【摘要】： 隨著越來越多的生物基因(組)的測序完成,生物數(shù)據(jù)不但在數(shù)量上呈指數(shù)增長,存儲及維護生物數(shù)據(jù)的組織和數(shù)據(jù)庫也越來越多。對生物數(shù)據(jù)的分析與研究是我們的首要目的,但正因為生物數(shù)據(jù)的種類及存儲方式眾多,導致我們在檢索、研究等方面遇到了眾多困難。如何將海量的數(shù)據(jù)按照統(tǒng)一、有效的方式進行存儲,已成為當前急需解決的問題。同時,隨著后基因時代的來臨,打破傳統(tǒng)的生物信息存儲模式已成為必然。尋找到更好的存儲方式,將為我們更高效地獲得有價值的生物信息提供極大的方便。 生物數(shù)據(jù)存儲的主要問題包括語義異構,語法異構,和模式異構等。為了較好的解決以上問題,在研究中結合了XML在生物信息學中現(xiàn)階段的應用情況,將其作為數(shù)據(jù)的存儲格式及實現(xiàn)存儲模式的媒介。同時,針對本文提出的存儲模式所具有的特點,將XML面向?qū)ο蟮奶匦约{入了研究范圍,使生物信息存儲從信息抽象到數(shù)據(jù)生成均使用統(tǒng)一的信息組織形式。 本文根據(jù)生物數(shù)據(jù)自身的特點,從不同角度對其包含的信息進行了分析、抽象以及歸類,形成了生物信息存儲的基本結構。以此結構為基礎,根據(jù)不同類型的生物數(shù)據(jù)存儲需求,設計了四種生物信息存儲模式。 存儲模式以軟件設計模式的思想為基礎,以面向?qū)ο笞鳛閷崿F(xiàn)手段,將XML作為數(shù)據(jù)載體,實現(xiàn)生物數(shù)據(jù)存儲的模塊化、統(tǒng)一化。同時,這些存儲模式不但符合生物信息存儲與研究的特點,其自身的可復用性也為今后生物信息存儲方面的研究奠定了基礎。
【學位授予單位】：華中師范大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2010
【分類號】：TP333

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本文編號：2748163