一種外存后綴數(shù)組構(gòu)造算法的工程實(shí)現(xiàn)及性能評估
發(fā)布時間:2017-06-02 14:22
本文關(guān)鍵詞:一種外存后綴數(shù)組構(gòu)造算法的工程實(shí)現(xiàn)及性能評估,由筆耕文化傳播整理發(fā)布。
【摘要】:后綴數(shù)組最初是作為后綴樹的一種替代被提出的,與后綴樹相比,存儲后綴數(shù)組所需的空間更少,應(yīng)用范圍更廣。在后綴數(shù)組被提出后,后綴數(shù)組作為一種重要的索引數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu),被廣泛的應(yīng)用于生物信息學(xué)、全文索引、字符串匹配、頻繁字符串挖掘以及順序分析和聚類分析等領(lǐng)域。到目前為止,國內(nèi)外關(guān)于后綴數(shù)組構(gòu)造算法的研究已經(jīng)取得了豐碩的成果。但隨著信息技術(shù)的發(fā)展,在許多領(lǐng)域,需要處理的數(shù)據(jù)集日益增長。當(dāng)利用原有后綴數(shù)組內(nèi)存構(gòu)造算法為一個非常大的數(shù)據(jù)集構(gòu)建后綴數(shù)組時,所需的內(nèi)存空間遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出了一般商用電腦的內(nèi)存限制。這時,后綴數(shù)組內(nèi)存構(gòu)造算法不再適用,極大的限制了后綴數(shù)組的應(yīng)用范圍。 在本文中,我們探討了一種基于SA-IS算法的后綴數(shù)組外存構(gòu)造算法,對算法的主要思想進(jìn)行了深入分析,從理論上驗(yàn)證了算法的正確性和可行性。在深入理解算法的基礎(chǔ)上,我們采用面向過程的程序設(shè)計(jì)方法對算法加以實(shí)現(xiàn)。在具體實(shí)現(xiàn)過程中,我們對原算法中的PCI和name兩種中間輔助數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)進(jìn)行精簡,通過采用分塊的策略將原算法中所需的外存排序過程轉(zhuǎn)化為多次的內(nèi)存基數(shù)排序過程,保證了算法的執(zhí)行效率和I/O性能。同時,通過實(shí)驗(yàn)對比分析,對算法的性能進(jìn)行評估,最終的實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,,該算法是線性的并且具有與EM-SA-DS算法相近的性能。
【關(guān)鍵詞】:后綴數(shù)組 外存 構(gòu)造 SA-IS
【學(xué)位授予單位】:中山大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2014
【分類號】:TP333
【目錄】:
- 摘要3-4
- Abstract4-7
- 第一章 緒論7-12
- 1.1 研究背景與意義7-8
- 1.2 后綴數(shù)組構(gòu)造算法的研究現(xiàn)狀8-10
- 1.3 研究目標(biāo)與主要工作10-11
- 1.4 論文結(jié)構(gòu)11-12
- 第二章 幾種主流后綴數(shù)組構(gòu)造算法介紹12-24
- 2.1 相關(guān)名詞及符號介紹12-13
- 2.2 SA-IS 算法13-17
- 2.3 EM-SA-DS 算法17-24
- 第三章 一種基于 SA-IS 的后綴數(shù)組外存構(gòu)造算法24-36
- 3.1 相關(guān)符號、概念及定理24-25
- 3.2 算法原理分析25-29
- 3.3 實(shí)例驗(yàn)證29-34
- 3.4 復(fù)雜度分析34-36
- 第四章 算法工程實(shí)現(xiàn)36-59
- 4.1 算法實(shí)現(xiàn)總體框架36-37
- 4.2 數(shù)據(jù)設(shè)計(jì)37-40
- 4.3 流程設(shè)計(jì)40-45
- 4.4 主要函數(shù)具體實(shí)現(xiàn)45-59
- 第五章 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)與分析59-66
- 5.1 實(shí)驗(yàn)方案設(shè)計(jì)59-60
- 5.2 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)收集與分析60-66
- 第六章 總結(jié)與展望66-68
- 6.1 論文總結(jié)66-67
- 6.2 前景與展望67-68
- 參考文獻(xiàn)68-70
- 致謝70
【參考文獻(xiàn)】
中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條
1 王紅;內(nèi)存抖動問題分析及解決對策[J];濰坊高等?茖W(xué)校學(xué)報(bào);2000年01期
本文關(guān)鍵詞:一種外存后綴數(shù)組構(gòu)造算法的工程實(shí)現(xiàn)及性能評估,由筆耕文化傳播整理發(fā)布。
本文編號:415594
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