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Chombo中的AMRPossion應(yīng)用的DAG并行化

發(fā)布時(shí)間:2018-03-15 03:01

  本文選題:結(jié)構(gòu)化網(wǎng)格 切入點(diǎn):任務(wù)圖并行 出處:《山東科技大學(xué)》2017年碩士論文 論文類型:學(xué)位論文


【摘要】:在過去的十年中,計(jì)算機(jī)系統(tǒng)不再依靠提高CPU頻率來提高系統(tǒng)性能,集成了多個(gè)簡單內(nèi)核的多核和眾核CPU已成為近十年來的主流技術(shù)。如何充分利用多核、眾核系統(tǒng)資源獲得好的性能是高性能計(jì)算應(yīng)用的關(guān)鍵。結(jié)構(gòu)化網(wǎng)格應(yīng)用是高性能計(jì)算領(lǐng)域的一個(gè)典型應(yīng)用,隨著多核和眾核平臺(tái)的廣泛應(yīng)用,如何將已有的代碼轉(zhuǎn)換到這些新的并行平臺(tái)上是一個(gè)巨大的挑戰(zhàn)。在基于多核、眾核平臺(tái)的結(jié)構(gòu)化網(wǎng)格應(yīng)用中,由于數(shù)據(jù)劃分而帶來的相鄰節(jié)點(diǎn)間的通信會(huì)給整個(gè)并行計(jì)算系統(tǒng)的性能帶來顯著影響,分析通信過程并實(shí)現(xiàn)通信與計(jì)算的重疊可以提高系統(tǒng)的性能。本文在多核平臺(tái)上,以Chombo中的AMRPossion算例為目標(biāo),研究任務(wù)圖并行方法。首先,分析了結(jié)構(gòu)化網(wǎng)格應(yīng)用中相鄰數(shù)據(jù)塊通信的特點(diǎn)。然后,對(duì)迭代計(jì)算中相鄰數(shù)據(jù)塊之間的依賴關(guān)系進(jìn)行分析,區(qū)分本地?cái)?shù)據(jù)和遠(yuǎn)程數(shù)據(jù),本地?cái)?shù)據(jù)通過共享存儲(chǔ)器實(shí)現(xiàn)通訊,而遠(yuǎn)程數(shù)據(jù)必須通過節(jié)點(diǎn)間的網(wǎng)絡(luò)實(shí)現(xiàn)通訊,是系統(tǒng)性能瓶頸。因此,利用計(jì)算與通訊的重疊來掩蓋遠(yuǎn)程數(shù)據(jù)通信造成的開銷,從而提高系統(tǒng)性能。最后,完成了AMRPoisso算例的多進(jìn)程的任務(wù)圖并行化,并在自建的多核平臺(tái)上進(jìn)行了測(cè)試,測(cè)試數(shù)據(jù)表明:與MPI + OpenMP并行模型相比,基于并行任務(wù)圖DAG+MPI的混合并行程序可以有效地提高性能。
[Abstract]:In the past decade, computer systems have not relied on increasing the frequency of CPU to improve the performance of the system. The multi-core and multi-core CPU integrated with many simple cores has become the mainstream technology in the past decade. The key to the application of high performance computing is to obtain good performance of multi-core system resources. Structured grid application is a typical application in the field of high performance computing, with the wide application of multi-core and multi-core platform. How to convert existing code to these new parallel platforms is a huge challenge. The communication between adjacent nodes due to data partitioning will have a significant impact on the performance of the whole parallel computing system. The performance of the system can be improved by analyzing the communication process and realizing the overlap of communication and computation. Taking the AMRPossion example in Chombo as the target, the parallel method of task diagram is studied. Firstly, the characteristics of adjacent data block communication in structured grid application are analyzed. Then, the dependency relationship between adjacent data blocks in iterative computation is analyzed. Distinguishing between local data and remote data, local data communicates through shared memory, and remote data must communicate through networks between nodes, which is the bottleneck of system performance. The overlap of computation and communication is used to cover up the overhead caused by remote data communication, so as to improve the performance of the system. Finally, the multi-process task diagram of AMRPoisso example is parallelized and tested on the self-built multi-core platform. The test data show that the hybrid parallel program based on parallel task graph DAG MPI can effectively improve the performance compared with the MPI OpenMP parallel model.
【學(xué)位授予單位】:山東科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2017
【分類號(hào)】:TP38

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本文編號(hào):1614103

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