本文關(guān)鍵詞：臨床分離的Janibacter全基因組從頭測(cè)序及比較基因組學(xué)研究　出處：《南昌大學(xué)》2015年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

  更多相關(guān)文章： Janibacter 全基因組測(cè)序 臨床微生物診斷

【摘要】：本論文在臨床微生物診斷中,發(fā)現(xiàn)并分離了一株少見細(xì)菌—Janibacter。我們首先通過擴(kuò)增該分離株的16s rDNA并進(jìn)行測(cè)序、序列比對(duì),確定該分離株屬于Janibacter菌屬,因此,命名為Janibacter YFY001株。與此同時(shí),我們驗(yàn)證了該細(xì)菌的藥敏實(shí)驗(yàn),發(fā)現(xiàn)JanibacterYFY001株對(duì)利福平、頭孢他啶和克林霉素耐藥。由于該菌屬于高GC%含量菌種,所以,我們結(jié)合第二代和第三代基因組測(cè)序技術(shù),對(duì)所提取的Janibacter全基因組進(jìn)行測(cè)序,并獲得了YFY001株的全基因組信息。YFY001株全基因組大小為3.40Mbp,GC%為71.46%。隨后,我們對(duì)其中可能與致病相關(guān)的調(diào)控系統(tǒng)以及致病因子,進(jìn)行注釋;并借助比較基因組的研究方法,將YFY001株與已經(jīng)報(bào)道的兩株環(huán)境株:HTCC2469和holey進(jìn)行比較分析。最終發(fā)現(xiàn)了911個(gè)核心蛋白;而有1039個(gè)蛋白特異地存在于YFY001株中。本論文借助全基因組測(cè)序的方法,對(duì)臨床分離的高GC含量的Janibacter YFY001,結(jié)合了第二代和第三代測(cè)序技術(shù),最終獲得了YFY001株的全基因組序列。在YFY001株的全基因組中,我們發(fā)現(xiàn)了雙組份調(diào)控系統(tǒng)、分泌系統(tǒng)等與致病性相關(guān)的蛋白。與環(huán)境株的比較基因組發(fā)現(xiàn)特異存在于YFY001株的蛋白可能也與其致病性有一定的關(guān)系。本研究結(jié)合基因組測(cè)序技術(shù),對(duì)臨床分離的少見菌株進(jìn)行全基因組測(cè)序,對(duì)于闡明這類細(xì)菌的致病因子,為感染病人提供及時(shí)的治療提供必要的依據(jù)。
[Abstract]:This paper in clinical microbiology diagnosis, discovered and isolated a rare bacterial strain Janibacter. we first amplified by the isolates 16S and rDNA sequencing, sequence alignment, the isolates belonging to Janibacter genus, therefore, named as Janibacter YFY001 strain. At the same time, we tested the bacterial susceptibility test the discovery of JanibacterYFY001 strain of Li Fuping, ceftazidime and clindamycin resistance. Due to the high content of bacteria belonging to GC% strains, so we combine the second and third generation genome sequencing, sequencing of Janibacter extracted from whole genome, and obtained the whole genome.YFY001 YFY001 strain genome size is 3.40Mbp. GC% 71.46%. then, we make comments on the regulation system which may be related to virulence and pathogenic factor; and by means of comparative genomics method, YFY001 Strains and two strains of environmental strains have been reported: HTCC2469 and holey were compared and analyzed. Finally found 911 core protein; and 1039 proteins specific to YFY001 strain. This paper using whole genome sequencing, high content of GC in clinical isolates of Janibacter YFY001, with second and third generation of sequencing technology, finally got the whole genome sequence of YFY001 strain. In the genome of YFY001 strain in, we found two component regulatory system, proteins related to the pathogenicity of the secretion system. Compared with the genome environment strain found in specific strain YFY001 protein may also have a certain relationship with pathogenicity this study combined with DNA sequencing technology, whole genome sequencing of rare clinical strains, to clarify the pathogenic factors of bacteria, to provide the necessary basis for the patients to provide timely treatment According to.

【學(xué)位授予單位】：南昌大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R446.5

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本文編號(hào)：1407407