隨著第二代測(cè)序技術(shù)的不斷進(jìn)步,人們對(duì)各種類型的腫瘤基因組的了解也越來越深入,患者腫瘤的前瞻性臨床測(cè)序逐步被認(rèn)為是常規(guī)癌癥診療的一個(gè)重要組成部分,癌癥基因組測(cè)序作為一種重要的輔助診療工具已被廣泛應(yīng)用于臨床中。然而,如何在越來越多的癌癥基因組測(cè)序數(shù)據(jù)中,找出可能對(duì)疾病診療有影響的體細(xì)胞變異等問題,使得準(zhǔn)確解釋腫瘤關(guān)聯(lián)基因序列變異成為一項(xiàng)嚴(yán)峻的挑戰(zhàn),所以迫切需要一種有效的工具能夠幫助研究人員和臨床工作者系統(tǒng)地對(duì)癌癥體細(xì)胞變異進(jìn)行高效而準(zhǔn)確的解讀。我們根據(jù)廣泛的文獻(xiàn)調(diào)研、癌癥研究領(lǐng)域?qū)＜倚〗M發(fā)布的指導(dǎo)意見等,對(duì)癌癥序列變異解讀涉及的各類參考因素進(jìn)行提煉,構(gòu)建了基于多等級(jí)證據(jù)的系統(tǒng)化評(píng)估系統(tǒng),并收集整理可用資源形成本地資料庫,將變異位點(diǎn)與基本注釋信息、數(shù)據(jù)庫信息、資料庫信息等建立聯(lián)系,并用Java編程語言開發(fā)了系統(tǒng)化解讀工具Variant Interpretation for Cancer(VIC)。為了用戶更方便地使用此工具,還構(gòu)建了 Web應(yīng)用平臺(tái)。本論文的主要工作如下:1)根據(jù)科學(xué)文獻(xiàn)及權(quán)威機(jī)構(gòu)發(fā)布的癌癥序列變異解讀指南,提煉出影響體細(xì)胞變異對(duì)個(gè)體健康及臨床診療應(yīng)用的各種因素,建立一套基于... 

【文章來源】：東南大學(xué)江蘇省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：69 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖１－１癌癥基固組學(xué)的研究目的??

???Ｊ??圖１－１癌癥基固組學(xué)的研究目的??１．２．３癌癥關(guān)聯(lián)基因序列變異解讀??癌癥基．因組研究證賣了癌細(xì)胞和正常細(xì)胞的墓因組之向存在一定的差異，這些差異??統(tǒng)稱為體細(xì)胞變異，用于區(qū)別遺傳自父母的生殖系變異。??每年全世界各地的研宄項(xiàng)目和臨床應(yīng)用中進(jìn)行著數(shù)以千計(jì)的癌癥塞因組測(cè)序，無論??采取全基因組／全外顯子組測(cè)序還是靶向基，因測(cè)序，在對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)的分析中，都要對(duì)所??包含的體細(xì)胞突變進(jìn)行注釋，從而明確特定體細(xì)胞突變?cè)谀[瘤發(fā)生和治療反應(yīng)中可能發(fā)??揮作用，這個(gè)過程為“癌癥基閨組序列變異的解讀”或者稱為“體細(xì)胞變異的解讀”，是??實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)醫(yī)療的關(guān)鍵之＿如圈ｌ－２ａ??Ｐｒｏｄｕｃｅ?Ｒａｗ?Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?Ｄａｔａ??￣???Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ?ａｒｅ?ａｌｉｇｎｅｄ?ｔｏ?ｔｈｅ?ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ?ｇｅｎｏｍｅ?ａｎｄ?ｔｕｍｏｒ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ?／??Ｅｖｅｎｔ?Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ?＼?ｅｖｅｎｔｓ?ｐｒｅｄｉｃｔｅｄ?丨??Ｆｉｌｔｅｒｉｎｇ，?Ｒｅｖｉｅｗ?＼?Ｄａｔａ?ａｒｅ?ｒｅｖｉｅｗｅｄ?ａｎｄ?ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ?ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ?ｐｅｒｆｏｒｍｅｄ?ｔｏ?／??ａｎｄ?Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ?＼?ｉｄｅｎｔｉｆｙ?ｈｉｇｈ?ｑｕａｌｉｔｙ?ｅｖｅｎｔｓ?／??Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ?ａｎｄ?＼?Ｅｖｅｎｔｓ?ａｒｅ?ａｎｎｏｔａｔｅｄ?ａｎｄ?ｓｃｏｒｅｄ?ｉｎ?ａｎ?ｅｆｆｏｒｔ?ｔｏ?ｐｒｅｄｉｃｔ?／??Ｆｕｎｃｔ．ｏｎａｌ?Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ?＼?ｅｖｅｎｔｓ?ｏｆ?ｆｕｎｃｔ．ｏｎａｌ?ｓ

Ａｌｉｇｎｅｒ）［４Ｉ］再力口．上?ＧＡＴＫ?（Ｔｈｅ?Ｇｅｎｏｍｅ?Ａｎａｌｙｓｉｓ?Ｔｏｏｌｋｉｔ，ｈｔｔｐｓ：／／ｓｏｆｔｗａｒｅ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．??ｏｒｇ／ｇａｔｋ／）?〇?變異檢測(cè)的結(jié)果通常以?ＶＣＦ?（ｖａｒｉａｎｔ?ｃａｌｌ?ｆｏｒｍａｔ，ｈｔｔｐ：／／ｖｃｆｃｌｉｎ．ｏｒｇ／）格式的??文件給出如圖２－１，包含了變異位點(diǎn)的基本儈息，如變異位點(diǎn)所在的染色體、坐標(biāo)位置、??參考序列上的堿基、突變后的堿基等＊??＃＃ｆｉｌｅｆｏｒｍａｔ??＃＃ＡＬＴ??＃＃ＦＩＬＴＥＲ??＃＃ＦＯＲＭＡＴ??＃＃ＩＮＦＯ??＃＃ｃｏｎｔｉｇ?＾＾??＃＃ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ???ｋ．?ＨＥＡＤＥＲ??＃ｒｅｃｏｒｄ?ｈｅａｄｅｒｓ????????ＲＥＣＯＲＤＳ??□?ｖａｒｉａｎｔ?ｓｉｔｅ?ｒｅｃｏｒｄ??□?ｖａｒｉａｎｔ?ｓｉｔｅ?ｒｅｃｏｒｄ?Ｉ，－??□?ｖａｒｉａｎｔ?ｓｉｔｅ?ｒｅｃｏｒｄ??圖２－１?ＶＣＦ文件基本格式??根據(jù)不同的研究目的，變異檢測(cè)之后的分析策略則有所不同，針對(duì)癌癥基因組二代??測(cè)序數(shù)據(jù)中的變異在臨床應(yīng)用中的童要性進(jìn)行評(píng)估是其中一個(gè)童要的研宄方向，如何確??定可能影響治療選擇的體細(xì)胞變異是其關(guān)鍵目標(biāo)之一，目前很多研究小組致力于收集和??管理來自于臨床試驗(yàn)的＿＿結(jié)構(gòu)化信息，■比如ＣｌｉｎＶａｒ，?ＯｎｃｏＫＢ，Ｍｙ?Ｃａｎｃｅｒ?Ｇｅｎｏｍｅ，??ｌｌ??


本文編號(hào)：2909875