本文關(guān)鍵詞：基于web端可視化RNA-seq數(shù)據(jù)分析平臺的開發(fā)，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：隨著高通量二代測序技術(shù)的發(fā)展,越來越多的物種和樣本完成測序�；诟咄慷鷾y序的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究也得到了巨大的飛躍,如何高效合理地處理分析這些指數(shù)級增長的海量RNA-seq數(shù)據(jù)則成為了生物研究的瓶頸。RNA-seq的分析軟件和平臺近幾年已有了很多,但這里面存在著很多問題,另外對于產(chǎn)業(yè)化而言,隨著個性化測序、云計算、大數(shù)據(jù)時代的到來,分析軟件工具本身可能不是技術(shù)的難點.本研究編寫了一個基于java語言統(tǒng)一格式編寫的用戶友好型本地平臺,平臺整合了RNA-seq中針對轉(zhuǎn)錄本各個分析流程中較為主流優(yōu)質(zhì)的軟件,并把這一平臺進(jìn)一步開發(fā)迭代至web端,實現(xiàn)了方便、快捷、高效、可視化的云端RNA-seq分析流程。該web端RNA-seq分析平臺進(jìn)一步使得生物科學(xué)家在做轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序分析研究的時候不再被冗雜的軟件操作所束縛,幫助他們實現(xiàn)遠(yuǎn)程一站傻瓜式可視化的RNA-seq及其他測序數(shù)據(jù)分析,讓他們把更多精力集中到解決生物學(xué)問題和挖掘生物學(xué)意義上去。
【關(guān)鍵詞】：RNA-seq數(shù)據(jù)分析 web平臺 可視化
【學(xué)位授予單位】：上海交通大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：Q811.4;TP393.09
【目錄】：

• 摘要3-4
• ABSTRACT4-7
• 第一章 緒論7-20
• 1.1 高通量測序技術(shù)7-8
• 1.2 RNA-Seq技術(shù)8-11
• 1.3 RNA-seq數(shù)據(jù)分析平臺研究進(jìn)展11-19
• 1.4 研究目的與意義19-20
• 第二章 本地版RNA20-34
• 2.1 引言20
• 2.2 研究材料20-23
• 2.3 方法與內(nèi)容23-32
• 2.4 結(jié)果與討論32-34
• 第三章 Web端RNA34-51
• 3.1 引言34-35
• 3.2 研究材料35-36
• 3.3 方法與內(nèi)容36-42
• 3.4 結(jié)果與討論42
• 3.5 案例分析42-51
• 第四章 總結(jié)與展望51-54
• 4.1 總結(jié)51
• 4.2 市場應(yīng)用51-53
• 4.3 后期展望53-54
• 參考文獻(xiàn)54-59
• 謝辭59-60
• 在讀期間取得的研究成果60-62

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本文編號：404770