本文關(guān)鍵詞：苯系物暴露引起的仿刺參管足轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因分析　出處：《大連海洋大學(xué)》2016年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

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【摘要】：仿刺參(Apostichopus japonicus)又名刺參,主要分布于我國北方、日本、朝鮮半島及俄羅斯的遠(yuǎn)東地區(qū),是我國沿海重要的增養(yǎng)殖品種。近年來,沿海石油化工業(yè)的發(fā)展及海洋溢油事故造成近岸海域環(huán)境石油類污染。海洋環(huán)境中苯系物污染主要來源于海洋溢油事故以及沿海石油化工企業(yè)的廢水排放。到目前為止,從分子水平上研究苯系物聯(lián)合暴露對仿刺參的影響還未見報道。本文采用Illumina HiSeqTM 2000高通量測序技術(shù)分別對1.0 mg·L-1(B)苯系物聯(lián)合暴露12h后的仿刺參管足組織及對照組(C)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,獲得了大量的差異表達(dá)基因信息。探討了仿刺參基因表達(dá)變化在BTEXs聯(lián)合暴露響應(yīng)過程中發(fā)揮的作用。(1)轉(zhuǎn)錄組基礎(chǔ)數(shù)據(jù)分析:對BTEXs聯(lián)合暴露后仿刺參管足組織與正常對照兩個轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)合并后經(jīng)Trinity軟件進(jìn)行de novo組裝,獲得了145675條unigenes,平均長度為657.21 bp。對所有unigenes進(jìn)行BLAST搜索(E10-5)發(fā)現(xiàn)共有35330個unigenes(24.25%)與蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的已知序列同源,其中注釋到COG、Blast2GO、KEGG基因的個數(shù)分別為8409、10532、7305。大量基因的獲得充分顯示出轉(zhuǎn)錄組測序手段在基因序列數(shù)據(jù)挖掘上的巨大潛力。(2)轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因分析:對比分析BTEXs聯(lián)合暴露組和對照組的轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)結(jié)果,獲得了2418個差異表達(dá)基因(DEGs)(|Log2 Fold changes|≥1且FDR≤0.001),其中,上調(diào)表達(dá)和下調(diào)表達(dá)基因分別為1049和1369個。GOseq分析結(jié)果顯示,158個DEGs顯著富集在149個GO terms中,包括103個生物學(xué)過程、17個細(xì)胞組分和29個分子功能(p0.05);KEGG代謝通路分析結(jié)果顯示994個差異基因映射到268條代謝通路,這些差異表達(dá)基因參與的生理過程與其他生物的同源基因參與的信號傳導(dǎo)、癌癥、外源性化合物的生物降解代謝等過程相類似。上述結(jié)果為在轉(zhuǎn)錄組水平篩選BTEXs的生物標(biāo)志物,解析BTEXs對仿刺參毒性作用的分子機(jī)制提供了科學(xué)參考。(3)差異表達(dá)基因驗證:采用real-time PCR技術(shù)對轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果獲得的P450 A46、GST-σ、AchE、CAT等4個差異表達(dá)基因進(jìn)行了驗證,其結(jié)果和轉(zhuǎn)錄組測定結(jié)果表達(dá)趨勢一致,進(jìn)一步驗證了本研究中轉(zhuǎn)錄組測序和分析的準(zhǔn)確性。研究結(jié)果對BTEXs聯(lián)合暴露仿刺參相關(guān)特異表達(dá)基因的鑒定和功能研究提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
【學(xué)位授予單位】：大連海洋大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：X55;S917.4

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本文編號：1321470