本文選題：并行計算 + 分子動力學(xué)　； 參考：《計算機應(yīng)用與軟件》2014年10期

【摘要】：在分子動力學(xué)并行計算的過程中,正確地處理好并行規(guī)模與PME(Particle-Mesh Ewald)方法的任務(wù)分配,對于提高分子動力學(xué)的并行效率具有非常重要的影響。以常用的分子動力學(xué)軟件Gromacs[1-3]為例,利用上海超級計算中心"魔方"超級計算平臺,就不同并行規(guī)模與不同PME任務(wù)分配方式下的計算性能進行測試。發(fā)現(xiàn)并行能在一定的范圍內(nèi)顯著的提高Gromacs的計算效率,但是當(dāng)并行規(guī)模超過一定值后,計算效率反而下降。另一方面,當(dāng)并行規(guī)模較小時,不設(shè)置PME專屬節(jié)點的計算效率較高;但當(dāng)并行規(guī)模較大時,合理的設(shè)置PME專屬節(jié)點,能顯著地提高計算的效率。這一結(jié)果能對從事分子動力學(xué)模擬的研究人員合理分配并行資源提供幫助。
[Abstract]:In the process of the parallel computation of molecular dynamics, the correct handling of the task allocation of parallel scale and PME (Particle-Mesh Ewald) method has a very important influence on improving the parallel efficiency of molecular dynamics. The common molecular dynamics software Gromacs[1-3] is used as an example to make use of the "magic square" supercomputing of the Shanghai Supercomputing Center. Test performance is tested on different parallel scale and different PME task allocation methods. It is found that parallel can significantly improve the computing efficiency of Gromacs in a certain range, but when the parallel scale exceeds a certain value, the computational efficiency decreases. On the other hand, when the parallel scale is small, the computing efficiency of the PME exclusive node is not set. The rate is high, but when the parallel size is large, the reasonable setting of the PME exclusive node can significantly improve the efficiency of the calculation. This result can help the researchers in the molecular dynamics simulation to allocate the parallel resources reasonably.

【作者單位】： 上海超級計算中心;復(fù)旦大學(xué)物理系理論生命研究中心;
【基金】：國家高技術(shù)研究發(fā)展計劃項目(2012AA01A308) 上海市科委項目(1201H116400)
【分類號】：TP338.6

【參考文獻】

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本文編號：1831386