本文選題：SNPs + JAVA�。� 參考：《天津理工大學(xué)》2016年碩士論文

【摘要】：單核酸多態(tài)性(SNPs)不僅提供了豐富的遺傳變異信息,而且它對于進(jìn)一步遺傳信息的分析是至關(guān)重要的。Atlas2是SNPs分析的高效可行性工具,它主要用于區(qū)分出來自于全外顯子組捕獲測序(wecs)數(shù)據(jù)和錯誤的Mapping中真正的SNPs和堿基插入缺失項(xiàng)。本文旨在SNPs分析網(wǎng)站的構(gòu)建研究,針對SNPs的分析設(shè)計出一種通過用戶上傳所需分析的數(shù)據(jù)能夠自動生成數(shù)據(jù)分析結(jié)果的平臺,并且同時達(dá)到分析速度的快速性與分析平臺的穩(wěn)定性的雙重要求。本文的核心是以Atlas2算法為基礎(chǔ),基于JAVA WEB開發(fā)SNPs分析平臺網(wǎng)站,使得網(wǎng)站可以在線進(jìn)行SNPs分析。在系統(tǒng)網(wǎng)絡(luò)層面架構(gòu)設(shè)計中,本地負(fù)載均衡方案,采用了開源解決方案LVS+Keepalived,提高了系統(tǒng)的可用性。緩存層采用Squid,管理靈便,使用平穩(wěn),提供快捷方便的接口配置。應(yīng)用層采用了開源技術(shù)方案ssh2+ehcache+nginx+jboss,使用了ehcache集群方式,減輕了數(shù)據(jù)庫層的訪問壓力,提升了并發(fā)及負(fù)載能力。文件服務(wù)器采用主流開源解決方案FastDFS,可以很好地應(yīng)用在以文件為載體的在線服務(wù)。數(shù)據(jù)庫層采用了主流開源解決方案Mysql,開源框架Mycat database,集群采用Mycat的master-slave的replication和讀寫分離方案。在前段頁面的設(shè)計上,使用了有著良好的代碼規(guī)范的Bootsrap框架,使頁面更加簡潔緊湊。
[Abstract]:Single nucleic acid polymorphism (SNPs) not only provides abundant genetic variation information, but also is essential for further genetic information analysis. Atlas2 is an efficient and feasible tool for SNPs analysis. It is mainly used to distinguish the true SNPs and base insertion missing items from the whole exon sequenced data and the wrong Mapping. The purpose of this paper is to study the construction of SNPs analysis website, and to design a platform for the analysis of SNPs, which can automatically generate the data analysis results by uploading the data required by the user. At the same time, the speed of analysis and the stability of the platform can be achieved. The core of this paper is to develop the website of SNPs analysis platform based on Atlas2 algorithm and JAVA WEB, so that the website can do SNPs analysis online. In the system network layer architecture design, the local load balancing scheme adopts the open source solution LVS Keepalived, which improves the usability of the system. The buffer layer uses Squid. easy to manage, smooth use, provides quick and convenient interface configuration. The application layer adopts the open source technology scheme ssh2 ehcache nginx jboss, uses the ehcache cluster method, reduces the database layer access pressure, enhances the concurrency and the load ability. The file server adopts the mainstream open source solution FastDFS, which can be applied to the online service with file as the carrier. The database layer adopts the mainstream open source solution MySQL, the open source framework Mycat database, and the cluster adopts the replication of Mycat's master-slave and the separate solution of reading and writing. In the previous page design, the use of a good code specification of the Bootsrap framework, make the page more concise and compact.
【學(xué)位授予單位】：天津理工大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：TP393.092

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本文編號：1958986