在陸架海區(qū)沉積物中, DNA高通量測序技術(shù)可檢獲大量浮游寡毛類和舞毛類等非底棲纖毛蟲,這些源于水體的環(huán)境DNA(eDNA)如何影響對沉積物中纖毛蟲分子多樣性的評估,以及影響程度如何尚不明確。本研究選取了黃海冷水團(tuán)中的兩個(gè)站位,通過提取水體和沉積物中DNA和RNA,并采用直接提取法和洗脫法提取沉積物DNA,結(jié)合DNA和cDNA測序技術(shù),探討了水體和沉積物中纖毛蟲分子多樣性的關(guān)系。研究表明,基于洗脫DNA法、直接提取DNA法和cDNA法獲得的沉積物中纖毛蟲OTUs數(shù)分別為451、312和324個(gè),其中211個(gè)OTUs同時(shí)由三種方法檢獲;而164個(gè)OTUs僅通過洗脫DNA法檢獲,其中89%為相對豐度低于0.1%的稀有類群。直接提取DNA法所獲的寡毛類和舞毛類序列數(shù)占比達(dá)46%,而在洗脫DNA法和cDNA法中占比僅為12%和10%。沉積物中檢獲的43%—71%的舞毛類和寡毛類OTUs與淺層水(<40m)共有,僅19%—29%與深層水(>40m)共有,且這些共有的OTUs可同時(shí)在淺層水中檢獲。本研究發(fā)現(xiàn),對沉積物中纖毛蟲分子多樣性評價(jià)造成影響的浮游類群主要來自淺層水,洗脫DNA與cD...

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圖1 每個(gè)水層環(huán)境因子聚類分析(紅色顯示差異不顯著:P>0.05)

42個(gè)測序樣本共獲取1160205條纖毛蟲的序列,每個(gè)樣本平均序列數(shù)為27624。其中,DY2.30序列數(shù)最低,為6683條;SRY2＿1序列數(shù)最高,為77604條。稀釋性曲線顯示:除SRY1＿3樣本外,其他所有樣本測序深度趨于飽和;較之海水樣本,沉積物樣本飽和性較低(圖2)。為....

圖2 水體和沉積物中纖毛蟲DNA和cDNA測序樣本稀釋性曲線

圖1每個(gè)水層環(huán)境因子聚類分析(紅色顯示差異不顯著:P>0.05)2.3基于DNA和cDNA測序的水體中纖毛蟲多樣性和群落結(jié)構(gòu)

圖3 共有和特有OTUs數(shù)(括號內(nèi)數(shù)字顯示舞毛亞綱和寡毛亞綱纖毛蟲OTUs數(shù))

DNA和cDNA測序所檢獲的纖毛蟲均隸屬于7個(gè)綱(圖5a)。兩種方法均顯示旋唇綱相對豐度和OTUs數(shù)最高,且主要由舞毛亞綱和寡毛亞綱構(gòu)成。比較分析40m以淺和40m以深樣本,DNA和cDNA測序所揭示的不同綱/亞綱相對豐度和豐富度的變化規(guī)律一致:從40m以淺到40m以深,舞毛亞綱....

圖4 42個(gè)測序樣本聚類分析和SIMPROF分析(紅色虛線顯示差異不顯著,P>0.05)

圖3共有和特有OTUs數(shù)(括號內(nèi)數(shù)字顯示舞毛亞綱和寡毛亞綱纖毛蟲OTUs數(shù))2.4基于直接提取DNA、洗脫DNA和cDNA測序的沉積物中纖毛蟲多樣性和群落結(jié)構(gòu)

本文編號：4020426