本文關鍵詞：馬爾科夫鏈蒙特卡洛算法并行化及其應用

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【摘要】：為使高性能計算助力群體遺傳學和系統(tǒng)地理學研究,提出一種基于MPI(message passing interface)的群體遺傳學分析軟件,利用集群中多個CPU核心的計算能力加速群體遺傳學分析。進行正確性驗證,對并行加速比和并行效率進行評估,在保證計算結果正確性前提下,利用256個CPU核心時可以得到最好的并行加速比(185.16),在利用128個CPU核心時可以得到最好的并行效率(93.68%)。實驗結果表明,利用高性能計算能夠進行快速有效的群體遺傳學分析。
【作者單位】： 山西省氣象信息中心;北京計算機技術及應用研究所;國網(wǎng)河北省電力公司;中國科學院計算機網(wǎng)絡信息中心超級計算中心;
【關鍵詞】： 群體遺傳學 系統(tǒng)地理學 IM模型 高性能計算 消息傳遞接口
【基金】：國家自然科學基金項目(61303050) 國家863高技術研究發(fā)展計劃基金項目(2015AA01A303) 中國科學院青年創(chuàng)新促進會基金項目(2015375);中國科學院信息化專項基金項目(XXH2503-02)
【分類號】：TP338.6
【正文快照】： 信息中心超級計算中心,北京100190)0引言IM(isolation with migration)模型是進行群體遺傳學研究的一種重要模型。在之前的工作中,首先筆者針對MCMC(Markov chain Monte Carlo)算法所用數(shù)據(jù)集進行了并行化計算[1];之后針對MC3(Metropolis-coupledMarkov chain Monte Carlo)算，

本文編號：1024058