)項(xiàng)目(2014015)
【分類號(hào)】：S476.1
【正文快照】： 枯草芽孢桿菌Bacillus subtilis XF-1是云南農(nóng)業(yè)大學(xué)于2006年從土壤中篩選獲得的,其對(duì)十字花科根腫病具有較強(qiáng)的抑制作用[1],同時(shí),也對(duì)馬鈴薯晚疫病菌、玉米小斑病菌、稻瘟病菌等21種植物病原菌具有較好的抑制作用[2]。目前,前人已對(duì)該菌在大白菜根際的定殖能力[3-4]、功能蛋

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2 鄭U，

本文編號(hào)：1416155