本文關(guān)鍵詞： 大腸埃希菌O∶H 成簇的規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列(CRISPR) 聚合酶鏈反應(yīng) 檢測　出處：《西安交通大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版)》2016年05期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：目的基于成簇的規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列(CRISPR),建立對大腸埃希菌O157∶H7的新型檢測方法。方法應(yīng)用PCR擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)室保存的443株腸道細(xì)菌(310株非O157∶H7大腸埃希菌、35株大腸埃希菌O157∶H7、89株志賀菌和9株沙門菌)的CRISPR1和CRISPR2,并將PCR產(chǎn)物測序;提取CRISPR database數(shù)據(jù)庫中(標(biāo)準(zhǔn)法)100株腸道細(xì)菌(47株非O157∶H7大腸埃希菌、5株大腸埃希菌O157∶H7、9株志賀菌和39株沙門菌)的CRISPR1和CRISPR2序列。使用CRISPR Finder在線軟件分析PCR產(chǎn)物測序序列和CRISPR database數(shù)據(jù)庫的CRISPR序列。Clustal X軟件進(jìn)行間隔序列比對。比較標(biāo)準(zhǔn)法和PCR擴(kuò)增CRISPR兩種方法檢測大腸埃希菌O157∶H7的一致性。結(jié)果共分析543株腸道細(xì)菌,其中75.6%的非O157∶H7大腸埃希菌、75.5%志賀菌、91.7%沙門菌和95%O157∶H7大腸埃希菌含有CRISPR1,其間隔序列數(shù)目為3~26、2~9、2~32、3。57.1%的非O157∶H7大腸埃希菌、77.6%志賀菌、85.4%沙門菌和100%O157∶H7大腸埃希菌含有CRISPR2,其間隔序列數(shù)目為1~20、1~6、2~27、1或4個(gè)。95%的O157∶H7大腸埃希菌的CRISPR1和90%CRISPR2分別含有3條獨(dú)特間隔序列(S1-1,S1-2,S1-3)和1條獨(dú)特間隔序列(S2-1)。間隔序列比對結(jié)果顯示,S1-1+S1-2+S1-3和S2-1檢測O157∶H7大腸埃希菌的特異性分別是100%和99.6%。標(biāo)準(zhǔn)法檢測和PCR擴(kuò)增CRISPR1和CRISPR2檢測大腸埃希菌O157∶H7的一致性分別達(dá)99.6%和99.3%。基于CRISPR檢測大腸埃希菌O157∶H7在模擬樣品中的應(yīng)用,結(jié)果顯示在原樣品大腸埃希菌O157∶H7濃度約2.3CFU/mL時(shí),經(jīng)12h增菌后即能檢測出來。大腸埃希菌O157∶H7聚類分析顯示,40株O157∶H7大腸埃希菌可分為3類。結(jié)論基于CRISPR的大腸埃希菌O157∶H7的檢測方法,可以作為監(jiān)測大腸埃希菌O157∶H7感染和高毒株大腸埃希菌O157∶H7有價(jià)值的流行病學(xué)工具。
[Abstract]:Objective to study the regular interval short palindromes repeat sequence (CRISPRR) based on clustering. A new method for the detection of Escherichia coli O157: H7 was established. Methods 443 strains of enteric bacteria, 310 strains of non-O157: H7, were amplified by PCR. The CRISPR1 and CRISPR2 of 35 strains of Escherichia coli O157: H7F89 strains and 9 strains of Salmonella) were sequenced. CRISPR database database was used to extract 47 strains of non-O157: H7 Escherichia coli and 5 strains of Escherichia coli O157: H7 from CRISPR database database. 9 strains of Shigella and 39 strains of Salmonella). Analysis of PCR product sequence and CRISPR using CRISPR Finder online software. CRISPR sequence of database Database. Clustal. X software was used for interval sequence alignment. Two methods, standard method and PCR amplification CRISPR, were used to detect the consistency of Escherichia coli O157: H7. Results A total of 543 strains of enterobacteria were analyzed. Among them, 75.6% of non-O157: H7 Escherichia coli 75.5% Shigella spp. 91.7% Salmonella and 95 O157 7: H7 Escherichia coli contained CRISPR1. The number of the spacers was 30.26%, 32.57.1% and 77.6% of non-O157: H7 Escherichia coli. 85.4% Salmonella and 100 O157: H7 Escherichia coli contained CRISPR2, and the number of the spacers was 1 / 20 / 1 / 6 / 2 / 27. 1 or 4. 95% of O157: H7 Escherichia coli CRISPR1 and 90 CRISPR2 contained three unique spacer sequences, S1-1 and S1-2, respectively. S1-3) and a unique spacer sequence S2-1. S1-1 S1-2 S1-3 and S2-1 detect O157:. The specificity of H7 Escherichia coli was 100% and 99.6.The standard method, PCR amplified CRISPR1 and CRISPR2 were used to detect Escherichia coli O157. The consistency of H7 was 99.6% and 99.3 respectively. The application of CRISPR to the detection of Escherichia coli O157: H7 in simulated samples. The results showed that when the concentration of Escherichia coli O157: H7 was about 2.3 CFU / mL, the bacteria could be detected after 12 hours of inoculation. The cluster analysis of Escherichia coli O157: H7 showed that Escherichia coli O157: H7 was detected by cluster analysis. 40 strains of Escherichia coli O157: H7 can be classified into 3 groups. Conclusion the detection method of Escherichia coli O157: H7 based on CRISPR was studied. It can be used as a valuable epidemiological tool for monitoring Escherichia coli O157: H7 infection and high virulent Escherichia coli O157: H7 infection.
【作者單位】： 鄭州大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)系;新鄉(xiāng)醫(yī)學(xué)院分子診斷與醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)技術(shù)河南省協(xié)同創(chuàng)新中心;河南科技大學(xué)預(yù)防醫(yī)學(xué)教研室;
【基金】：國家科技重大專項(xiàng)(No.2013ZX100046070) 新鄉(xiāng)醫(yī)學(xué)院分子診斷與醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)技術(shù)河南省協(xié)同創(chuàng)新中心(No.XTCX-2015-PY4)~~
【分類號】：R440
【正文快照】： 大腸埃希菌O157∶H7是大腸埃希菌中一個(gè)重要的致病血清型。O157∶H7菌株感染不僅可引起出血性結(jié)腸炎、闌尾炎、食管狹窄和結(jié)腸穿孔等嚴(yán)重胃腸道并發(fā)癥[1],而且在兒童和老年人群中還可引起溶血性尿路綜合征(hemolytic uremic syndrome,HUS)和血栓性血小板紫癜(thrombotic throm

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本文編號：1446653