發(fā)布時(shí)間：2018-02-21 10:44

  本文關(guān)鍵詞： 序列比對(duì) 并行處理 異構(gòu) GPU FPGA Cell BE MIC　出處：《計(jì)算機(jī)科學(xué)》2015年S2期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：序列比對(duì)工作屬于生物信息學(xué)的基礎(chǔ)性研究領(lǐng)域。由于它具有應(yīng)用廣泛、計(jì)算復(fù)雜以及海量數(shù)據(jù)等特點(diǎn),加之現(xiàn)在高性能計(jì)算的興起,使得近年來(lái)序列比對(duì)并行處理技術(shù)快速發(fā)展。首先介紹了序列比對(duì)領(lǐng)域高性能計(jì)算的新進(jìn)展,接著從體系結(jié)構(gòu)特征入手對(duì)其研究進(jìn)行分類,并對(duì)每類方法的實(shí)現(xiàn)細(xì)節(jié)和性能進(jìn)行分析比較,從中不難看出訪存控制、同步、數(shù)據(jù)交互以及算法可擴(kuò)展性等問(wèn)題均為目前基于異構(gòu)系統(tǒng)的序列比對(duì)并行處理研究的關(guān)鍵點(diǎn)。最后,對(duì)該領(lǐng)域的未來(lái)研究方向進(jìn)行了展望。
[Abstract]:Sequence alignment belongs to the basic research field of bioinformatics. Because of its wide application, complex computation and massive data, and the rise of high performance computing, In recent years, the parallel processing technology of sequence alignment has developed rapidly. Firstly, the new progress of high performance computing in sequence alignment field is introduced. The implementation details and performance of each method are analyzed and compared. It is not difficult to see the memory access control, synchronization, The problems of data interaction and algorithm extensibility are the key points in the research of parallel processing of sequence alignment based on heterogeneous systems. Finally, the future research direction of this field is prospected.
【作者單位】： 肇慶學(xué)院計(jì)算機(jī)學(xué)院;湖南大學(xué)信息科學(xué)與工程學(xué)院;國(guó)家超級(jí)計(jì)算長(zhǎng)沙中心;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目(61133005,61432005),國(guó)家自然科學(xué)基金青年基金(61402400) 廣東省自然科學(xué)基金(2014A030310288)資助
【分類號(hào)】：TP338.6

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10 尚婧;下一代測(cè)序短序列比對(duì)軟件算法比較及評(píng)價(jià)[D];蘇州大學(xué);2013年

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本文編號(hào)：1521764