本文關(guān)鍵詞：馬爾科夫鏈蒙特卡洛算法并行化及其應(yīng)用

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【摘要】：為使高性能計(jì)算助力群體遺傳學(xué)和系統(tǒng)地理學(xué)研究,提出一種基于MPI(message passing interface)的群體遺傳學(xué)分析軟件,利用集群中多個(gè)CPU核心的計(jì)算能力加速群體遺傳學(xué)分析。進(jìn)行正確性驗(yàn)證,對(duì)并行加速比和并行效率進(jìn)行評(píng)估,在保證計(jì)算結(jié)果正確性前提下,利用256個(gè)CPU核心時(shí)可以得到最好的并行加速比(185.16),在利用128個(gè)CPU核心時(shí)可以得到最好的并行效率(93.68%)。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,利用高性能計(jì)算能夠進(jìn)行快速有效的群體遺傳學(xué)分析。
【作者單位】： 山西省氣象信息中心;北京計(jì)算機(jī)技術(shù)及應(yīng)用研究所;國(guó)網(wǎng)河北省電力公司;中國(guó)科學(xué)院計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)信息中心超級(jí)計(jì)算中心;
【關(guān)鍵詞】： 群體遺傳學(xué) 系統(tǒng)地理學(xué) IM模型 高性能計(jì)算 消息傳遞接口
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(61303050) 國(guó)家863高技術(shù)研究發(fā)展計(jì)劃基金項(xiàng)目(2015AA01A303) 中國(guó)科學(xué)院青年創(chuàng)新促進(jìn)會(huì)基金項(xiàng)目(2015375);中國(guó)科學(xué)院信息化專項(xiàng)基金項(xiàng)目(XXH2503-02)
【分類號(hào)】：TP338.6
【正文快照】： 信息中心超級(jí)計(jì)算中心,北京100190)0引言IM(isolation with migration)模型是進(jìn)行群體遺傳學(xué)研究的一種重要模型。在之前的工作中,首先筆者針對(duì)MCMC(Markov chain Monte Carlo)算法所用數(shù)據(jù)集進(jìn)行了并行化計(jì)算[1];之后針對(duì)MC3(Metropolis-coupledMarkov chain Monte Carlo)算，

本文編號(hào)：1024058